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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G437930
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 109440405-109445820 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2434 bp · TkA01G437930|TK1151|cDNA

TCAGAATTCAACAAAATTCGCAGAGATTTTAATTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTCCTCCCGTTCTCGTAGGAAAACCTGCCGATCTCCATAAACAAAAACCCTAATTCTCTCCCCCATCTTTCTCTCTCCTCGCACATTTTTCACAGGGAGAGTCACTTGAACATCATGGACACAGATGATAAATTTGTTGCTAAAGGTGTTCAAAGTCTATCTTCCAGTGTTCAAAGCACCCCAGAGAAAAACGGTCACTCAGATGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1863 bp · TkA01G437930|TK1151|CDS

ATGGACACAGATGATAAATTTGTTGCTAAAGGTGTTCAAAGTCTATCTTCCAGTGTTCAAAGCACCCCAGAGAAAAACGGTCACTCAGATGATGCTTCAAGAACTCCCGATCCACTTCTCGTGAAATCCGACACCCGGAAAGATCTATTCGGTACTTGTTCCGAAAAGGGTAAAAAACAATCAGCTTCATCAAAACATAAAATGACCGAACCGTCCCTGAGGCTAAACAAAAAAACTTCAAAAAACCAAGATCCCAAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

620 aa · TkA01G437930|TK1151|PROTEIN

MDTDDKFVAKGVQSLSSSVQSTPEKNGHSDDASRTPDPLLVKSDTRKDLFGTCSEKGKKQSASSKHKMTEPSLRLNKKTSKNQDPKKDSPSPKCQQSRKQNRKGENPIRIPPESHSDAKFPDTWICKNSACRAVLSVTDTFCKRCSCCICRLFDDNKDPSLWLECTSDSSNGESCGLSCHIECALLQKKVGVVNHGQLMQLDGSYCCASCGKVSGILGYWKKQLAIAKDARRVDSLCYRIYLSFRLLDGTSRFQELHEIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G437930
TK1151 IDTkA01G437930
OH-1004 IDLXL04_039343
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)36.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.194 / OH-1004 81.818
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G437930
位置Chr01:109440405-109445820 (-)
描述Similar to VIL2: VIN3-like protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g24440 通过调节相关花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和 FLOWERING LOCUS M 的表达，参与春化和光周期途径。
A PHD finger protein involved in both the vernalization and photoperiod pathways in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1493306
The PHD finger protein VRN5 functions in the epigenetic silencing of Arabidopsis FLC.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.11.052
A PHD-polycomb repressive complex 2 triggers the epigenetic silencing of FLC during vernalization.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0808687105
At4g30200 可能通过调节基因表达参与春化和光周期途径。
The Plant Homeo Domain finger protein, VIN3-LIKE 2, is necessary for photoperiod-mediated epigenetic regulation of the floral repressor, MAF5.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1010834107
At5g57380 在冷处理后通过介导同源异型基因 FLC的初始转录抑制，在春化过程中发挥核心作用。
Vernalization in Arabidopsis thaliana is mediated by the PHD finger protein VIN3.2004 · DOI: 10.1038/nature02195
A PHD finger protein involved in both the vernalization and photoperiod pathways in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1493306
The PHD finger protein VRN5 functions in the epigenetic silencing of Arabidopsis FLC.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.11.052
At2g18880 通过调控基因表达参与春化作用和光周期途径。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010048 vernalization response 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程
GO:0048572 short-day photoperiodism 生物过程
GO:0048575 short-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18880
ath:AT3G24440
ath:AT4G30200
ath:AT5G57380
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960
排名 1 · TkA01G437930 · TK1151
细胞质0.090
排名 2 · TkA01G437930 · TK1151
细胞膜0.035
排名 3 · TkA01G437930 · TK1151
内质网0.018
排名 4 · TkA01G437930 · TK1151
质体0.014
排名 5 · TkA01G437930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07227PHD_Oberon126-244 aa
PF02259FAT232-304 aa
PF23376Fn3_VIN3332-418 aa
PF00041fn3332-412 aa
PF25059FN3_DSCAM-DSCAML_C354-408 aa
PF16656Pur_ac_phosph_N365-405 aa
PF16656Pur_ac_phosph_N489-516 aa
PF23380VIN3_C536-608 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G437930PF07227PHD_Oberon1262446.9e-33114.0
TkA01G437930PF02259FAT2323040.02614.5
TkA01G437930PF23376Fn3_VIN33324186.2e-2897.5
TkA01G437930PF00041fn33324123.1e-0524.8
TkA01G437930PF25059FN3_DSCAM-DSCAML_C3544080.113.7
TkA01G437930PF16656Pur_ac_phosph_N3654050.02116.1
TkA01G437930PF16656Pur_ac_phosph_N4895160.02116.1
TkA01G437930PF23380VIN3_C5366085.2e-39132.6
TkA01G437930PF07227PHD_Oberon5395556.9e-33114.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LHF5拟南芥sp|Q9LHF5|VIL1_ARATH VIN3-like protein 147.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SUM4拟南芥sp|Q9SUM4|VIL2_ARATH VIN3-like protein 233.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FIE3拟南芥sp|Q9FIE3|VIN3_ARATH Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 336.500%Swiss-Prot中等置信
Q5BPT4拟南芥sp|Q5BPT4|VIL3_ARATH VIN3-like protein 335.800%Swiss-Prot中等置信

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