TkA01G524920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G524920

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 131767891-131769477 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

444 bp · TkA01G524920|TK1151|cDNA

ATGCTCATGGTAACTTCTTCTTCCAGGAAAGCTGTTGCTAATGAAATTAATGGAAGTGGTGAAGAATCAAAGCCAAATAGAATGTCAGAACTTGAAGCTACAAAGTCAGAAATTCAAAAGTGGCATTCTGCATTTCAAAACAAATCCGTCATTACAACAGAACCTAAAAATGCTCTCAGTTATCTCCAGAATCTAAAATCTTCTGAGGAGTTGCTGAGAGATCAGCTAGAAAAAGCAAAGAAAAAGGAAGCTGCATTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA01G524920|TK1151|CDS

ATGCTCATGGTAACTTCTTCTTCCAGGAAAGCTGTTGCTAATGAAATTAATGGAAGTGGTGAAGAATCAAAGCCAAATAGAATGTCAGAACTTGAAGCTACAAAGTCAGAAATTCAAAAGTGGCATTCTGCATTTCAAAACAAATCCGTCATTACAACAGAACCTAAAAATGCTCTCAGTTATCTCCAGAATCTAAAATCTTCTGAGGAGTTGCTGAGAGATCAGCTAGAAAAAGCAAAGAAAAAGGAAGCTGCATTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA01G524920|TK1151|PROTEIN

MLMVTSSSRKAVANEINGSGEESKPNRMSELEATKSEIQKWHSAFQNKSVITTEPKNALSYLQNLKSSEELLRDQLEKAKKKEAAFIVTIAKREQEISDLKSTVRDLRSQLKPPSMQSQEVHTDENRAQLQRCKISIMVLRFRKFVT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G524920`
TK1151 ID	TkA01G524920
OH-1004 ID	LXL04_009510
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.823 / OH-1004 27.244 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G524920

位置 Chr01:131767891-131769477 (-)

描述 Similar to FIP37: FKBP12-interacting protein of 37 kDa

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54170`	N6-甲基转移酶复合物的可能调节亚基，一种多蛋白复合物，介导一些 mRNA 5'-[AG]GAC-3' 共有位点的 N6-甲基腺苷甲基化。	The immunophilin-interacting protein AtFIP37 from Arabidopsis is essential for plant development and is involved in trichome endoreduplication.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.028050

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007530 sex determination 生物过程

GO:0007539 primary sex determination, soma 生物过程

GO:0007548 sex differentiation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0019099 female germ-line sex determination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54170

dme:Dmel_CG6315

hsa:9589

mmu:60532

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466

排名 1 · TkA01G524920 · TK1151

细胞核0.413

排名 2 · TkA01G524920 · TK1151

细胞膜0.070

排名 3 · TkA01G524920 · TK1151

高尔基体0.063

排名 4 · TkA01G524920 · TK1151

线粒体0.050

排名 5 · TkA01G524920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20570DUF67798-82 aa

PF13935Ead_Ea2210-124 aa

PF06008Laminin_I16-58 aa

PF09936Methyltrn_RNA_417-36 aa

PF16712SCAB_CC21-51 aa

PF10451Stn123-101 aa

PF14593PH_324-47 aa

PF07851TMEM120A-B25-48 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G524920	`PF20570`	DUF6779	8	82	0.35	12.3
TkA01G524920	`PF13935`	Ead_Ea22	10	124	0.0033	18.7
TkA01G524920	`PF06008`	Laminin_I	16	58	0.027	14.9
TkA01G524920	`PF09936`	Methyltrn_RNA_4	17	36	0.17	12.4
TkA01G524920	`PF16712`	SCAB_CC	21	51	0.024	15.2
TkA01G524920	`PF10451`	Stn1	23	101	0.061	13.0
TkA01G524920	`PF14593`	PH_3	24	47	0.027	15.2
TkA01G524920	`PF07851`	TMEM120A-B	25	48	2.3	8.1
TkA01G524920	`PF30378`	CEP135_TSGA10_CC	26	130	0.0059	15.7
TkA01G524920	`PF12325`	TMF_TATA_bd	26	41	0.33	11.8
TkA01G524920	`PF29947`	C5orf22	26	65	0.67	11.3
TkA01G524920	`PF05266`	DUF724	26	44	1.0	9.9
TkA01G524920	`PF30964`	At4g38062_N	27	125	0.01	15.4
TkA01G524920	`PF16515`	HIP1_clath_bdg	29	66	0.67	11.1
TkA01G524920	`PF30842`	LEKR1	29	78	3.1	8.8
TkA01G524920	`PF17098`	Wtap	30	49	2.1e-07	31.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSZ8`	拟南芥	sp\|Q9ZSZ8\|FIP37_ARATH FKBP12-interacting protein of 37 kDa	57.000%	Swiss-Prot	中等置信

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