TkA01G480590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G480590

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 120360116-120362529 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1975 bp · TkA01G480590|TK1151|cDNA

AAACACCCAAAAACGAGGGTTCTTTTCTCGCCGTAAAGCTCAGTACCTCCGGCGGTCTTTCGTGCTTTCAACTCTCGGTCCTCCGTCTACCGCCATCCTCGTACCTGTAACCATTAATCTAAAGAGGTTTGACGAAAAATCTCTTTTCCATCCCCCTCTGCCTTTTCTCTTGATTATTGTCTGGTCTTAGTGATCTTATTGTTGATTAATGGAGTTCGAAGACAATCGTTGCTGTCGACGGGAGTCACCTCTGCGTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA01G480590|TK1151|CDS

ATGGACGAAGAAACCTCAAAGCTTTATAGAATCATGAAAACCTGCTACGAGATGCTGAAAGACCGTGGCTACGAGATTGACGATTCAGAAATCAACATGACAAGAAAGGAATTCCTCGACAAACACAACGGAATCATCAGAAGAGAAGACCTAACCATGCTCAAGACCAAACCAAACAACACCGATCCGATCTTCGTTTTCTTCCCGAATGAACTGAAGATCGGTGTGAAGCCAATCAGGAATTATATCGATCGTATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA01G480590|TK1151|PROTEIN

MDEETSKLYRIMKTCYEMLKDRGYEIDDSEINMTRKEFLDKHNGIIRREDLTMLKTKPNNTDPIFVFFPNELKIGVKPIRNYIDRMKDEKVRRAIIVVQLALTTNAKKAQMEVSGLFQMDVFTDAELLVNIRLHNLVPEHIPLTTQEKKELLDKYTVKEPQLPRILPTDPIARYYGLRRGQVVKILRPIETGTSEKDKDDFESSKRDPKQEICYVTYRIVA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G480590`
TK1151 ID	TkA01G480590
OH-1004 ID	LXL04_000311
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.353 / OH-1004 78.112 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G480590

位置 Chr01:120360116-120362529 (-)

描述 Similar to NRPE5A: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22320`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006362 transcription elongation by RNA polymerase I 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0000418 RNA polymerase IV complex 细胞组分

GO:0000419 RNA polymerase V complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0005666 RNA polymerase III complex 细胞组分

GO:0005736 RNA polymerase I complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003899 DNA-directed RNA polymerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41340

ath:AT3G22320

ath:AT3G54490

ath:AT3G57080

cbr:CBG_12745

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.835

排名 1 · TkA01G480590 · TK1151

细胞质0.198

排名 2 · TkA01G480590 · TK1151

线粒体0.040

排名 3 · TkA01G480590 · TK1151

细胞外0.022

排名 4 · TkA01G480590 · TK1151

细胞膜0.020

排名 5 · TkA01G480590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03871RNA_pol_Rpb5_N2-86 aa

PF02170PAZ7-93 aa

PF01191RNA_pol_Rpb5_C32-55 aa

PF04471Mrr_cat72-112 aa

PF01191RNA_pol_Rpb5_C129-191 aa

PF02170PAZ198-217 aa

PF01191RNA_pol_Rpb5_C214-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G480590	`PF03871`	RNA_pol_Rpb5_N	2	86	1.1e-25	90.8
TkA01G480590	`PF02170`	PAZ	7	93	0.32	11.7
TkA01G480590	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	32	55	1.2e-24	86.5
TkA01G480590	`PF04471`	Mrr_cat	72	112	0.18	12.6
TkA01G480590	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	129	191	1.2e-24	86.5
TkA01G480590	`PF02170`	PAZ	198	217	0.32	11.7
TkA01G480590	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	214	220	1.2e-24	86.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81098`	拟南芥	sp\|O81098\|RPB5A_ARATH DNA-directed RNA polymerases II and IV subunit 5A	58.100%	Swiss-Prot	高置信

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