TkA01G576060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G576060

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 144859130-144860260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

726 bp · TkA01G576060|TK1151|cDNA

ATGCCGTCGTCGAAGATGATCGCTCTGAAGAGCTCTTGCGGAGAAACCTTCGAGGTAGAAGAGGCGGTGGCGTTGGAGTCACAAACGATCAAACATATGATCGAAGATGACGGTCTGAGGCGGCCGCCTCGAGGCGCGCCTCAGAACGACGGCTTCATTCCTCCATCGCTACCTCTCATCTCCTCTCTTCTCTCGCCGGCCACTGGTCTCCGGTCACATTCTCATCGCCGGTCAGTCCTCTCGCTGCTCCACTGCAGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA01G576060|TK1151|CDS

ATGCCGTCGTCGAAGATGATCGCTCTGAAGAGCTCTTGCGGAGAAACCTTCGAGGTAGAAGAGGCGGTGGCGTTGGAGTCACAAACGATCAAACATATGATCGAAGATGACGGTCTGAGGCGGCCGCCTCGAGGCGCGCCTCAGAACGACGGCTTCATTCCTCCATCGCTACCTCTCATCTCCTCTCTTCTCTCGCCGGCCACTGGTCTCCGGTCACATTCTCATCGCCGGTCAGTCCTCTCGCTGCTCCACTGCAGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA01G576060|TK1151|PROTEIN

MPSSKMIALKSSCGETFEVEEAVALESQTIKHMIEDDGLRRPPRGAPQNDGFIPPSLPLISSLLSPATGLRSHSHRRSVLSLLHCSSSSTAAAAPPLQQQLHSSSFNKMARKGKGKRSDPAWDYGKEVEVPATGTSKGYKYIKCNFCPYLSKGGVFRFKSHLGWTHQNAAPCPNVPEEVKQKMKDFLKNYETSKHNTQRNFEEMVDSGAHFTSGSGSVHPSSSRGVRGPMDRFVADLQEDD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G576060`
TK1151 ID	TkA01G576060
OH-1004 ID	LXL04_034234
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 58.506 / OH-1004 34.988 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G576060

位置 Chr01:144859130-144860260 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25700`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g75950`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	The Arabidopsis SKP1-LIKE1 gene is essential for male meiosis and may control homologue separation.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.20.11416 The ASK1 gene regulates development and interacts with the UFO gene to control floral organ identity in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1002/(sici)1520-6408(1999)25:3<209::aid-dvg4>3.0.co;2-o The ASK1 gene regulates B function gene expression in cooperation with UFO and LEAFY in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1242/dev.128.14.2735 Members of the Arabidopsis-SKP1-like gene family exhibit a variety of expression patterns and may play diverse roles in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.024703 The ASK1 and ASK2 genes are essential for Arabidopsis early development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017772
`At1g20140`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g42190`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0456300`	参与靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.906

排名 1 · TkA01G576060 · TK1151

细胞质0.169

排名 2 · TkA01G576060 · TK1151

内质网0.043

排名 3 · TkA01G576060 · TK1151

细胞膜0.036

排名 4 · TkA01G576060 · TK1151

细胞外0.013

排名 5 · TkA01G576060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03931Skp1_POZ5-40 aa

PF26664zf-BED_2138-185 aa

PF03931Skp1_POZ170-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G576060	`PF03931`	Skp1_POZ	5	40	1.3e-11	45.2
TkA01G576060	`PF26664`	zf-BED_2	138	185	8.3e-10	39.0
TkA01G576060	`PF03931`	Skp1_POZ	170	188	1.3e-11	45.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SL93`	拟南芥	sp\|Q9SL93\|ASK3_ARATH SKP1-like protein 3	87.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q39255`	拟南芥	sp\|Q39255\|SKP1A_ARATH SKP1-like protein 1A	80.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LNT9`	拟南芥	sp\|Q9LNT9\|ASK4_ARATH SKP1-like protein 4	81.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FHW7`	拟南芥	sp\|Q9FHW7\|SKP1B_ARATH SKP1-like protein 1B	73.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q6PL11`	水稻	sp\|Q6PL11\|SKP1_ORYSJ SKP1-like protein 1	84.800%	Swiss-Prot	低置信

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