TkA01G521270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G521270

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 130723178-130727849 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2959 bp · TkA01G521270|TK1151|cDNA

CCGCCGACATTTTACCGCCATTTTGGTAGGAGTTCGAATCAAAACTATCGTACACACCATATGAAATCAGAACAGTTAAGTCTGAAATAGAACACTAGGTCTATGGAAGAAGATGACGAAGAAGTTATATCTGTCTCTGGTTCCAGCGATTCGAGCCAAGATTTCACCTGCGATGAATCTGAAGAGGGCGATGATGATTTATGTAGATCTGGCAGTGATGAAAGCTGTGAAGAAAACGCCCCCGCCCGACCAGCTGCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2739 bp · TkA01G521270|TK1151|CDS

ATGGAAGAAGATGACGAAGAAGTTATATCTGTCTCTGGTTCCAGCGATTCGAGCCAAGATTTCACCTGCGATGAATCTGAAGAGGGCGATGATGATTTATGTAGATCTGGCAGTGATGAAAGCTGTGAAGAAAACGCCCCCGCCCGACCAGCTGCGCACAATCAAAAATCGCAGAACGTGGATGCTCTTTTGAGAGGAAATCTCGTCGTCAAAAGGCAGCCACTACTTCCACGAGTTCTTTCAGTGACAGAAAGAGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

912 aa · TkA01G521270|TK1151|PROTEIN

MEEDDEEVISVSGSSDSSQDFTCDESEEGDDDLCRSGSDESCEENAPARPAAHNQKSQNVDALLRGNLVVKRQPLLPRVLSVTEREAVLKKPFKPPSSDGYSDQNQNLNRRLWARKRFVPWGSNRPALIPITNTFNLPVSTEEEIPEESAKLPPDIEPLFLWQPEKSENTDVDSTPIEVDHMLVKFLRPHQREGVQFMFDCVSGLCTADINGCILADDMGLGKTLQSITLLYTLLRQGFDGKPMVKKGIIVTPTSLVSNW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G521270`
TK1151 ID	TkA01G521270
OH-1004 ID	LXL04_001628
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G521270

位置 Chr01:130723178-130727849 (-)

描述 Similar to CHR25: Protein CHROMATIN REMODELING 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19210`	从形成于双链DNA上的核蛋白丝中解离RAD51。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0762800`	多功能ATP酶，在同源重组（HR）中发挥作用，这是修复DNA双链断裂（DSBs）、单链DNA（ssDNA）缺口以及阻滞或坍塌的复制叉的主要途径。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000711 meiotic DNA repair synthesis 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0043150 DNA synthesis involved in double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19210

dosa:Os02g0762800

dwi:6642593

gga:424611

hsa:8438

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.898

排名 1 · TkA01G521270 · TK1151

细胞质0.165

排名 2 · TkA01G521270 · TK1151

线粒体0.043

排名 3 · TkA01G521270 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA01G521270 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA01G521270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII187-359 aa

PF00176SNF2-rel_dom190-494 aa

PF00270DEAD213-362 aa

PF18766SWI2_SNF2273-363 aa

PF09848SLFN-g3_helicase302-341 aa

PF13401AAA_22322-359 aa

PF21407SduA_N416-479 aa

PF11496HDA2-3471-499 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G521270	`PF04851`	ResIII	187	359	7.7e-10	39.6
TkA01G521270	`PF00176`	SNF2-rel_dom	190	494	3.9e-71	240.2
TkA01G521270	`PF00270`	DEAD	213	362	5.7e-08	33.4
TkA01G521270	`PF18766`	SWI2_SNF2	273	363	0.06	13.7
TkA01G521270	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	302	341	0.069	13.1
TkA01G521270	`PF13401`	AAA_22	322	359	0.24	12.4
TkA01G521270	`PF21407`	SduA_N	416	479	0.061	14.2
TkA01G521270	`PF11496`	HDA2-3	471	499	0.00038	20.4
TkA01G521270	`PF11496`	HDA2-3	536	690	0.00038	20.4
TkA01G521270	`PF04851`	ResIII	539	565	7.7e-10	39.6
TkA01G521270	`PF00271`	Helicase_C	541	655	1e-20	74.7
TkA01G521270	`PF18766`	SWI2_SNF2	541	579	0.06	13.7
TkA01G521270	`PF00176`	SNF2-rel_dom	664	696	3.9e-71	240.2
TkA01G521270	`PF18766`	SWI2_SNF2	718	743	0.06	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0PCS3`	拟南芥	sp\|Q0PCS3\|CHR25_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 25	70.600%	Swiss-Prot	高置信
`A4PBL4`	水稻	sp\|A4PBL4\|RAD54_ORYSJ DNA repair and recombination protein RAD54	74.000%	Swiss-Prot	高置信

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