TkA01G437740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G437740

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 109369188-109371307 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1498 bp · TkA01G437740|TK1151|cDNA

GACAAATATTTCGGGTCGAAAGAAGACCCGTAATGTCATGATCGCCGACCCATCTCAACATTCAAATACACAAAATTTCTTCTCGGTTTCCATCTCTACAGATCTACGATTACACAACTCTGTTGTTCTCTAAGAGATCGAACAATTCAGATCATGTAGAGTTTTGATTCAATTCAATGCATAGTCAAACATCCAATAGATTCATGTACTAATTTTGGTTTTATTTAGTTAGAGTTCTCTATGATTTCCTCATGCCCCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · TkA01G437740|TK1151|CDS

ATGAATGTGAAATCCGCGCAAGGTTCGACGTGTAGAGATCGGACGCAGGAATTTTCTAGCATCGTTGAAAGGCAAAGAAAGGCGTTACCATCGTTAAATGCGTCCGCGACTGCAAATTACGGGGGAGTTGGGGCTGTTGGTGGTGTTTCCACCAAAGCTGAGGGGCCGCGATCGAAGGTTGCTATCCAGACGGAATTTAACAAGCGGGCTTCCAAAATTGGATATGGAATTCATCAGACGTCGCAGAAGCTGGCGAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

349 aa · TkA01G437740|TK1151|PROTEIN

MNVKSAQGSTCRDRTQEFSSIVERQRKALPSLNASATANYGGVGAVGGVSTKAEGPRSKVAIQTEFNKRASKIGYGIHQTSQKLAKLAKLAKRTSVFDDPTVEIQELTGVIKQDITALNAAVVDLQIVCNSQNESQTISSDTSTHSTTVVDNLKNRLMGATKEFKEVLTMRTENLKVHENRRQLFSASSSKEPANPFARQRPLVNKSTTNSSPSPPPWVSNSSNSSPLFPRKHGEGETEALLQHQQQNQEMVPLQDNSYM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G437740`
TK1151 ID	TkA01G437740
OH-1004 ID	LXL04_002589
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G437740

位置 Chr01:109369188-109371307 (-)

描述 Similar to SYP32: Syntaxin-32

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24350`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g05760`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0048280 vesicle fusion with Golgi apparatus 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0090166 Golgi disassembly 生物过程

GO:1903358 regulation of Golgi organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24350

ath:AT5G05760

bta:510312

rno:65134

spo:2541263

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.696

排名 1 · TkA01G437740 · TK1151

内质网0.179

排名 2 · TkA01G437740 · TK1151

细胞质0.175

排名 3 · TkA01G437740 · TK1151

溶酶体／液泡0.070

排名 4 · TkA01G437740 · TK1151

细胞膜0.070

排名 5 · TkA01G437740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11416Syntaxin-5_N6-24 aa

PF23991DUF73109-54 aa

PF05739SNARE16-32 aa

PF25316TAF2_3rd60-142 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N77-186 aa

PF11727ISG65-7583-169 aa

PF30250DegR84-119 aa

PF19012DUF574188-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G437740	`PF11416`	Syntaxin-5_N	6	24	2.2e-05	24.2
TkA01G437740	`PF23991`	DUF7310	9	54	0.13	13.5
TkA01G437740	`PF05739`	SNARE	16	32	1.7e-24	86.2
TkA01G437740	`PF25316`	TAF2_3rd	60	142	0.0065	17.6
TkA01G437740	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	77	186	0.0051	17.8
TkA01G437740	`PF11727`	ISG65-75	83	169	0.082	13.2
TkA01G437740	`PF30250`	DegR	84	119	0.091	13.6
TkA01G437740	`PF19012`	DUF5741	88	116	0.043	14.5
TkA01G437740	`PF20042`	DUF6444	101	146	1.5	10.2
TkA01G437740	`PF23991`	DUF7310	106	106	0.13	13.5
TkA01G437740	`PF01519`	DUF16	110	133	0.86	10.8
TkA01G437740	`PF05739`	SNARE	111	143	1.7e-24	86.2
TkA01G437740	`PF23991`	DUF7310	115	157	0.13	13.5
TkA01G437740	`PF11728`	ArAE_1_C	126	187	1.5	9.6
TkA01G437740	`PF19012`	DUF5741	160	182	0.043	14.5
TkA01G437740	`PF09753`	Use1	160	346	0.098	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK09`	拟南芥	sp\|Q9LK09\|SYP32_ARATH Syntaxin-32	64.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FFK1`	拟南芥	sp\|Q9FFK1\|SYP31_ARATH Syntaxin-31	47.400%	Swiss-Prot	中等置信

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