TkA01G468280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G468280

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 117271014-117272399 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1232 bp · TkA01G468280|TK1151|cDNA

GGCGGGAACGTTCCCTCTCGTCGAAATCATGAAATATTTCCAGCAATAATCGTAGAAGTGAAAAAAGCGATTAGGGCAAATATCCATGGTAATTACCAAACAAATCGAGTCCTCATATGATTATATCATGTCTCCATCTCTGTACATATGCCATTAGGGGTAAATCTCCATCCGCCTCCATAGAAGAGAGTGTTCAACCAAATCCAGTACTTCTCTGCTTTCGATCAACATCCTGAGCCCCTCTCCTGATTTCGTATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

585 bp · TkA01G468280|TK1151|CDS

ATGCTCAAAGATTATTCAATCCTTCTTCTTCCCCACCACCAATCACAACAAGTGCCTAGCAGTAAGCTCCCAAAGGGACGTCATTTGAGCGATGATGGTGTTTCATATGATATAGATGTTAGGTTGCCGGGAGAGGGTCAGCCTCAACTTGAGGTCACTCCCATTACCAAGTATGGGTCTGATCCTGGTCTCGTTGTGGGTCGTCAGATTGCTGTTAACAAGGCTTATATATGTTATGGTTTGAAACTGGGAGCAATCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

194 aa · TkA01G468280|TK1151|PROTEIN

MLKDYSILLLPHHQSQQVPSSKLPKGRHLSDDGVSYDIDVRLPGEGQPQLEVTPITKYGSDPGLVVGRQIAVNKAYICYGLKLGAIRVLNIHTALRSLLKRVTDMVFFAEDVHVLVSASIDGRVYVWKIQKGQMKMTSHKLQGRLLLRFRSQEKGNLFILEFVGPFLTPGVVLCFLLFLCCALLALGLHLEFFL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G468280`
TK1151 ID	TkA01G468280
OH-1004 ID	LXL04_016122
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	76.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.196 / OH-1004 11.496 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G468280

位置 Chr01:117271014-117272399 (-)

描述 Similar to VCR: Varicose-related protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13290`	作为去帽复合物的组成部分，可能在mRNA降解中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g13300`	作为脱帽复合物的组成部分，参与 mRNA 的降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000290 deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0007186 G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010071 root meristem specification 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0031087 deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G13290

ath:AT3G13300

hsa:23644

mmu:234699

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.439

排名 1 · TkA01G468280 · TK1151

细胞核0.430

排名 2 · TkA01G468280 · TK1151

内质网0.103

排名 3 · TkA01G468280 · TK1151

线粒体0.083

排名 4 · TkA01G468280 · TK1151

细胞膜0.083

排名 5 · TkA01G468280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16529Ge1_WD4050-138 aa

PF24796WDR5569-92 aa

PF24106Beta-prop_EDC4L70-130 aa

PF17005WD40_like70-139 aa

PF23411Beta-prop_Vps4171-139 aa

PF23414Beta-prop_EML_273-138 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st80-137 aa

PF25178Beta-prop_WDR4181-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G468280	`PF16529`	Ge1_WD40	50	138	2e-05	24.4
TkA01G468280	`PF24796`	WDR55	69	92	0.0017	18.2
TkA01G468280	`PF24106`	Beta-prop_EDC4L	70	130	0.13	12.0
TkA01G468280	`PF17005`	WD40_like	70	139	0.25	11.4
TkA01G468280	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	71	139	0.2	11.6
TkA01G468280	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	73	138	0.35	10.9
TkA01G468280	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	80	137	0.0059	16.8
TkA01G468280	`PF25178`	Beta-prop_WDR41	81	139	0.0068	15.9
TkA01G468280	`PF25391`	WD40_Gbeta	90	129	0.077	12.7
TkA01G468280	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	91	136	0.0041	16.9
TkA01G468280	`PF24814`	WD40_Prp19	92	139	0.0094	15.8
TkA01G468280	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	95	139	0.0069	16.8
TkA01G468280	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	99	134	0.012	15.6
TkA01G468280	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	100	136	0.061	13.4
TkA01G468280	`PF24796`	WDR55	101	146	0.0017	18.2
TkA01G468280	`PF00400`	WD40	101	127	0.043	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTT9`	拟南芥	sp\|Q9LTT9\|VCR_ARATH Varicose-related protein	64.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTT8`	拟南芥	sp\|Q9LTT8\|VCS_ARATH Enhancer of mRNA-decapping protein 4	65.900%	Swiss-Prot	中等置信

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