TkA01G433720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G433720

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 108334679-108337070 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1678 bp · TkA01G433720|TK1151|cDNA

TTGCAATTTAGGGTGAAAGTTAACAACAGTGAAGTTTTCACCAATACCCACTTTATCCGAGTCGACCCGGCTTTCCCTATGAGTGCCGTACGGACCACGTGCCGGGTAGATAATGACCATGTATCCAATATCGGTTAATCTGCTTGACAGGCTCGTCGAACGTTCTTTCACTAATTTGTTTACGCAAATTTCAGGTTAGAAGTCGTTAAATGAACGGAGAATTGGAGTTAGAAGGGAGGGATTTGGAAAACCCTAGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkA01G433720|TK1151|CDS

ATGAACGGAGAATTGGAGTTAGAAGGGAGGGATTTGGAAAACCCTAGCGATTCCGATCCTCTGCTTCCAAGTCACCAACACGTTGATTCTGATACACCGTCTTCGTCGCCATCGCCGGCCGCGGCGACTTCTATTGAGCGAGTAGATGAAGATGTTGAAGAAGGTTCGATAGCCACCTGTCGTATCTGCCTTGAGTGCGACGGCGAAGAAGATGATGATCTGATATCTCCATGCATGTGCAAAGGCACCCAGCAGTTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkA01G433720|TK1151|PROTEIN

MNGELELEGRDLENPSDSDPLLPSHQHVDSDTPSSSPSPAAATSIERVDEDVEEGSIATCRICLECDGEEDDDLISPCMCKGTQQFVHRSCLDHWRSVKEGFAFSHCTTCKAQFHLLVVELEENSWRKIKFRLFVARDVCLVFLAVQTVIGIMGGLAYIADKDGSFRDSFNDSWDRILSRHPIPFYYCIGVLVFFVLLGFFGIILHCSSLNNDPRMAGCQNCCYGWGILDCFPASMEACFALVIVFVVIFAILGIAYGFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G433720`
TK1151 ID	TkA01G433720
OH-1004 ID	LXL04_002642
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G433720`
位置	Chr01:108334679-108337070 (-)
描述	Similar to Marchf8: E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002642` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0002495 antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II 生物过程 GO:0006955 immune response 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0045347 negative regulation of MHC class II biosynthetic process 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:55016 mmu:71779 mmu:72925 xla:495072 xtr:448095 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.296

排名 1 · TkA01G433720 · TK1151

溶酶体／液泡0.270

排名 2 · TkA01G433720 · TK1151

高尔基体0.251

排名 3 · TkA01G433720 · TK1151

细胞质0.212

排名 4 · TkA01G433720 · TK1151

细胞膜0.185

排名 5 · TkA01G433720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28098HPE1-like_N_CxxC37-86 aa

PF01493GXGXG49-102 aa

PF12906RINGv60-110 aa

PF28098HPE1-like_N_CxxC105-112 aa

PF01493GXGXG149-172 aa

PF28125At5g19025_N178-207 aa

PF28125At5g19025_N234-256 aa

PF13829DUF4191238-273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G433720	`PF28098`	HPE1-like_N_CxxC	37	86	2.8	8.8
TkA01G433720	`PF01493`	GXGXG	49	102	0.3	11.1
TkA01G433720	`PF12906`	RINGv	60	110	7.2e-11	42.8
TkA01G433720	`PF28098`	HPE1-like_N_CxxC	105	112	2.8	8.8
TkA01G433720	`PF01493`	GXGXG	149	172	0.3	11.1
TkA01G433720	`PF28125`	At5g19025_N	178	207	0.29	12.7
TkA01G433720	`PF28125`	At5g19025_N	234	256	0.29	12.7
TkA01G433720	`PF13829`	DUF4191	238	273	0.16	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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