TkA01G532590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G532590

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 133693371-133696138 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2226 bp · TkA01G532590|TK1151|cDNA

ATGACGTCGCCTTCTCACAACATATTCATGAATCATGCCCTTGTACCTAAATGAGAAAAACGGGCGGATTCTATCAGCTGCCAACAATGCACGACTGTGATTGTGGGTGCCGAACCTTCCAGGAAACTGCTCTCCCAATTTGATAAATAATTTCACATCAGTTTTTCAAACAATTGCTTATTGCATCTAATAATCTCTTCTATTATAACATACTTATGATCTAAACATTGAATAGATTCTATCATCATTCTTCGCGTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1353 bp · TkA01G532590|TK1151|CDS

ATGGGTAGGGGAGAGCTAAGCCTAGACACCGAGGTAGATGAAATTGAGGGCGAGTCCTCTTCACGTGTTCGTATCGACGAAGTACGCCCCTTTCGAACACGTTACCCTGGTCTAGTTAGATTAAAAGCTTACATATTTGACGGATTAGGCGATTACTACAATAAAGAATGGGATCTCTTAGAAGGTAACGGCAAAGAATTTTGTTGGTATCATGTCGAAATCCCCAAAGGAAATCAGAAACTTTCTCAGTCTGCCCAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

450 aa · TkA01G532590|TK1151|PROTEIN

MGRGELSLDTEVDEIEGESSSRVRIDEVRPFRTRYPGLVRLKAYIFDGLGDYYNKEWDLLEGNGKEFCWYHVEIPKGNQKLSQSAQYLIDVLCPPLKLQDILSLISNGPYCGHVDGALVFRVNSPGPPSSKFTFRLAARVTENSVITVSLGRVPRLGFSPMGQSLLSEIPSVESPSAKQNGARENDGFVIKEHVLEFLLTMNHSEEADNPVPKSVSNLVVHVVDTHVDHLEDVVTKLEIELDSVEVELDKGGFYLKKQLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G532590`
TK1151 ID	TkA01G532590
OH-1004 ID	LXL04_001477
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G532590`
位置	Chr01:133693371-133696138 (+)
描述	Similar to zntB: Zinc transport protein ZntB (Photorhabdus laumondii subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001477` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006824 cobalt ion transport 生物过程 GO:0006829 zinc ion transport 生物过程 GO:0015675 nickel cation transport 生物过程 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能 GO:0005385 zinc ion transmembrane transporter activity 分子功能 GO:0015087 cobalt ion transmembrane transporter activity 分子功能 GO:0015095 magnesium ion transmembrane transporter activity 分子功能 GO:0046873 metal ion transmembrane transporter activity 分子功能 GO:0050897 cobalt ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	eca:ECA1993 pae:PA1773 plu:plu2577 yen:YE2107 ypo:BZ17_204 yps:YPTB2257 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.284

排名 1 · TkA01G532590 · TK1151

内质网0.233

排名 2 · TkA01G532590 · TK1151

细胞膜0.231

排名 3 · TkA01G532590 · TK1151

高尔基体0.212

排名 4 · TkA01G532590 · TK1151

细胞核0.164

排名 5 · TkA01G532590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01544CorA65-84 aa

PF01544CorA208-405 aa

PF26575HHO5_N210-246 aa

PF18265Nas2_N230-273 aa

PF26740DUF8246282-332 aa

PF26575HHO5_N302-315 aa

PF03916NrfD303-410 aa

PF18265Nas2_N307-320 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G532590	`PF01544`	CorA	65	84	3.6e-26	92.8
TkA01G532590	`PF01544`	CorA	208	405	3.6e-26	92.8
TkA01G532590	`PF26575`	HHO5_N	210	246	0.31	11.8
TkA01G532590	`PF18265`	Nas2_N	230	273	0.039	14.6
TkA01G532590	`PF26740`	DUF8246	282	332	0.02	15.5
TkA01G532590	`PF26575`	HHO5_N	302	315	0.31	11.8
TkA01G532590	`PF03916`	NrfD	303	410	0.077	13.3
TkA01G532590	`PF18265`	Nas2_N	307	320	0.039	14.6
TkA01G532590	`PF14110`	DUF4282	336	416	0.095	14.0
TkA01G532590	`PF28902`	SpoIISA_transm	342	358	0.15	12.9
TkA01G532590	`PF15168`	TRIQK	383	411	0.021	15.5
TkA01G532590	`PF01484`	Col_cuticle_N	394	415	0.17	12.7
TkA01G532590	`PF28902`	SpoIISA_transm	401	437	0.15	12.9
TkA01G532590	`PF26740`	DUF8246	414	439	0.02	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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