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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G498330
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 124853390-124859041 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3793 bp · TkA01G498330|TK1151|cDNA

GAAAAGAAATGAAGTTTTTGCGTAAGCAGAGACAGAGGTGACGCACGATTGCCATCTGTACTGCTGTTCGGGTTACCCAAAGCCCAATCCTTCCGCCATTTCTTCTTTGCTTCCATTCAACACTCGTGAGAAGTGTGATAGGGTTCTCCGATCAATCGTAACGGTTAAAGTTGTTGGATTTTCCTCATTTTCGCTGGCTTTGCTCCATTTCTCCAAGACTTTCAGAAATCTTCAAACCCTAGTTTCTGATTTGAAGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2976 bp · TkA01G498330|TK1151|CDS

ATGAAGGGAAACTGCAACAAGTCCTTAAAAACATTATTCAGCCGAGGTATCGAAGACTTACATGATGATGAATTCGAGGGTTCAAAAGACGAGGACTCAATTTTCAGAGACGTATTTTTCGGGGACCAAAATGGTAAAAGCAGCAAAAAGTGTGTTGTAACAGGCGCAATAACATTCGAAAACGAAAACAAAAAACCTAAAGACATTTCATTCGGTTCCAACAGTGACAACTCAGTCACAACAACTCAAATAGATTTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

991 aa · TkA01G498330|TK1151|PROTEIN

MKGNCNKSLKTLFSRGIEDLHDDEFEGSKDEDSIFRDVFFGDQNGKSSKKCVVTGAITFENENKKPKDISFGSNSDNSVTTTQIDFQNTREDDDFPILATTHPDPTPDTEFKKRKVSIEEQEQPYLQKVVDSCLFQSPTIVTCRLVESSSQGFKSSCYLLKGPLLTDIVNTNNSNDQKGHNVDVNVSVSISVPVPVPIPIPIPGAIASPVSQESHISKLLVTKPEPIQTQCSKRKWKDSSFVEIDEDELLVPPTPKDSTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G498330
TK1151 IDTkA01G498330
OH-1004 IDLXL04_037731
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)43.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.285 / OH-1004 96.323
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G498330
位置Chr01:124853390-124859041 (+)
描述Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g14980 组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。
A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416
Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109
Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006955 immune response 生物过程
GO:0006959 humoral immune response 生物过程
GO:0032722 positive regulation of chemokine production 生物过程
GO:0034728 nucleosome organization 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G14980
dme:Dmel_CG9594
hsa:326
mmu:11634
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928
排名 1 · TkA01G498330 · TK1151
细胞质0.134
排名 2 · TkA01G498330 · TK1151
细胞膜0.029
排名 3 · TkA01G498330 · TK1151
内质网0.015
排名 4 · TkA01G498330 · TK1151
线粒体0.014
排名 5 · TkA01G498330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05764YL118-79 aa
PF16135TDBD35-52 aa
PF05764YL1440-512 aa
PF26705AFDN442-501 aa
PF16135TDBD592-642 aa
PF23011PHD-1st_NSD596-607 aa
PF23011PHD-1st_NSD667-709 aa
PF23004PHDvar_NSD669-694 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G498330PF05764YL118798.07.2
TkA01G498330PF16135TDBD35526.8e-1555.5
TkA01G498330PF05764YL14405128.07.2
TkA01G498330PF26705AFDN4425010.03215.3
TkA01G498330PF16135TDBD5926426.8e-1555.5
TkA01G498330PF23011PHD-1st_NSD5966079.3e-0523.2
TkA01G498330PF23011PHD-1st_NSD6677099.3e-0523.2
TkA01G498330PF23004PHDvar_NSD6696940.004917.6
TkA01G498330PF14446Prok-RING_16696945.67.9
TkA01G498330PF00628PHD6707091.3e-0525.8
TkA01G498330PF23555zf-RING_Vps416857100.00317.8
TkA01G498330PF17123zf-RING_116886940.001319.1
TkA01G498330PF14446Prok-RING_17087415.67.9
TkA01G498330PF00628PHD7117561.3e-0525.8
TkA01G498330PF17123zf-RING_117117390.001319.1
TkA01G498330PF23555zf-RING_Vps417117440.00317.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IXE7拟南芥sp|F4IXE7|IDM1_ARATH Increased DNA methylation 138.700%Swiss-Prot中等置信

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