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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G456210
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 114216512-114218380 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1328 bp · TkA01G456210|TK1151|cDNA

AACAACTAGAGCAGATTTTCTCCCTTTTAAAAGAGATCAAATACCCCTTTAGGTTCCATTTGCTTGCTAGTGGTAGCAAATCTATCATCTCTTTAGTTTCTTCTAGTTTTACTGTGTGCTGAGCTTCTTGATCAATTTACACATGACTCCAATCTTCTTGAATTCCTCATCTACCAATTATTCAGCATACCCAAATGATTTCCACCATGAAGATCACCTTACTAACCAATACTTGAGCCTTAATTCTCCAGCCTCATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA01G456210|TK1151|CDS

ATGACTCCAATCTTCTTGAATTCCTCATCTACCAATTATTCAGCATACCCAAATGATTTCCACCATGAAGATCACCTTACTAACCAATACTTGAGCCTTAATTCTCCAGCCTCATCTTCTTTGAATTCGATCACAACGAATATGTTCTTGAACTCGACCCATCACGATCAAAATAGGATTTTTGATAGTGAATTACAATGTTCTCCACAACATCAACACCAGGGTGATATTCATGGATCACAAGCGTATAATTATCCAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

348 aa · TkA01G456210|TK1151|PROTEIN

MTPIFLNSSSTNYSAYPNDFHHEDHLTNQYLSLNSPASSSLNSITTNMFLNSTHHDQNRIFDSELQCSPQHQHQGDIHGSQAYNYPTENSDEKGVQLFTWNKSESVNNMDNDQNQLKWMSSKMRVMLKMKKPDPVNLNTNYTWTSREETKIQDHKLPTLAVEETDNSSNSTSSNNNTPIRVCSDCYTTKTPLWRSGPRGPKSLCNACGIRQRKARRALAAAAAAAAENGNVSINQSIITPLKVKKPHHKDHKKQSNGYVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G456210
TK1151 IDTkA01G456210
OH-1004 IDLXL04_002438
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G456210
位置Chr01:114216512-114218380 (+)
描述Similar to GATA22: Putative GATA transcription factor 22
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g56860 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献
At4g26150 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。
The GATA-type transcription factors GNC and GNL/CGA1 repress gibberellin signaling downstream from DELLA proteins and PHYTOCHROME-INTERACTING FACTORS.2010 · DOI: 10.1101/gad.594910
Ectopic expression of different cytokinin-regulated transcription factor genes of Arabidopsis thaliana alters plant growth and development.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2011.02.006
GNC and CGA1 modulate chlorophyll biosynthesis and glutamate synthase (GLU1/Fd-GOGAT) expression in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0026765
Functional characterization of the GATA transcription factors GNC and CGA1 reveals their key role in chloroplast development, growth, and division in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.198705
Cross-repressive interactions between SOC1 and the GATAs GNC and GNL/CGA1 in the control of greening, cold tolerance, and flowering time in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.219238
Convergence of auxin and gibberellin signaling on the regulation of the GATA transcription factors GNC and GNL in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1304250110
At5g26930 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献
At5g49300 转录调控蛋白，特异性结合基因启动子中的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0220400 转录调控因子，能够特异性结合基因启动子中 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 序列（通过相似性推测）。
Rice cytokinin GATA transcription Factor1 regulates chloroplast development and plant architecture.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.217265
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002438 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06740
ath:AT4G26150
ath:AT5G26930
ath:AT5G49300
ath:AT5G56860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928
排名 1 · TkA01G456210 · TK1151
细胞质0.181
排名 2 · TkA01G456210 · TK1151
细胞膜0.020
排名 3 · TkA01G456210 · TK1151
线粒体0.016
排名 4 · TkA01G456210 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkA01G456210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25550DUF79284-60 aa
PF29994NMD3_N120-133 aa
PF01363FYVE169-188 aa
PF29994NMD3_N177-242 aa
PF00320GATA182-216 aa
PF01363FYVE204-208 aa
PF25550DUF7928316-335 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G456210PF25550DUF79284600.1212.6
TkA01G456210PF29994NMD3_N1201330.1213.4
TkA01G456210PF01363FYVE1691880.2212.4
TkA01G456210PF29994NMD3_N1772420.1213.4
TkA01G456210PF00320GATA1822161.2e-1660.7
TkA01G456210PF01363FYVE2042080.2212.4
TkA01G456210PF25550DUF79283163350.1212.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5HZ36拟南芥sp|Q5HZ36|GAT21_ARATH GATA transcription factor 2142.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SZI6拟南芥sp|Q9SZI6|GAT22_ARATH Putative GATA transcription factor 2237.600%Swiss-Prot中等置信
Q8LC59拟南芥sp|Q8LC59|GAT23_ARATH GATA transcription factor 2376.900%Swiss-Prot低置信
Q9FJ10拟南芥sp|Q9FJ10|GAT16_ARATH GATA transcription factor 1667.400%Swiss-Prot低置信
Q6YW48水稻sp|Q6YW48|CGA1_ORYSJ Protein CYTOKININ-RESPONSIVE GATA TRANSCRIPTION FACTOR 143.100%Swiss-Prot低置信

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