TkA01G544170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G544170

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 136492158-136494870 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1668 bp · TkA01G544170|TK1151|cDNA

ATACAACATTTCATTAGCGATGACCATTTTTGTAGATACACAGCAACTCTTCAATCCACTCTGGCGGGAAAACACAAATAACCCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACAGAAAAGAAAGATGTCTACGTTCGATTATCCGAAACTCCGCCGGCGAGATATCATCGGAGTACTCGCCGACTCAAAAATTGCCACCGTCTCTGATTCCGAACTCATCAACCCTAGACCCGACTTCATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1332 bp · TkA01G544170|TK1151|CDS

ATGTCTACGTTCGATTATCCGAAACTCCGCCGGCGAGATATCATCGGAGTACTCGCCGACTCAAAAATTGCCACCGTCTCTGATTCCGAACTCATCAACCCTAGACCCGACTTCATCATTAATCTCTACACTCAAATACTCATCCACATCGGCTGTCTCATGGAAGATTACGGACTAGTCGAATTTGCAGACCTTGAGCAACTTGAAAACCCGGATTCGCATGTTGACTCGGTAAGAATGATGAATTTGTTCAACAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

443 aa · TkA01G544170|TK1151|PROTEIN

MSTFDYPKLRRRDIIGVLADSKIATVSDSELINPRPDFIINLYTQILIHIGCLMEDYGLVEFADLEQLENPDSHVDSVRMMNLFNKIKEVIAALDCPKQINLKDLLKPEADRTEFFLGALLNFSIHRDTRMTLLRPVVEDVTILDEQKQEIEARISQLNAEISEFNESREKELPLIQEVDIKIKELRQMISALNNQQMSLKAAFRKKKDAVKEMDEKISSAEFALVQSAQENASLRSKIVQSPVKLQRQLEEKKAVLIES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G544170`
TK1151 ID	TkA01G544170
OH-1004 ID	LXL04_001357
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G544170

位置 Chr01:136492158-136494870 (+)

描述 Similar to NUF2: Kinetochore protein NUF2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61000`	作为重要着丝粒相关 NDC80 复合体的组成部分，该复合体是染色体分离和纺锤体检查点活性所必需的，以确保正确的细胞分裂。	MUN (MERISTEM UNSTRUCTURED), encoding a SPC24 homolog of NDC80 kinetochore complex, affects development through cell division in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1111/tpj.13823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001357 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0008608 attachment of spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0010342 endosperm cellularization 生物过程

GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051315 attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0051383 kinetochore organization 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0000779 condensed chromosome, centromeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61000

cnb:CNBA6390

rno:304951

sce:YOL069W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.580

排名 1 · TkA01G544170 · TK1151

细胞质0.350

排名 2 · TkA01G544170 · TK1151

高尔基体0.053

排名 3 · TkA01G544170 · TK1151

溶酶体／液泡0.043

排名 4 · TkA01G544170 · TK1151

细胞膜0.042

排名 5 · TkA01G544170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03800Nuf23-155 aa

PF12918TcdB_N82-91 aa

PF20186DUF6549138-205 aa

PF24611Spectrin_Anc-1142-162 aa

PF09278MerR-DNA-bind142-160 aa

PF30852Astrin_C144-302 aa

PF12918TcdB_N145-172 aa

PF18661AvrLm4-7145-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G544170	`PF03800`	Nuf2	3	155	3.5e-30	105.8
TkA01G544170	`PF12918`	TcdB_N	82	91	0.38	11.8
TkA01G544170	`PF20186`	DUF6549	138	205	0.023	15.5
TkA01G544170	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	142	162	0.00094	20.2
TkA01G544170	`PF09278`	MerR-DNA-bind	142	160	1.9	9.9
TkA01G544170	`PF30852`	Astrin_C	144	302	0.37	11.1
TkA01G544170	`PF12918`	TcdB_N	145	172	0.38	11.8
TkA01G544170	`PF18661`	AvrLm4-7	145	175	4.8	8.9
TkA01G544170	`PF28422`	CCDC89	149	311	4.6	7.2
TkA01G544170	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	150	200	0.00094	20.2
TkA01G544170	`PF03800`	Nuf2	165	196	3.5e-30	105.8
TkA01G544170	`PF12918`	TcdB_N	177	203	0.38	11.8
TkA01G544170	`PF09278`	MerR-DNA-bind	177	194	1.9	9.9
TkA01G544170	`PF30381`	CEP135_N	179	309	0.55	9.8
TkA01G544170	`PF20186`	DUF6549	192	288	0.023	15.5
TkA01G544170	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	245	317	0.00094	20.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXJ0`	拟南芥	sp\|Q8RXJ0\|NUF2_ARATH Kinetochore protein NUF2 homolog	49.300%	Swiss-Prot	中等置信

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