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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G547170
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 137430770-137434295 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2295 bp · TkA01G547170|TK1151|cDNA

AAATGCTTTCCAGTACTAGAAAAAAAGCTCTATAAATAATAAAGAAACCCAGTTTTCAGTCATCAAAACAAGGACATATAATTTATCTCCTAGTAATTACAAAAATTAAAAGATTATGGTTGCAGAATGGAACCATTAACAAGACAAAGGGACGTTCTTGTAAGTTGCAATCTCATCCAAGAATTCAAAAGTTTGTCTCACATCCTAAGTAACCGAAGCACCCACGCAAATCCAACAGTCCAGATAACCTCGCATCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

435 bp · TkA01G547170|TK1151|CDS

ATGGATTTTGGCAGCTTGATAAATGGAACGGTTTTTTTCGTTAAGTGGCATGTTGTGAAGGACGTTCCTAACACACATTTGCGACACATAATTCTTGAAAACAATGACAATAGACCCGTTACATACACTAGAGACACTCAAGAGGTTGGTTTGAAACAAGGTTTGGAGATGCTTGAGATTTTCAAAAGCTATTCGGCAAAAACGTCTCTATTAGATGATTTAACTTTTTATGAGAACCGGGAGAAGATGCTTAAATCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

144 aa · TkA01G547170|TK1151|PROTEIN

MDFGSLINGTVFFVKWHVVKDVPNTHLRHIILENNDNRPVTYTRDTQEVGLKQGLEMLEIFKSYSAKTSLLDDLTFYENREKMLKSKRISKAAFQSEMNSKSGEGSMSGNVLKDPTSSLINLTRNLSINSNKHTKISIGDKSGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G547170
TK1151 IDTkA01G547170
OH-1004 IDLXL04_004225
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)60.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 57.639 / OH-1004 13.973
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G547170
位置Chr01:137430770-137434295 (+)
描述Similar to ECT2: YTH domain-containing protein ECT2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g61020 特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。
An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833
At3g03950 特异性识别并结合含 N6-甲基腺苷 (m6A) 的 RNA，并调控 mRNA 稳定性（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At3g13460 特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。
The YTH Domain Protein ECT2 Is an m6A Reader Required for Normal Trichome Branching in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00854
An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833
The m6A Reader ECT2 Controls Trichome Morphology by Affecting mRNA Stability in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00934
At1g55500 特异性识别并结合含N6-甲基腺苷（m6A）的RNA，并调控mRNA稳定性（可能）。
An m6A-YTH Module Controls Developmental Timing and Morphogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00833

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004225 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程
GO:0007276 gamete generation 生物过程
GO:0007284 spermatogonial cell division 生物过程
GO:0009615 response to virus 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程
GO:0030155 regulation of cell adhesion 生物过程
GO:0034063 stress granule assembly 生物过程
GO:0043488 regulation of mRNA stability 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G55500
ath:AT3G03950
ath:AT3G13460
ath:AT5G61020
bta:541050
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.434
排名 1 · TkA01G547170 · TK1151
细胞核0.423
排名 2 · TkA01G547170 · TK1151
线粒体0.077
排名 3 · TkA01G547170 · TK1151
细胞膜0.070
排名 4 · TkA01G547170 · TK1151
溶酶体／液泡0.050
排名 5 · TkA01G547170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04146YTH10-62 aa
PF13078DUF394226-79 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G547170PF04146YTH10622.1e-1350.9
TkA01G547170PF13078DUF394226790.1513.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K1Z0拟南芥sp|F4K1Z0|ECT3_ARATH YTH domain-containing protein ECT358.400%Swiss-Prot中等置信
Q3MK94拟南芥sp|Q3MK94|ECT1_ARATH YTH domain-containing protein ECT156.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LJE5拟南芥sp|Q9LJE5|ECT2_ARATH YTH domain-containing protein ECT259.700%Swiss-Prot中等置信
A0A1P8AS03拟南芥sp|A0A1P8AS03|ECT4_ARATH YTH domain-containing protein ECT450.600%Swiss-Prot中等置信

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