RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G458050
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 114694247-114698599 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3739 bp · TkA01G458050|TK1151|cDNA

TGCGACAGTTCTGGAAGACTTTTCTTGTATACAGCCAAGAAACTTCCCAAGAAGAATATACACACGATTGAGTCAAACCTACCCGTTCATAAAAGAAGCAGACATCTAAGACTAAGAGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCATTCGAACAAAAGCACCTCAATGGCAATGGAATGCGTGCCCCTGATTATCGGCACAATTTTTGAAATAACGAAGATGATTTTCAAGAGCACAAGCAATTCCGACTTGGGAGAGAGCATGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2670 bp · TkA01G458050|TK1151|CDS

TGCGACAGTTCTGGAAGACTTTTCTTGTATACAGCCAAGAAACTTCCCAAGAAGAATATACACACGATTGAGTCAAACCTACCCGTTCATAAAAGAAGCAGACATCTAAGACTAAGAGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCATTCGAACAAAAGCACCTCAATGGCAATGGAATGCGTGCCCCTGATTATCGGCACAATTTTTGAAATAACGAAGATGATTTTCAAGAGCACAAGCAATTCCGACTTGGGAGAGAGCATGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

889 aa · TkA01G458050|TK1151|PROTEIN

CDSSGRLFLYTAKKLPKKNIHTIESNLPVHKRSRHLRLRGFFFFFFHSNKSTSMAMECVPLIIGTIFEITKMIFKSTSNSDLGESMASMTRALQELTEARKDLETQVEQSQLLGHPPTNQIKGWLERVASVEAEVGMIIEDIESVKQRNCYCCCNCNCGLRFKLSKMVRQKLMMINDLKEKNFNLNGANGGLIPPDMEVVPSGPTIGLDVMLERVHELLMEHDVATLGIYGMGGVGKTTLLKRINNELPQKLEFDVVIWA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G458050
TK1151 IDTkA01G458050
OH-1004 IDLXL04_002463
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.588 / OH-1004 90.724
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G458050
位置Chr01:114694247-114698599 (-)
描述Similar to RPS2: Disease resistance protein RPS2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g26090 疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g12220 抗病 蛋白，特异性识别来自丁香假单胞菌的 avrPphB III 型效应无毒蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g10780 潜在的抗病蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g15890 可能的疾病抗性蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g12280 抗病蛋白，可介导对细菌病原体番茄青枯假单胞菌（Pseudomonas syringae pv tomato）DC3000株及高毒性卵菌Hyaloperonospora arabidopsidis Noco2分离株的防御反应。
The MEKK1-MKK1/MKK2-MPK4 kinase cascade negatively regulates immunity mediated by a mitogen-activated protein kinase kinase kinase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097253

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0016045 detection of bacterium 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12220
ath:AT1G12280
ath:AT4G10780
ath:AT4G26090
ath:AT5G63020
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.622
排名 1 · TkA01G458050 · TK1151
细胞质0.170
排名 2 · TkA01G458050 · TK1151
细胞核0.136
排名 3 · TkA01G458050 · TK1151
内质网0.101
排名 4 · TkA01G458050 · TK1151
质体0.058
排名 5 · TkA01G458050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24883NPHP3_N40-98 aa
PF07693KAP_NTPase78-101 aa
PF14389Lzipper-MIP179-147 aa
PF24883NPHP3_N137-174 aa
PF00931NB-ARC210-374 aa
PF07693KAP_NTPase211-313 aa
PF01637ATPase_2212-266 aa
PF05621TniB212-310 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G458050PF24883NPHP3_N40980.06314.2
TkA01G458050PF07693KAP_NTPase781013.5e-0523.8
TkA01G458050PF14389Lzipper-MIP1791470.212.8
TkA01G458050PF24883NPHP3_N1371740.06314.2
TkA01G458050PF00931NB-ARC2103741.9e-48165.0
TkA01G458050PF07693KAP_NTPase2113133.5e-0523.8
TkA01G458050PF01637ATPase_22122660.001319.3
TkA01G458050PF05621TniB2123100.07613.2
TkA01G458050PF12775AAA_72123120.2811.4
TkA01G458050PF05970PIF12132640.1312.6
TkA01G458050PF13604AAA_302182640.2711.7
TkA01G458050PF25199nSTAND_NTPase52203030.05314.1
TkA01G458050PF24883NPHP3_N2232570.06314.2
TkA01G458050PF25201nSTAND62242870.00517.6
TkA01G458050PF00005ABC_tran2262490.09614.0
TkA01G458050PF13191AAA_162272710.01416.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q42484拟南芥sp|Q42484|RPS2_ARATH Disease resistance protein RPS248.600%Swiss-Prot中等置信
O64973拟南芥sp|O64973|RPS5_ARATH Disease resistance protein RPS533.900%Swiss-Prot中等置信
O82484拟南芥sp|O82484|DRL23_ARATH Putative disease resistance protein At4g1078034.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LMP6拟南芥sp|Q9LMP6|DRL3_ARATH Probable disease resistance protein At1g1589041.400%Swiss-Prot中等置信
P60838拟南芥sp|P60838|SUMM2_ARATH Disease resistance protein SUMM235.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看