TkA01G515560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G515560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129197314-129198278 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

882 bp · TkA01G515560|TK1151|cDNA

CATAAAGCCCGGCCACTACTCATTCTCCAATAACTGATCTATTCGACTCTAAATTATCATCTTAAGCTTTACGTCAACCAGCTAGCTTCAATAACGAAATGGCAGATATACGTGACGAGCATGGCCGTCCTATTCAGCTTACCGACGAGTTAGGCCGCCCGGTTCAGCTCACCGACGAGCATGGTGATCCAATCCACCTCACCGGCGTCGCTACCACTCACGGCCACCCACTATTGGATCAGAGCTTCACAACAAGATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

507 bp · TkA01G515560|TK1151|CDS

ATGTCGCATGACCAGCCAACCCACTACTCCACCATGGGGTCCGAGACTCACGGCGGAACCCACTTTGCTCCTACACCAGTCGACTACGTCAAACGTGGCGCCGATTCAGTCGCCGGTGCCGGTGCAGCCACTGTGGGTGCGGCAGCAGGAGCTGCTAAGGGGGCTGTTACCGGCGCTGCAGCACCTTTCAGCCATACCCAGGCTCACGGTGCCGGAGGTGAGAAAAAAGAGCTGCAACGATCAACAAGTTCTAGCTCCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

168 aa · TkA01G515560|TK1151|PROTEIN

MSHDQPTHYSTMGSETHGGTHFAPTPVDYVKRGADSVAGAGAATVGAAAGAAKGAVTGAAAPFSHTQAHGAGGEKKELQRSTSSSSSSSEDDGQGGRRKKKGLMQKIKEKLPGSKEKEKHATAHSADTKVSSTGGVPAGTRVEYHEQEHEKKGFMDKIKDKLPGHHSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G515560`
TK1151 ID	TkA01G515560
OH-1004 ID	LXL04_001739
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.018 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G515560

位置 Chr01:129197314-129198278 (-)

描述 Similar to LEA: Probable dehydrin LEA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2ZDX6`	脱水蛋白 Rab16C。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001739 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009961 response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016151 nickel cation binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21490

ath:AT3G50980

ath:AT5G66400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · TkA01G515560 · TK1151

细胞膜0.316

排名 2 · TkA01G515560 · TK1151

细胞核0.268

排名 3 · TkA01G515560 · TK1151

线粒体0.041

排名 4 · TkA01G515560 · TK1151

内质网0.031

排名 5 · TkA01G515560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10439Bacteriocin_IIc18-60 aa

PF11983FtsA_C18-28 aa

PF00257Dehydrin21-166 aa

PF05642Sporozoite_P6751-114 aa

PF12336SOXp60-60 aa

PF19756DUF624370-122 aa

PF10500SR-2580-153 aa

PF12336SOXp97-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G515560	`PF10439`	Bacteriocin_IIc	18	60	0.17	12.6
TkA01G515560	`PF11983`	FtsA_C	18	28	0.68	11.7
TkA01G515560	`PF00257`	Dehydrin	21	166	6.5e-37	128.1
TkA01G515560	`PF05642`	Sporozoite_P67	51	114	0.36	9.6
TkA01G515560	`PF12336`	SOXp	60	60	0.32	12.7
TkA01G515560	`PF19756`	DUF6243	70	122	0.2	12.7
TkA01G515560	`PF10500`	SR-25	80	153	0.0088	16.4
TkA01G515560	`PF12336`	SOXp	97	143	0.32	12.7
TkA01G515560	`PF27439`	DnaJ_C_2	98	109	0.016	15.9
TkA01G515560	`PF11983`	FtsA_C	98	108	0.68	11.7
TkA01G515560	`PF11983`	FtsA_C	108	160	0.68	11.7
TkA01G515560	`PF10439`	Bacteriocin_IIc	121	140	0.17	12.6
TkA01G515560	`PF05642`	Sporozoite_P67	124	164	0.36	9.6
TkA01G515560	`PF27439`	DnaJ_C_2	146	160	0.016	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2ZDX6`	水稻	sp\|A2ZDX6\|DH16C_ORYSI Dehydrin Rab16C	41.800%	Swiss-Prot	低置信

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