TkA01G484410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G484410

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 121237956-121240724 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2520 bp · TkA01G484410|TK1151|cDNA

TTGCAATACGCCGTCGTATCTGACAATTTACATGGATGTTCGCGTTGGCTAACTTACCATTCGCATTTCAGTATCCCCAAATCACCTCTCACTCCATTCTTCCCTACTGTACAGACCAGAAAGCACTCAGATTACGCTGTAAATTCTTCCAGTTTTCTGCTAAATTATTGGTTTGTAGATCAATCGACAGATGGGCTGTACGCAATCGAAGATCGAGAACGAAGAAATTGTGAATCGGTGCAAGGAAAGGAAAACAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2214 bp · TkA01G484410|TK1151|CDS

ATGGGCTGTACGCAATCGAAGATCGAGAACGAAGAAATTGTGAATCGGTGCAAGGAAAGGAAAACAGTGATGAAAGAATCAGTATCTGCCCGCAACGCCTTCGCCGCTGCTCACTTCTCCTACGCCGCCGCTTTGAAGAACACCGGCGCTGCGCTTAGCGACTACGCCCAAGGCGAGGTTCAGATTGATCACCGTCATCCGTCCTCTGCTGACGCAGTTTCTTCTTCGACAACCATTCTCCCTCCAGCACCACCACAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

737 aa · TkA01G484410|TK1151|PROTEIN

MGCTQSKIENEEIVNRCKERKTVMKESVSARNAFAAAHFSYAAALKNTGAALSDYAQGEVQIDHRHPSSADAVSSSTTILPPAPPQPPYETLRPPPPPPLQRASTMPEFPISEPEFKSHPDAIIEEVDEDDEIDDRSLKHRSSSRSGAGRSVSKREAEKEDFPPPSPPQPTPPRPSGNTLNRAAPPPPPSDGISTWDDYFFPSMENVPGSSLAESENERTRFEREEIHRRKVLEEEQRNRSMNNHINHNHVDASHEVEEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G484410`
TK1151 ID	TkA01G484410
OH-1004 ID	LXL04_002085
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G484410

位置 Chr01:121237956-121240724 (+)

描述 Similar to REL2: Protein ROLLING AND ERECT LEAF 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51290`	参与根尖细胞分化与细胞伸长的协调。	暂无已核实直接文献
`At3g60320`	硝酸盐信号传导所需。	The Arabidopsis NRG2 Protein Mediates Nitrate Signaling and Interacts with and Regulates Key Nitrate Regulators.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00567

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0562700`	参与叶形状形成的调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0071249 cellular response to nitrate 生物过程

GO:0071705 nitrogen compound transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51290

ath:AT3G60320

dosa:Os10g0562700

osa:4349394

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.535

排名 1 · TkA01G484410 · TK1151

细胞质0.370

排名 2 · TkA01G484410 · TK1151

细胞核0.261

排名 3 · TkA01G484410 · TK1151

内质网0.041

排名 4 · TkA01G484410 · TK1151

高尔基体0.038

排名 5 · TkA01G484410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04783DUF6301-59 aa

PF27150Rv2240c5-48 aa

PF04782DUF632303-608 aa

PF09286Pro-kuma_activ312-338 aa

PF03938OmpH407-422 aa

PF09769ApoO424-473 aa

PF08696Dna2435-463 aa

PF28557DUF8439480-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G484410	`PF04783`	DUF630	1	59	2.8e-24	85.7
TkA01G484410	`PF27150`	Rv2240c	5	48	0.21	12.8
TkA01G484410	`PF04782`	DUF632	303	608	4.8e-107	358.6
TkA01G484410	`PF09286`	Pro-kuma_activ	312	338	0.18	12.7
TkA01G484410	`PF03938`	OmpH	407	422	0.99	10.3
TkA01G484410	`PF09769`	ApoO	424	473	0.22	12.2
TkA01G484410	`PF08696`	Dna2	435	463	4.9	7.5
TkA01G484410	`PF28557`	DUF8439	480	522	7.3	7.7
TkA01G484410	`PF09286`	Pro-kuma_activ	500	560	0.18	12.7
TkA01G484410	`PF09769`	ApoO	515	549	0.22	12.2
TkA01G484410	`PF08696`	Dna2	521	553	4.9	7.5
TkA01G484410	`PF28557`	DUF8439	580	632	7.3	7.7
TkA01G484410	`PF03938`	OmpH	599	696	0.99	10.3
TkA01G484410	`PF08696`	Dna2	605	669	4.9	7.5
TkA01G484410	`PF09769`	ApoO	618	645	0.22	12.2
TkA01G484410	`PF27150`	Rv2240c	620	648	0.21	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A178VBJ0`	拟南芥	sp\|A0A178VBJ0\|APSR1_ARATH Protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1	30.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93YU8`	拟南芥	sp\|Q93YU8\|NRG2_ARATH Nitrate regulatory gene2 protein	30.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9AQW1`	水稻	sp\|Q9AQW1\|REL2_ORYSJ Protein ROLLING AND ERECT LEAF 2	32.900%	Swiss-Prot	中等置信

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