TkA01G443290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G443290

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 110887700-110902148 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3408 bp · TkA01G443290|TK1151|cDNA

CTACGTCCTTCTCCACAAAGACGTCTACGTCTTCAGCCTTCTCTGTCGCTCCCTCCACAAACTAAGCGTCGAAGCCCCTGTTTCCTTCCCCCATCTCCGGCGACGTCGCCGTCCTCCCCCATCTCAGCCTCGAAGGCCACCATCTTCAATTTCTATTCAAGTCACACGAAATCTGAAGAAAAACCCATATCCATCCCCATCCGAGACGCTTCCTATCCTTCATTAGCCGTGCTAATGCTCTCCGTTGGCCTTGTCATCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2613 bp · TkA01G443290|TK1151|CDS

ATGGAGGTATTGGCGTCGAGAGAGCTTCTGCTGTCGCTATCTGAGTCGATTGCGATCCATAGGTTACCCAATTTGGAACCGGTAACGGTGATTTCCAAGGCAAAAGGAGCCGGCGCATATTCATGGGATGATCGCAGAGGATTCTTATGCTTCGCTAGGCAAAAGCGAGTTTGCATTTTCAAACACGATGGAGTGAGGGGATTCGTGGAGGTGAAAGAATTTGCGGTTCCAGATACAGTCAGATCAATGTCTTGGTGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

870 aa · TkA01G443290|TK1151|PROTEIN

MEVLASRELLLSLSESIAIHRLPNLEPVTVISKAKGAGAYSWDDRRGFLCFARQKRVCIFKHDGVRGFVEVKEFAVPDTVRSMSWCGENICVGVRREYTILNATNGTLYEIFPWGRIAPPVVVPFPSGELLLGKDNIGVLVDQNGKLMQEGRICWSEPPIRVVIQKPYAIALLPKHIEIRSLRVPFPLIQTIVIRNVRHIQKGNNGIIVSLERSLFGLFPVPLGAQIVQLTASGNFEEALALCKLLPPEDSSLRASKEQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G443290`
TK1151 ID	TkA01G443290
OH-1004 ID	LXL04_007160
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.770 / OH-1004 91.911 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G443290

位置 Chr01:110887700-110902148 (+)

描述 Similar to VPS39: Vacuolar sorting protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36630`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007160 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0061909 autophagosome-lysosome fusion 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

GO:0097576 vacuole fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36630

hsa:23339

mmu:269338

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.510

排名 1 · TkA01G443290 · TK1151

细胞核0.259

排名 2 · TkA01G443290 · TK1151

高尔基体0.186

排名 3 · TkA01G443290 · TK1151

溶酶体／液泡0.179

排名 4 · TkA01G443290 · TK1151

细胞膜0.132

排名 5 · TkA01G443290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00780CNH1-200 aa

PF10367zf-Vps39_C116-129 aa

PF00637Clathrin266-283 aa

PF10366Vps39_1421-484 aa

PF00637Clathrin422-452 aa

PF00637Clathrin504-622 aa

PF10366Vps39_1652-662 aa

PF24925DUF7746652-692 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G443290	`PF00780`	CNH	1	200	7.3e-23	82.4
TkA01G443290	`PF10367`	zf-Vps39_C	116	129	1.6e-16	60.3
TkA01G443290	`PF00637`	Clathrin	266	283	1.4	9.4
TkA01G443290	`PF10366`	Vps39_1	421	484	3e-10	41.0
TkA01G443290	`PF00637`	Clathrin	422	452	1.4	9.4
TkA01G443290	`PF00637`	Clathrin	504	622	1.4	9.4
TkA01G443290	`PF10366`	Vps39_1	652	662	3e-10	41.0
TkA01G443290	`PF24925`	DUF7746	652	692	0.14	13.1
TkA01G443290	`PF00780`	CNH	731	799	7.3e-23	82.4
TkA01G443290	`PF10366`	Vps39_1	778	814	3e-10	41.0
TkA01G443290	`PF13771`	zf-HC5HC2H	794	857	0.16	12.9
TkA01G443290	`PF10367`	zf-Vps39_C	817	854	1.6e-16	60.3
TkA01G443290	`PF09943`	DUF2175	825	863	0.18	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5Y0`	拟南芥	sp\|Q8L5Y0\|VPS39_ARATH Vacuolar sorting protein 39	59.000%	Swiss-Prot	高置信

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