TkA01G544420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G544420

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 136573410-136579357 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3764 bp · TkA01G544420|TK1151|cDNA

AAAAAAAAAGCGGGAGTTTTCAGGGCCGGTTCAAACGGCCGCCGCCGCCACAGCCACCGCCAACGCCTCCGCTACCATTCTGTGTTGCTCATCCACAGATTCCATTCATTAATCACATGTATAATTCAAATGTCGCTCATTGCTAGACGAACTTGCCAATGAGTAAAATAGGATAACAACATGAGTAGCAGCAGTCATGGTGACTATTCAAGAGGCGTTTACAAGGCAATGAGACATAATTGGTCTCAACATGAGAAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA01G544420|TK1151|CDS

ATGACCAAAGTTAGACCTCCAGAACTAGATGTTGACTGTGGTCATGGTTTTAAGCTAGGAAATTGTCCAGAAGCTGCAACTCATTTGCAAGATATGAAGGACATGCTTATTTCCATATCAAATGACCTCATTGACAATGCTACTGAATTCAACTCTGATCAAATACAAAAGCTTCATCAAGACAGGTTGCATTTAAAAAAGCAAATCCAACTGCTTAAACAATACTGTTGTTCTATTTTGATGGATGATGAAGGATGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA01G544420|TK1151|PROTEIN

MTKVRPPELDVDCGHGFKLGNCPEAATHLQDMKDMLISISNDLIDNATEFNSDQIQKLHQDRLHLKKQIQLLKQYCCSILMDDEGCKSNFTACTTAGDFKYQTPFTFTSRVDPFRLDDQFGNNKWGPSPISSFSMGNFGTFATPMEREIVRKNVQVNYIDGSDDKNWSKKDFSWTKKLEANNKKVFGNHSFRPNQREVINATMSGNDIFVLMPTGGGKSLTYQLPALICPGVTLVISPLVSLIQDQIMHLLQATYLLLI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G544420`
TK1151 ID	TkA01G544420
OH-1004 ID	LXL04_001352
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.753 / OH-1004 22.262 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G544420

位置 Chr01:136573410-136579357 (-)

描述 Similar to RECQL4A: ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10930`	参与 DNA 修复的 DNA 解旋酶。	Arabidopsis RecQI4A suppresses homologous recombination and modulates DNA damage responses.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02501.x Two closely related RecQ helicases have antagonistic roles in homologous recombination and DNA repair in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705998104 Topoisomerase 3alpha and RMI1 suppress somatic crossovers and are essential for resolution of meiotic recombination intermediates in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000285 The RecQ helicase AtRECQ4A is required to remove inter-chromosomal telomeric connections that arise during meiotic recombination in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04438.x
`At1g60930`	可能参与DNA修复的3'-5' DNA解旋酶（通过相似性预测）。	Two closely related RecQ helicases have antagonistic roles in homologous recombination and DNA repair in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705998104

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001352 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000706 meiotic DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0000732 DNA strand displacement 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10930

ath:AT1G60930

dme:Dmel_CG6920

sce:YMR190C

spo:2541620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.577

排名 1 · TkA01G544420 · TK1151

细胞质0.376

排名 2 · TkA01G544420 · TK1151

线粒体0.068

排名 3 · TkA01G544420 · TK1151

内质网0.067

排名 4 · TkA01G544420 · TK1151

细胞膜0.062

排名 5 · TkA01G544420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28586DUF844037-93 aa

PF17518DUF544395-114 aa

PF17518DUF5443148-228 aa

PF28586DUF8440154-196 aa

PF00270DEAD192-252 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G544420	`PF28586`	DUF8440	37	93	0.11	13.8
TkA01G544420	`PF17518`	DUF5443	95	114	0.078	12.7
TkA01G544420	`PF17518`	DUF5443	148	228	0.078	12.7
TkA01G544420	`PF28586`	DUF8440	154	196	0.11	13.8
TkA01G544420	`PF00270`	DEAD	192	252	5.4e-12	46.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L840`	拟南芥	sp\|Q8L840\|RQL4A_ARATH ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FT70`	拟南芥	sp\|Q9FT70\|RQL4B_ARATH ATP-dependent DNA helicase Q-like 4B	50.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情