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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G559870
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 140836012-140842700 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3880 bp · TkA01G559870|TK1151|cDNA

ATTATCTAAAAGATGCTTTGAATTATTACCCCAAAAACAAACTATGTGGGTGTAAAGTGTAACGTTTTCAAACCCGGGGGACTTTTAAACCCAAATAATCAACTCCCGCTATGACGCACGCTCTTTCTTCGTCTCTCTCCCGCGCAAGCTAGGGTTTTTGCGCTACCCTCTCTGATCTGCAGCTAAGCTACGATTCGCCTAAAGTAAGATCATACACACGGATTGTACGTGACCATGCCTCGGTATTACTGTGATTACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1893 bp · TkA01G559870|TK1151|CDS

ATGGCGATCACTGTTGCGTCTTGCTGGTTTAATGCGTTAGCCTCCACAAACACTTCTCGATGTACAGTCTCCTCCCAACGGCTGTTCTCCTCGTCGCAATTATCGGCTACTCGTTTAGTCATTCCGAAAGCTGCTAGTCAGAGTCAAAATCCGAGGAAGAGAACTCCCAAGGAACATACTCACAAGTCGTCACCTGAGAAAGAAGGTAATTCTCAAAAAAATTCAAGGTCAAGAGATGAAAGAAAATATCTAGATGCTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

630 aa · TkA01G559870|TK1151|PROTEIN

MAITVASCWFNALASTNTSRCTVSSQRLFSSSQLSATRLVIPKAASQSQNPRKRTPKEHTHKSSPEKEGNSQKNSRSRDERKYLDADDRSGIKRTEQPQSTAFKSFGTQRKSAKGFMGNLTEQQLETAKIQDASFLNAVVKVYCTHTAPDYSLPWQKQRQFTSTGSAFMIGDGKLLTNAHCVEHNTQVKVKRRGDDTKYVAKVLAKGMECDIALLSVENEKFWKGAEPLQFGHLPRLQDSVTVVGYPLGGDTISVTKGVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G559870
TK1151 IDTkA01G559870
OH-1004 IDLXL04_001110
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G559870
位置Chr01:140836012-140842700 (-)
描述Similar to DEGP2: Protease Do-like 2, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g47940 丝氨酸蛋白酶，可对植物光系统 II 中光损伤的 D1 蛋白进行初级裂解。
A chloroplast DegP2 protease performs the primary cleavage of the photodamaged D1 protein in plant photosystem II.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.4.713
At5g40200 能降解双组分应答调节蛋白 ARR4 的丝氨酸蛋白酶。 暂无已核实直接文献
At5g36950 可能的丝氨酸蛋白酶。 暂无已核实直接文献
At1g65630 推测丝氨酸蛋白酶。 暂无已核实直接文献
At1g65640 推测丝氨酸蛋白酶。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010206 photosystem II repair 生物过程
GO:0030163 protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009533 chloroplast stromal thylakoid 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65630
ath:AT1G65640
ath:AT2G47940
ath:AT5G36950
ath:AT5G40200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.807
排名 1 · TkA01G559870 · TK1151
线粒体0.116
排名 2 · TkA01G559870 · TK1151
细胞质0.095
排名 3 · TkA01G559870 · TK1151
细胞核0.050
排名 4 · TkA01G559870 · TK1151
过氧化物酶体0.047
排名 5 · TkA01G559870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00089Trypsin144-326 aa
PF10459Peptidase_S46162-187 aa
PF13365Trypsin_2165-303 aa
PF13180PDZ_2181-198 aa
PF00595PDZ262-281 aa
PF17820PDZ_6269-280 aa
PF10459Peptidase_S46284-306 aa
PF13180PDZ_2303-315 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G559870PF00089Trypsin1443264.4e-2486.2
TkA01G559870PF10459Peptidase_S461621870.005716.1
TkA01G559870PF13365Trypsin_21653033.5e-2693.4
TkA01G559870PF13180PDZ_21811985.3e-0627.3
TkA01G559870PF00595PDZ2622810.002319.0
TkA01G559870PF17820PDZ_62692800.0004720.5
TkA01G559870PF10459Peptidase_S462843060.005716.1
TkA01G559870PF13180PDZ_23033155.3e-0627.3
TkA01G559870PF13180PDZ_23424415.3e-0627.3
TkA01G559870PF00595PDZ3653970.002319.0
TkA01G559870PF17820PDZ_63703990.0004720.5
TkA01G559870PF17815PDZ_34505912.4e-46157.8
TkA01G559870PF13180PDZ_25265505.3e-0627.3
TkA01G559870PF00595PDZ5265420.002319.0
TkA01G559870PF17820PDZ_65275510.0004720.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82261拟南芥sp|O82261|DEGP2_ARATH Protease Do-like 2, chloroplastic82.600%Swiss-Prot高置信
Q9FL12拟南芥sp|Q9FL12|DEGP9_ARATH Protease Do-like 954.500%Swiss-Prot高置信
Q9FIV6拟南芥sp|Q9FIV6|DGP10_ARATH Protease Do-like 10, mitochondrial44.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SHZ1拟南芥sp|Q9SHZ1|DEGP3_ARATH Putative protease Do-like 3, mitochondrial42.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SHZ0拟南芥sp|Q9SHZ0|DEGP4_ARATH Protease Do-like 4, mitochondrial41.800%Swiss-Prot中等置信

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