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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G453260
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 113430586-113431104 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

519 bp · TkA01G453260|TK1151|cDNA

ATGGGAGGCTATCTAAATGTTTACAGACCTATAGACACCTCACCACCACCACCACCGTCACCGTCGTCACTTCAGCCGCAAAAGCCAAATATCCCCATGTTATACTACGGCCTCGTGGTGGTAGCCACCGCAGCCATCATCCTAGCTTTCTACAACCTGATAATCATCCGATGGTGCACCATCCAGTACCAACGTCGCTTACAACAAGAAAATCAGCTCGCTCGCCGCCGGCAAAATCCTACCAGCACCACGTCTCCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

519 bp · TkA01G453260|TK1151|CDS

ATGGGAGGCTATCTAAATGTTTACAGACCTATAGACACCTCACCACCACCACCACCGTCACCGTCGTCACTTCAGCCGCAAAAGCCAAATATCCCCATGTTATACTACGGCCTCGTGGTGGTAGCCACCGCAGCCATCATCCTAGCTTTCTACAACCTGATAATCATCCGATGGTGCACCATCCAGTACCAACGTCGCTTACAACAAGAAAATCAGCTCGCTCGCCGCCGGCAAAATCCTACCAGCACCACGTCTCCACC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

172 aa · TkA01G453260|TK1151|PROTEIN

MGGYLNVYRPIDTSPPPPPSPSSLQPQKPNIPMLYYGLVVVATAAIILAFYNLIIIRWCTIQYQRRLQQENQLARRRQNPTSTTSPPLSGGGSGVCLVSSFKYKKGGEGNKNQLDSDSECSVCLSIFEEGEEVRKLPTCDHCFHAYCIDMWLYSHIDCPLCRAPVVELPPPP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G453260
TK1151 IDTkA01G453260
OH-1004 IDLXL04_002346
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)84.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.422
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G453260
位置Chr01:113430586-113431104 (-)
描述Similar to ATL52: RING-H2 finger protein ATL52
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g10380 E3泛素蛋白连接酶，可能通过促进程序性细胞死亡（PCD）负调控因子的降解，参与正向调控程序性细胞死亡。
RING1 E3 ligase localizes to plasma membrane lipid rafts to trigger FB1-induced programmed cell death in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03625.x
At5g17600 RING-H2 指蛋白 ATL52。 暂无已核实直接文献
At3g03550 RING-H2 指蛋白 ATL51。 暂无已核实直接文献
At4g17905 推定的RING-H2指蛋白ATL53。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0590900 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002346 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04360
ath:AT4G17905
ath:AT5G10380
ath:AT5G17600
ath:AT5G43420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.389
排名 1 · TkA01G453260 · TK1151
溶酶体／液泡0.259
排名 2 · TkA01G453260 · TK1151
内质网0.224
排名 3 · TkA01G453260 · TK1151
细胞质0.148
排名 4 · TkA01G453260 · TK1151
细胞核0.113
排名 5 · TkA01G453260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16101PRIMA18-71 aa
PF12794MscS_TM43-79 aa
PF06809NPDC145-93 aa
PF12861zf-ANAPC1150-62 aa
PF13920zf-C3HC4_3117-166 aa
PF13639zf-RING_2119-162 aa
PF17123zf-RING_11119-148 aa
PF13923zf-C3HC4_2119-161 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G453260PF16101PRIMA18710.1612.4
TkA01G453260PF12794MscS_TM43790.211.2
TkA01G453260PF06809NPDC145930.01814.7
TkA01G453260PF12861zf-ANAPC1150620.01216.4
TkA01G453260PF13920zf-C3HC4_31171660.07713.5
TkA01G453260PF13639zf-RING_21191622.4e-1247.6
TkA01G453260PF17123zf-RING_111191488.9e-0935.6
TkA01G453260PF13923zf-C3HC4_21191616.7e-0626.5
TkA01G453260PF14634zf-RING_51191620.00816.8
TkA01G453260PF14835zf-RING_61191650.4211.2
TkA01G453260PF17120zf-RING_161191610.4510.9
TkA01G453260PF22191IBR_11191487.27.3
TkA01G453260PF00097zf-C3HC41201610.0008419.9
TkA01G453260PF13445zf-RING_UBOX1201590.0008819.9
TkA01G453260PF12678zf-rbx11231621.1e-0629.5
TkA01G453260PF12861zf-ANAPC111371630.01216.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LX93拟南芥sp|Q9LX93|ATL55_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING150.000%Swiss-Prot低置信
Q9LF64拟南芥sp|Q9LF64|ATL52_ARATH RING-H2 finger protein ATL5253.000%Swiss-Prot低置信
Q9SRQ8拟南芥sp|Q9SRQ8|ATL51_ARATH RING-H2 finger protein ATL5149.300%Swiss-Prot低置信
P0C041拟南芥sp|P0C041|ATL53_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL5347.800%Swiss-Prot低置信
Q7XLY8水稻sp|Q7XLY8|ATL41_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase Os04g059090050.000%Swiss-Prot低置信

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