TkA01G508400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G508400

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 127339661-127342154 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1489 bp · TkA01G508400|TK1151|cDNA

TTTGAATCAATCCGACCTAACCGGAGTCCTGAACGGATTATATATACTAATTCGGATGAAACCTTCACAGACAGTATTATTCCATTTTATCATCAATCAAGAAATCTTAACGACAACAGACATACGTACGAACACTCCCACAGAATGTTCTGATCGTGTTCCCTAATTCTCCGTTTTCAATCTCTCGTACCCCTTCTCTGTATTCAACCTGCAACCATCATTTTCATCAGAGTTTCAACGAATTCAAGGATGCTAATGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

870 bp · TkA01G508400|TK1151|CDS

ATGGGGAATAAGCTTGTAATTAGAAAGAGGCATTCGGTGGACGAGAAGTACACAAAGCCTCAAGGGTTGTACGAACACAAGGATGTAGACCATAAAAAACTTCGTAAACTTATACTCGATTCTAAACTTGCTCCTTGTTATCCTGGTGATGATGACTCTAGCTGCGATCTTGAAGAATGCCCAATTTGCTTTTTGTATTATCCAAGTCTGAATCGTTCAAGATGTTGCATGAAAGTCATTTGTACAGAGTGTTTTCTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

289 aa · TkA01G508400|TK1151|PROTEIN

MGNKLVIRKRHSVDEKYTKPQGLYEHKDVDHKKLRKLILDSKLAPCYPGDDDSSCDLEECPICFLYYPSLNRSRCCMKVICTECFLQMKTPNSTRPTQCPFCKTFNYAVEYRGVKTKEEKGLEQIEEQLVIDAKIRMRRQEIQDEEERMQKRKDMSSSSRIIEGDEIVSIGGSGITNPTDSMHNRNDEFDLDNLMLMEAIWLSFQEDGSQHRNYGDAAELARYRTELHVSAAVGPPPETTSSASPYGGLACTIAREEGSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G508400`
TK1151 ID	TkA01G508400
OH-1004 ID	LXL04_001810
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G508400

位置 Chr01:127339661-127342154 (-)

描述 Similar to DA2: E3 ubiquitin-protein ligase DA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78420`	E3 泛素-蛋白连接酶，参与器官和种子大小的调控。	暂无已核实直接文献
`At1g17145`	E3 泛素-蛋白连接酶，参与器官和种子大小的调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A4GWX9`	参与谷粒大小调控的E3泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献
`Os02g0244100`	参与谷粒大小调控的E3泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001810 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042149 cellular response to glucose starvation 生物过程

GO:0046620 regulation of organ growth 生物过程

GO:0080113 regulation of seed growth 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ADR255W

ath:AT1G17145

ath:AT1G78420

dosa:Os02g0244100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · TkA01G508400 · TK1151

细胞核0.323

排名 2 · TkA01G508400 · TK1151

细胞膜0.141

排名 3 · TkA01G508400 · TK1151

溶酶体／液泡0.091

排名 4 · TkA01G508400 · TK1151

高尔基体0.075

排名 5 · TkA01G508400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27641SIP5_N9-54 aa

PF27641SIP5_N57-160 aa

PF13920zf-C3HC4_358-104 aa

PF14634zf-RING_559-104 aa

PF13923zf-C3HC4_259-102 aa

PF26082zf-C2H2_AcuF59-72 aa

PF26082zf-C2H2_AcuF96-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G508400	`PF27641`	SIP5_N	9	54	3.2e-24	86.8
TkA01G508400	`PF27641`	SIP5_N	57	160	3.2e-24	86.8
TkA01G508400	`PF13920`	zf-C3HC4_3	58	104	0.0075	16.8
TkA01G508400	`PF14634`	zf-RING_5	59	104	0.34	11.6
TkA01G508400	`PF13923`	zf-C3HC4_2	59	102	3.9	8.1
TkA01G508400	`PF26082`	zf-C2H2_AcuF	59	72	5.1	7.6
TkA01G508400	`PF26082`	zf-C2H2_AcuF	96	104	5.1	7.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YV5`	拟南芥	sp\|Q93YV5\|DA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase DA2	58.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q940G8`	拟南芥	sp\|Q940G8\|DA2L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase DA2L	57.500%	Swiss-Prot	高置信
`A4GWX9`	水稻	sp\|A4GWX9\|GW2_ORYSI E3 ubiquitin-protein ligase GW2	53.300%	Swiss-Prot	高置信
`B9F4Q9`	水稻	sp\|B9F4Q9\|GW2_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase GW2	53.300%	Swiss-Prot	高置信

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