TkA01G578810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G578810

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 145556369-145561083 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2803 bp · TkA01G578810|TK1151|cDNA

AAACACCCCTTCGATGTCAAATTTGATTACTTCATTATCCGTAATAGGGTTTTAAGAAGAAAAGCTTATCCAAATCATATTCCGGATTTTAGATGAAAAAATAGAAATAGGAGTTTTGTTCGTTCGGCCTTTGTTGTACGTCATTCAGATTTAGCTTTCTGGTTCGCTCTCTAGGGTTTCTCTTCACAAATCTCAATCCAACCGAAGGAGAGAAAAAAGGGACAAATCGGCGGTTACAACTAGGGTTCCAGTTTGTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2112 bp · TkA01G578810|TK1151|CDS

ATGGATACAAGTTCATGCCTTGATGATCTCAACACGCTTTCATCATCATCTTTACCGTCTCAGATCCATCAAAATGATAGAAATGTGCTTCATTTGCTGGCAAGAAGAGAGATAGCTCCTAGAACAGCAAAGTGCTTGCCAAAAAGGCAGTGGGGAGAAGCTTCTAATCACAAACATCAGCCATCTGTCAAACCCGAAAGTGAAAGAGTCAGAAACTCAAGACGCGAACTTCTTTCATGGGTAGAGGCTGAATCCTTACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

703 aa · TkA01G578810|TK1151|PROTEIN

MDTSSCLDDLNTLSSSSLPSQIHQNDRNVLHLLARREIAPRTAKCLPKRQWGEASNHKHQPSVKPESERVRNSRRELLSWVEAESLRCLSAKYCPLVPSPRSTIAAAFSADGKILASTHGDHTVKIIDCQTGKCEKVLSGHRRTPWVVRFHPLHPEILASGSLDHEVRLWNANTSECIGSRDFYRPIASIAFHAEGELLAVAAGHKLYLWHYNSRGETSSPTIVLRTRRSLRAVHFHPHSAPFLLTAEVNDLDSSDSTMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G578810`
TK1151 ID	TkA01G578810
OH-1004 ID	LXL04_000884
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G578810`
位置	Chr01:145556369-145561083 (-)
描述	Similar to Ambra1: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000884` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0000423 mitophagy 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0007281 germ cell development 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ana:alr2800 dre:100332642 dre:559106 hsa:55626 mmu:228361 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · TkA01G578810 · TK1151

细胞核0.312

排名 2 · TkA01G578810 · TK1151

溶酶体／液泡0.100

排名 3 · TkA01G578810 · TK1151

细胞膜0.097

排名 4 · TkA01G578810 · TK1151

高尔基体0.087

排名 5 · TkA01G578810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23342WDR90_beta-prop_4th98-146 aa

PF23409Beta-prop_EML102-159 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_160102-134 aa

PF24805EIF3I103-203 aa

PF25174Beta-prop_THOC3105-248 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st105-215 aa

PF00400WD40105-128 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st105-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G578810	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	98	146	0.036	13.9
TkA01G578810	`PF23409`	Beta-prop_EML	102	159	3.4e-07	30.7
TkA01G578810	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	102	134	0.003	17.0
TkA01G578810	`PF24805`	EIF3I	103	203	3e-07	30.6
TkA01G578810	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	105	248	7e-21	75.1
TkA01G578810	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	105	215	9.1e-18	65.3
TkA01G578810	`PF00400`	WD40	105	128	2.6e-14	53.7
TkA01G578810	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	105	210	5.3e-12	46.5
TkA01G578810	`PF24796`	WDR55	105	205	1.6e-08	34.7
TkA01G578810	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	105	219	0.00018	21.5
TkA01G578810	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	106	207	3.5e-14	53.4
TkA01G578810	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	106	203	6.4e-08	32.9
TkA01G578810	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	106	212	1.7e-07	31.6
TkA01G578810	`PF25391`	WD40_Gbeta	106	200	0.00065	19.5
TkA01G578810	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	107	250	2.4e-20	73.7
TkA01G578810	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	107	216	7.8e-13	49.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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