TkA01G542240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G542240

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 136027136-136035558 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6273 bp · TkA01G542240|TK1151|cDNA

CACAACTTCAAAACTCCCTGTTCATTTCCCGCCTCTTCGAATACCTATCCTTCTTCAACACTCCTCAACTATCTTTTCACTTTTTTTCACACGCTAATGGAGGATTCCGCCTCCATTACTGAATCTTCACTCCTCTCCAAGCTTCAATCGTCCTCCGATCTCTCCTCCATCCACCACCTCTTCTCTGTTTACCTCCGCCCCTTCTCCGACATCATCAATAAACCCAATAAACAGTCCAAATCTTCAAAAACTAATGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

6132 bp · TkA01G542240|TK1151|CDS

CACAACTTCAAAACTCCCTGTTCATTTCCCGCCTCTTCGAATACCTATCCTTCTTCAACACTCCTCAACTATCTTTTCACTTTTTTTCACACGCTAATGGAGGATTCCGCCTCCATTACTGAATCTTCACTCCTCTCCAAGCTTCAATCGTCCTCCGATCTCTCCTCCATCCACCACCTCTTCTCTGTTTACCTCCGCCCCTTCTCCGACATCATCAATAAACCCAATAAACAGTCCAAATCTTCAAAAACTAATGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2043 aa · TkA01G542240|TK1151|PROTEIN

HNFKTPCSFPASSNTYPSSTLLNYLFTFFHTLMEDSASITESSLLSKLQSSSDLSSIHHLFSVYLRPFSDIINKPNKQSKSSKTNEETSTTIRSLAKKFLSFLSKALSYIPKRLNETPKIDPCYASELFEAYKLCLNCVESLLSVMTCKPHYVQVQRIRLIRCYEYWGRYEDAQKEGFLVLEFIGKLSDKRSVKLNGRVIPELGKDNCDKDIATLILEVAVTFVKCVSNGRSKDEEDYHRLLSIVDEIQPWLRVADEDVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G542240`
TK1151 ID	TkA01G542240
OH-1004 ID	LXL04_001375
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.434 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G542240

位置 Chr01:136027136-136035558 (-)

描述 Similar to ESP1: Separase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22970`	裂解 SYN1，释放姐妹染色单体的凝聚力。	Arabidopsis separase AESP is essential for embryo development and the release of cohesin during meiosis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036913 A conditional mutation in Arabidopsis thaliana separase induces chromosome non-disjunction, aberrant morphogenesis and cyclin B1;1 stability.2010 · DOI: 10.1242/dev.041939 The radially swollen 4 separase mutation of Arabidopsis thaliana blocks chromosome disjunction and disrupts the radial microtubule system in meiocytes.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0019459

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007127 meiosis I 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_08783

ath:AT4G22970

hsa:9700

mmu:105988

spo:2539442

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.474

排名 1 · TkA01G542240 · TK1151

细胞质0.399

排名 2 · TkA01G542240 · TK1151

细胞膜0.091

排名 3 · TkA01G542240 · TK1151

线粒体0.072

排名 4 · TkA01G542240 · TK1151

内质网0.069

排名 5 · TkA01G542240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25110TPR_ESP141-321 aa

PF03568Separin_C51-86 aa

PF25113TPR_ESP1_2nd332-450 aa

PF25113TPR_ESP1_2nd458-486 aa

PF25812RAD24_helical506-540 aa

PF25812RAD24_helical617-662 aa

PF18626Gln_deamidase_2635-665 aa

PF18626Gln_deamidase_2817-896 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G542240	`PF25110`	TPR_ESP1	41	321	2.3e-106	355.6
TkA01G542240	`PF03568`	Separin_C	51	86	1.7e-91	308.1
TkA01G542240	`PF25113`	TPR_ESP1_2nd	332	450	3.6e-34	119.0
TkA01G542240	`PF25113`	TPR_ESP1_2nd	458	486	3.6e-34	119.0
TkA01G542240	`PF25812`	RAD24_helical	506	540	4.5	8.2
TkA01G542240	`PF25812`	RAD24_helical	617	662	4.5	8.2
TkA01G542240	`PF18626`	Gln_deamidase_2	635	665	0.46	11.4
TkA01G542240	`PF18626`	Gln_deamidase_2	817	896	0.46	11.4
TkA01G542240	`PF03568`	Separin_C	850	891	1.7e-91	308.1
TkA01G542240	`PF25812`	RAD24_helical	857	898	4.5	8.2
TkA01G542240	`PF25812`	RAD24_helical	966	1004	4.5	8.2
TkA01G542240	`PF25113`	TPR_ESP1_2nd	968	1009	3.6e-34	119.0
TkA01G542240	`PF07797`	DUF1639	1263	1286	0.38	11.5
TkA01G542240	`PF03568`	Separin_C	1588	1713	1.7e-91	308.1
TkA01G542240	`PF03568`	Separin_C	1743	1938	1.7e-91	308.1
TkA01G542240	`PF18626`	Gln_deamidase_2	1956	2004	0.46	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5IBC5`	拟南芥	sp\|Q5IBC5\|ESP1_ARATH Separase	39.200%	Swiss-Prot	中等置信

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