TkA01G576380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G576380

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 144926064-144930480 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1835 bp · TkA01G576380|TK1151|cDNA

TATAATATAAATTAAATATTATTTGATAGTTGCTCGTTGAGTCAATGTCAAGTAAAACCAAACAAAAGATTACCGAGTAAACAGTACCGTAAGGAAAGCATTAACTTTTTAACTTTTTAACATTTAGGGAGCGCGTCACAGATAAGAACTTAGGGGGCTTATTTGAAAATCTCTTTCTGTTGTTGGTTTCCTCTTGAAGTTTATAAGTAAAATCGTTATTGACTGTCAACAAGACTTCAAAGAGAAAACACAGCGTCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · TkA01G576380|TK1151|CDS

ATGGAAGGGACAGTATTTACTCCTGCTTTGGAAGGAATGAAACATGTCAAGTCTGAAGAAGGCGAAATGCTTTCCAAACCCTTCTTGGAAGTCTGCAAACAGATATTACCTGTTATCGACAATTTCGGAGCAGCCATGGCACTGGTCAAAACTGATGTTGGTGGTAACATAACAAGGTTAGAGAACAAATATCTATCCAACCCAGTTGAATTTGAGAAACTATACAGTATGGTTCGGGTAGAAGTCGAAGCAAAAAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · TkA01G576380|TK1151|PROTEIN

MEGTVFTPALEGMKHVKSEEGEMLSKPFLEVCKQILPVIDNFGAAMALVKTDVGGNITRLENKYLSNPVEFEKLYSMVRVEVEAKKADGSSSCTNGLLWLTRAMDFIVELFRNLMEHKDWSMSQVCSEAYTKTLKKYHGWLASSTFTVAMKLAPDRKKFMDVVGGKGDINSDIEKFCATFTPLLEENHKFLVLQNLHQEDKDKDKKQEIQIGAPTDVKHLAHVGCDGPAQESPTWDFMVQMKGYGTPDQQFASSDISDGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G576380`
TK1151 ID	TkA01G576380
OH-1004 ID	LXL04_033370
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.571 / OH-1004 55.362 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G576380

位置 Chr01:144926064-144930480 (+)

描述 Similar to GLTP1: Glycolipid transfer protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33470`	可能参与糖脂转运。	暂无已核实直接文献
`At2g33460`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	暂无已核实直接文献
`At1g04450`	作为“植物 Rho”(ROP) 家族的 Rho 相关 GTP 结合蛋白的下游效应子。	A genome-wide analysis of Arabidopsis Rop-interactive CRIB motif-containing proteins that act as Rop GTPase targets.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010218 A Rho family GTPase controls actin dynamics and tip growth via two counteracting downstream pathways in pollen tubes.2005 · DOI: 10.1083/jcb.200409140

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033370 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001576 globoside biosynthetic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0035621 ER to Golgi ceramide transport 生物过程

GO:0035627 ceramide transport 生物过程

GO:0120009 intermembrane lipid transfer 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21360

ath:AT2G33470

ath:AT3G21260

bta:538919

dre:492502

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.656

排名 1 · TkA01G576380 · TK1151

细胞膜0.328

排名 2 · TkA01G576380 · TK1151

细胞核0.235

排名 3 · TkA01G576380 · TK1151

高尔基体0.072

排名 4 · TkA01G576380 · TK1151

线粒体0.049

排名 5 · TkA01G576380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01025GrpE14-51 aa

PF08718GLTP25-164 aa

PF01025GrpE57-113 aa

PF08718GLTP172-207 aa

PF00786PBD180-209 aa

PF00786PBD210-230 aa

PF08718GLTP263-310 aa

PF00786PBD336-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G576380	`PF01025`	GrpE	14	51	0.0052	17.2
TkA01G576380	`PF08718`	GLTP	25	164	1.8e-48	165.2
TkA01G576380	`PF01025`	GrpE	57	113	0.0052	17.2
TkA01G576380	`PF08718`	GLTP	172	207	1.8e-48	165.2
TkA01G576380	`PF00786`	PBD	180	209	0.00013	22.9
TkA01G576380	`PF00786`	PBD	210	230	0.00013	22.9
TkA01G576380	`PF08718`	GLTP	263	310	1.8e-48	165.2
TkA01G576380	`PF00786`	PBD	336	345	0.00013	22.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22797`	拟南芥	sp\|O22797\|GLTP1_ARATH Glycolipid transfer protein 1	73.300%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IVV0`	拟南芥	sp\|F4IVV0\|RIC1_ARATH CRIB domain-containing protein RIC1	58.500%	Swiss-Prot	低置信
`F4I5N6`	拟南芥	sp\|F4I5N6\|RIC3_ARATH CRIB domain-containing protein RIC3	52.200%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情