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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G500620
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 125418391-125420334 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1575 bp · TkA01G500620|TK1151|cDNA

ATGCCGGTCAAGACTGTCGTATCATGGACTGCTATGCTCACCGCATACGCAGATAACGGACAGATCCACAACGCTCGTAAACTGTTCGACGAAATGCCTCAACGAAACATCGCTACTTGGAACGCGATGATTACAGCTTATACGCGTAACAAAAACGGAATCGATAAAGCATGGGATCTGTTCTCCAAATCCCCTGAGAAAAACGCAGTTTCCTATGCTTCCATGATCACAGGTTACGTTCGTGCAGTATTTGAAGGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1575 bp · TkA01G500620|TK1151|CDS

ATGCCGGTCAAGACTGTCGTATCATGGACTGCTATGCTCACCGCATACGCAGATAACGGACAGATCCACAACGCTCGTAAACTGTTCGACGAAATGCCTCAACGAAACATCGCTACTTGGAACGCGATGATTACAGCTTATACGCGTAACAAAAACGGAATCGATAAAGCATGGGATCTGTTCTCCAAATCCCCTGAGAAAAACGCAGTTTCCTATGCTTCCATGATCACAGGTTACGTTCGTGCAGTATTTGAAGGATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

524 aa · TkA01G500620|TK1151|PROTEIN

MPVKTVVSWTAMLTAYADNGQIHNARKLFDEMPQRNIATWNAMITAYTRNKNGIDKAWDLFSKSPEKNAVSYASMITGYVRAVFEGCGVFNRHKEGTQLHALVILTGLQFDTFLGNSAITMYNRLNDLNSAVKLFNTMEKKDTVTFNSIIDVYIQGQDINTAYKHFEMIPQKDIYSWTTMITGLSTQGYIHKSLDLFKKMPYKDDITWTTLISGFVNNKKYEESFRLFIQMLQTQVKPNHVTFITILSSSASLATLNQGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G500620
TK1151 IDTkA01G500620
OH-1004 IDLXL04_001890
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.351 / OH-1004 61.905
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G500620
位置Chr01:125418391-125420334 (+)
描述Similar to PCMP-E63: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53600, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g53600 含五聚肽重复的蛋白 At1g53600，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001890 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:1905392 plant organ morphogenesis 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32415
ath:AT1G53600
ath:AT4G02750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.678
排名 1 · TkA01G500620 · TK1151
质体0.147
排名 2 · TkA01G500620 · TK1151
细胞核0.050
排名 3 · TkA01G500620 · TK1151
细胞质0.037
排名 4 · TkA01G500620 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA01G500620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_25-37 aa
PF12854PPR_15-32 aa
PF13812PPR_36-47 aa
PF01535PPR7-37 aa
PF13428TPR_148-32 aa
PF23276TPR_249-72 aa
PF29070MSC6_N10-81 aa
PF24603TPR_3011-46 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G500620PF13041PPR_25375.1e-63209.7
TkA01G500620PF12854PPR_15324e-44148.8
TkA01G500620PF13812PPR_36471.4e-2486.7
TkA01G500620PF01535PPR7373e-61200.2
TkA01G500620PF13428TPR_148321e-0526.5
TkA01G500620PF23276TPR_249721.1e-1248.7
TkA01G500620PF29070MSC6_N10814.8e-1246.4
TkA01G500620PF24603TPR_3011460.002518.9
TkA01G500620PF17049AEP111480.004616.8
TkA01G500620PF14559TPR_1915350.03315.2
TkA01G500620PF17177PPR_long21491.9e-0731.4
TkA01G500620PF22330Rib_mS39_PPR23470.001119.4
TkA01G500620PF13812PPR_335521.4e-2486.7
TkA01G500620PF13041PPR_236805.1e-63209.7
TkA01G500620PF12854PPR_136624e-44148.8
TkA01G500620PF01535PPR39533e-61200.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C8L6拟南芥sp|Q9C8L6|PPR80_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53600, mitochondrial54.200%Swiss-Prot高置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365042.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333041.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360043.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LFI1拟南芥sp|Q9LFI1|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial39.400%Swiss-Prot中等置信

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