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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G549930
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 138185455-138189211 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2935 bp · TkA01G549930|TK1151|cDNA

GCTAGCTTAACCAGAAACCTCTTCAATAAACCTTTTCAAAATTTATCAAGGAAAATATCTTGAAGAGAAACACAAAACGGAGGTATATAAGCAGTTGAGGTTTTAGTTATAGCCAACAAGGTGGTCTCTAGGACCATACATCATCCATAAACCTCTCACCTTATCCCCCCATCTTCTTCCACTTCTCCCTCTCAGTTTCTTCCCAACCTTCAACCCATGGCGTGTTCATCTTCCATCATAGGCGTATCCATATACCACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2367 bp · TkA01G549930|TK1151|CDS

ATGGCGTGTTCATCTTCCATCATAGGCGTATCCATATACCACAAAAACCCATCACTAGAGCAACTCTCCAGAAAAATTGCCGCCCCTGCCGCCCCCGTGCACCTTCCCCGTTCCACCGATAAAACTCACTTCACTTCCTTGAAAGTTACCTCCAAACTCAAACCTAACAGCACAGGTGTTTCTGGTGGTTCTGCTTTTGTTGCGTCGGCTACTGCCGCCCCCAATTCTGTTTTGAGTGAGAACGCGTTTAAGGGTTTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

788 aa · TkA01G549930|TK1151|PROTEIN

MACSSSIIGVSIYHKNPSLEQLSRKIAAPAAPVHLPRSTDKTHFTSLKVTSKLKPNSTGVSGGSAFVASATAAPNSVLSENAFKGFGVFDEDSSLDDSDREYTDNSENEASIDIAAGNAGDDDELSITKLGLPQRLVQSLEKREITRLFPIQRAVLVPALEGRDIIARAKTGTGKTLAFGIPIIKRLTEDDEERISPRRGQKLPRVLVLAPTRELAKQVESEIKDSAPYLSTVCVYGGVSYNSQQNALSRGVDVVVGTPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G549930
TK1151 IDTkA01G549930
OH-1004 IDLXL04_001286
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G549930
位置Chr01:138185455-138189211 (-)
描述Similar to RH3A: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3A, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g26742 核基因编码的因子，参与叶绿体中核糖体的生物合成。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0827700 核基因编码的因子，参与叶绿体中核糖体的生物合成。 暂无已核实直接文献
Os07g0143700 DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 53。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:2000637 positive regulation of miRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G26742
dosa:Os03g0827700
dosa:Os07g0143700
zma:100191761
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.963
排名 1 · TkA01G549930 · TK1151
线粒体0.040
排名 2 · TkA01G549930 · TK1151
细胞核0.028
排名 3 · TkA01G549930 · TK1151
细胞质0.020
排名 4 · TkA01G549930 · TK1151
过氧化物酶体0.010
排名 5 · TkA01G549930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD150-322 aa
PF13604AAA_30152-285 aa
PF04851ResIII163-316 aa
PF00271Helicase_C204-250 aa
PF25860CPPA221-236 aa
PF14617CMS1252-283 aa
PF13604AAA_30358-411 aa
PF00271Helicase_C360-468 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G549930PF00270DEAD1503224.7e-47160.5
TkA01G549930PF13604AAA_301522850.001319.2
TkA01G549930PF04851ResIII1633168.9e-0936.2
TkA01G549930PF00271Helicase_C2042501.1e-33116.5
TkA01G549930PF25860CPPA2212360.0116.7
TkA01G549930PF14617CMS12522830.02314.8
TkA01G549930PF13604AAA_303584110.001319.2
TkA01G549930PF00271Helicase_C3604681.1e-33116.5
TkA01G549930PF16203ERCC3_RAD25_C3734480.0314.3
TkA01G549930PF22590Cas3-like_C_23754670.1113.5
TkA01G549930PF02542YgbB3834510.003718.3
TkA01G549930PF21591Hera_DD5025520.04314.7
TkA01G549930PF26142DD_DDX21-DDX505045524.5e-1659.4
TkA01G549930PF13604AAA_305115460.001319.2
TkA01G549930PF02542YgbB5115500.003718.3
TkA01G549930PF25399DeaD_dimer5125530.08913.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L7S8拟南芥sp|Q8L7S8|RH3_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic67.800%Swiss-Prot高置信
Q0DM51水稻sp|Q0DM51|RH3_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic65.800%Swiss-Prot高置信
Q0D8N0水稻sp|Q0D8N0|RH53_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 5361.500%Swiss-Prot中等置信

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