TkA01G523880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G523880

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 131490972-131492117 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1047 bp · TkA01G523880|TK1151|cDNA

ATGTTAGCCACCGGCGGCTTCCAGAGTGACCGACTACAACAAGCCTATAAAGTAATCCAAGCTTTCAAGAAAAAGGTGACATACGATCCCAAAAACATTACAAAAACATGGGTTGGCAAAAACATTTGCAGAGATTACAAAGGGTTCGTGTGCGACATAGTACCGGATCTCAACAAAACCACCGTCGCCGGCGTTAACTTCAACGGCAATCGCTTCAATGGCCCCAGTCTTACCCTCACCGAACTCATACTCGGTTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA01G523880|TK1151|CDS

ATGTTAGCCACCGGCGGCTTCCAGAGTGACCGACTACAACAAGCCTATAAAGTAATCCAAGCTTTCAAGAAAAAGGTGACATACGATCCCAAAAACATTACAAAAACATGGGTTGGCAAAAACATTTGCAGAGATTACAAAGGGTTCGTGTGCGACATAGTACCGGATCTCAACAAAACCACCGTCGCCGGCGTTAACTTCAACGGCAATCGCTTCAATGGCCCCAGTCTTACCCTCACCGAACTCATACTCGGTTTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

348 aa · TkA01G523880|TK1151|PROTEIN

MLATGGFQSDRLQQAYKVIQAFKKKVTYDPKNITKTWVGKNICRDYKGFVCDIVPDLNKTTVAGVNFNGNRFNGPSLTLTELILGLRDLAFFHANSNNFTGTIPKNISQIRYLMELDLSNNNFSGRLDLLFINNNNFRQRISKYLGFTPALFLTLANNKFVGEIPRSIGRAANTLQEVLFLNNKLSGCMPYELGLLKKSTVLDVGFNNLTGPIPHSFQCLRKMELLNLARNRFYNEIPEAVCSLPGLTNFTASYNYFTQV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G523880`
TK1151 ID	TkA01G523880
OH-1004 ID	LXL04_001588
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.426 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G523880

位置 Chr01:131490972-131492117 (-)

描述 Similar to At4g06744: Uncharacterized protein At4g06744

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g06744`	未表征蛋白At4g06744。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0090404 pollen tube tip 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0005199 structural constituent of cell wall 分子功能

GO:0042277 peptide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24480

ath:AT4G06744

ath:AT4G13340

ath:AT4G33970

ath:AT5G25550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.406

排名 1 · TkA01G523880 · TK1151

细胞膜0.292

排名 2 · TkA01G523880 · TK1151

内质网0.097

排名 3 · TkA01G523880 · TK1151

细胞质0.075

排名 4 · TkA01G523880 · TK1151

质体0.072

排名 5 · TkA01G523880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00560LRR_166-76 aa

PF13516LRR_678-85 aa

PF23598LRR_1483-119 aa

PF00560LRR_191-109 aa

PF13855LRR_896-124 aa

PF13516LRR_6111-124 aa

PF00560LRR_1113-131 aa

PF00560LRR_1127-144 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	66	76	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13516`	LRR_6	78	85	0.79	10.6
TkA01G523880	`PF23598`	LRR_14	83	119	0.16	11.4
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	91	109	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13855`	LRR_8	96	124	2.5e-08	34.2
TkA01G523880	`PF13516`	LRR_6	111	124	0.79	10.6
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	113	131	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	127	144	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13855`	LRR_8	127	158	2.5e-08	34.2
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	153	169	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13855`	LRR_8	153	209	2.5e-08	34.2
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	175	194	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13855`	LRR_8	196	233	2.5e-08	34.2
TkA01G523880	`PF00560`	LRR_1	200	220	5.7e-09	35.1
TkA01G523880	`PF13516`	LRR_6	200	211	0.79	10.6
TkA01G523880	`PF13855`	LRR_8	201	255	2.5e-08	34.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W3M4`	拟南芥	sp\|Q8W3M4\|Y4744_ARATH Uncharacterized protein At4g06744	43.800%	Swiss-Prot	中等置信

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