TkA01G569120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G569120

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 143221390-143226299 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2591 bp · TkA01G569120|TK1151|cDNA

AGCAATATTTCATGATTCCATCTCATCAAAAGCCAAAAAGGTTCGTGGTGGGTTTGGAAAAACATACGACTTCCACACCATCAGACAAGCTTAACAAAATTACGCTCCTGTTTTTCCTCCCCTTTATCTTGCTGTTAAACAACAGGGTCTGAATTCGAGTTTTTAATAAAAGTTACAAATGAAAACTCGTAATAAGAGTTTTATTTATTATTTTTTTCAAATTCTTCCCCTTTTACTGCAATCCCATCATCATTTCCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkA01G569120|TK1151|CDS

ATGTCGAAGACTTTGTGGTGGATCGCTTTCTTCCTGATTTCCGTATGGTTATCCTCTTCCAGGGTGTTTGCAATTGACAATTTCAATCAAGCGTTTCCGATTGTAGAACCTGATCCTGGCCATACAAAACTTCGTCTTTCAACTGAAGGATTGGAGGCTATTAGAAGAATAACAAATCCTATTGCAGCAGTTGCTGTGATTGGTCCATATCGATCTGGAAAATCTTTTCTCCTTAATCAGCTTCTAACACTTTCTTGTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

602 aa · TkA01G569120|TK1151|PROTEIN

MSKTLWWIAFFLISVWLSSSRVFAIDNFNQAFPIVEPDPGHTKLRLSTEGLEAIRRITNPIAAVAVIGPYRSGKSFLLNQLLTLSCYEGFGVGHMRDTKTKGIWVWGTPVEMVIDGVKTSVFYLDTEGFESIGKSNVYDDRIFALATVLSSVLIYNLPETIREADISRLSFAVELAEEFYGRFQGQDVAFEPAKLLWLIQRDFLQGKSVKEMVDEALRHVPNLEGDKNIDQVNQIRDSLAIMGDNSTAFSLPQPHLQRTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G569120`
TK1151 ID	TkA01G569120
OH-1004 ID	LXL04_000992
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.604 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G569120`
位置	Chr01:143221390-143226299 (+)
描述	Similar to GBP7: Guanylate-binding protein 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000992` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001818 negative regulation of cytokine production 生物过程 GO:0002218 activation of innate immune response 生物过程 GO:0006605 protein targeting 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程 GO:0032731 positive regulation of interleukin-1 beta production 生物过程 GO:0032741 positive regulation of interleukin-18 production 生物过程 GO:0034067 protein localization to Golgi apparatus 生物过程 GO:0034345 negative regulation of type III interferon production 生物过程 GO:0035458 cellular response to interferon-beta 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0042832 defense response to protozoan 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:115361 hsa:115362 hsa:388646 mmu:229900 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.581

排名 1 · TkA01G569120 · TK1151

高尔基体0.341

排名 2 · TkA01G569120 · TK1151

细胞质0.093

排名 3 · TkA01G569120 · TK1151

细胞核0.082

排名 4 · TkA01G569120 · TK1151

细胞膜0.053

排名 5 · TkA01G569120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17280DUF53455-19 aa

PF02263GBP43-284 aa

PF13173AAA_1463-82 aa

PF00350Dynamin_N64-82 aa

PF05879RHD3_GTPase67-159 aa

PF00615RGS122-145 aa

PF05879RHD3_GTPase278-334 aa

PF02841GBP_C295-424 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G569120	`PF17280`	DUF5345	5	19	0.17	12.8
TkA01G569120	`PF02263`	GBP	43	284	3.2e-35	122.3
TkA01G569120	`PF13173`	AAA_14	63	82	0.21	12.3
TkA01G569120	`PF00350`	Dynamin_N	64	82	0.15	12.8
TkA01G569120	`PF05879`	RHD3_GTPase	67	159	3.1e-05	24.2
TkA01G569120	`PF00615`	RGS	122	145	0.16	13.0
TkA01G569120	`PF05879`	RHD3_GTPase	278	334	3.1e-05	24.2
TkA01G569120	`PF02841`	GBP_C	295	424	5.2e-10	39.9
TkA01G569120	`PF13173`	AAA_14	302	337	0.21	12.3
TkA01G569120	`PF00350`	Dynamin_N	305	408	0.15	12.8
TkA01G569120	`PF00615`	RGS	337	373	0.16	13.0
TkA01G569120	`PF05879`	RHD3_GTPase	361	409	3.1e-05	24.2
TkA01G569120	`PF04811`	Sec23_trunk	373	450	0.05	13.9
TkA01G569120	`PF00615`	RGS	384	431	0.16	13.0
TkA01G569120	`PF17280`	DUF5345	446	512	0.17	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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