RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G488680
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 122271989-122273518 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1392 bp · TkA01G488680|TK1151|cDNA

TTGTAATTAATATTTTCTTAATTTATGTGTTTTTTGTCTGTGAACTATTGGGACATGTTAAATTAGGAGAAGTTACAAATATGTTCCCTTATTGTATATCATATTGACCATAACCTAACCTTTTTCAAAACTTGTAGCGTCAACTAATATTCCACGAATTGGATCCATTAGCCTCTACGACCACCGCCACCAACCATGCCTCCACCCCCGGGCCTTCCGCAACTACCACCACCGCCACCGTTCTTCTGGGGGGAAACGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · TkA01G488680|TK1151|CDS

ATGCCTCCACCCCCGGGCCTTCCGCAACTACCACCACCGCCACCGTTCTTCTGGGGGGAAACGCCGGAGGAAGAATACTACAAATCCCAAGGCGTCAGTAACTCCAAGTCCTATTTCGAAACCCCTAACGGCAAGATCTTCACTCAATCATGGCTGCCACTAGACCAAACAGCCAAGGCCGCCGTATTCATGACGCATGGGTACACCTCCGACACCAGCTGGGTTTTCCAAAATATCTGTATCGCATACGCCAAGTGGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

330 aa · TkA01G488680|TK1151|PROTEIN

MPPPPGLPQLPPPPPFFWGETPEEEYYKSQGVSNSKSYFETPNGKIFTQSWLPLDQTAKAAVFMTHGYTSDTSWVFQNICIAYAKWGYAVFAADLLGHGNSDGLHGYIGDMDKAAATSLSYFVTVRRCQQYRDLPAFLFGESMGGMITMLMYFQSDPDTWSGLIFLSPLFVLPEGMIPSKLHITMYGLLFGLADTWAAMPLPGAQMAVKAVKDFEKLKILMVNPKRYAGKPRVGTMREVVRVTNYVQNNFEKVRVPFFTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G488680
TK1151 IDTkA01G488680
OH-1004 IDLXL04_002037
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.091 / OH-1004 99.392
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G488680
位置Chr01:122271989-122273518 (-)
描述Similar to CSE: Caffeoylshikimate esterase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g52760 酯酶参与木质素的生物合成。
Acyl-CoA-binding protein 2 binds lysophospholipase 2 and lysoPC to promote tolerance to cadmium-induced oxidative stress in transgenic Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04209.x
A bifunctional enzyme that has both monoacylglycerol acyltransferase and acyl hydrolase activities.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.202135

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002037 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程
GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程
GO:0010043 response to zinc ion 生物过程
GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程
GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程
GO:0019433 triglyceride catabolic process 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0045471 response to ethanol 生物过程
GO:0045907 positive regulation of vasoconstriction 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G52760
hsa:11343
msg:MSMEI_0213
msm:MSMEG_0220
rno:29254
vg:72551439
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.436
排名 1 · TkA01G488680 · TK1151
内质网0.255
排名 2 · TkA01G488680 · TK1151
细胞核0.152
排名 3 · TkA01G488680 · TK1151
线粒体0.152
排名 4 · TkA01G488680 · TK1151
细胞膜0.123
排名 5 · TkA01G488680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02129Peptidase_S1551-106 aa
PF12740PETase53-92 aa
PF02230Abhydrolase_256-71 aa
PF12146Hydrolase_457-301 aa
PF00561Abhydrolase_161-173 aa
PF12697Abhydrolase_663-307 aa
PF01738DLH76-100 aa
PF07859Abhydrolase_3135-169 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G488680PF02129Peptidase_S15511060.0006120.3
TkA01G488680PF12740PETase53920.01515.5
TkA01G488680PF02230Abhydrolase_256710.004717.5
TkA01G488680PF12146Hydrolase_4573018.2e-45153.7
TkA01G488680PF00561Abhydrolase_1611732e-0834.9
TkA01G488680PF12697Abhydrolase_6633072.2e-0835.7
TkA01G488680PF01738DLH761002e-0525.0
TkA01G488680PF07859Abhydrolase_31351690.1712.3
TkA01G488680PF02230Abhydrolase_21371950.004717.5
TkA01G488680PF00326Peptidase_S91371690.005217.1
TkA01G488680PF02129Peptidase_S152402840.0006120.3
TkA01G488680PF00326Peptidase_S92433240.005217.1
TkA01G488680PF12740PETase2463220.01515.5
TkA01G488680PF02230Abhydrolase_22473010.004717.5
TkA01G488680PF01738DLH2483202e-0525.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C942拟南芥sp|Q9C942|CSE_ARATH Caffeoylshikimate esterase68.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看