基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA01G431420
当前版本: TK1151
染色体: Chr01
坐标: 107815532-107818721
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2646 bp · TkA01G431420|TK1151|cDNA
AGTACGGTAGCCCTCTGCCACCCACTCCCCCTCCTCCTTCCCCTTTAAACTTCCATTTTCACCGGAGCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCGCCATGAAAACCAACCCATCATCTCCTCATTTTTCTTAAAATAGGGGTTTTTCACTCATGAAAGCTCCCAAAACCCTCTTTACCATTGCCAAGCGACCTTTCTCCTTCTGATCAATCTCTTGATATTCTTCCCCTATATTTCACAACTATATACTTCCCCCACAGCACTCTAG...
CDS
下载 CDS FASTA1914 bp · TkA01G431420|TK1151|CDS
ATGTCGCATTCGTTCTTCTCCGATTCTTACGCAGAGATGGCTTCAAAAACCGCACGTGGTCGACCCAACTACGTTCCTCCACACCAGAGGAACAACTACACTGCAGATGAAGCCGTGAAATATAGTTATCAAACCGGAAATAATGGCAGCTTTCGCGGCCGTGGGCGCGGTGGCGGTGGCGGTGGTAGAGGCGGCGGTCCTGGTTTTATACGCGGCTACTCTGTGGTGGATAAAGAGTTTCATGATCCTAACAGACATGC...
637 aa · TkA01G431420|TK1151|PROTEIN
MSHSFFSDSYAEMASKTARGRPNYVPPHQRNNYTADEAVKYSYQTGNNGSFRGRGRGGGGGGRGGGPGFIRGYSVVDKEFHDPNRHARTRNQYDDLTEKFNELEVSEKEHTSMAINFDAYEDIPVEVTGSDVPKPVDTFADIDLGDSLNDNIKNRCKYVKPTPIQRHAIPVALAGRDLMACAQTGSGKTAAFCFPIICGVLKLQSPVPYGRREMMSYPLALILSPTRELCCQIFEEAKKFCHQTGVKVAVAYGGAPIQQQ...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA01G431420 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA01G431420 |
| OH-1004 ID | LXL04_002665 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Strict |
| 蛋白一致性 (%) | 97.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA01G431420 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:107815532-107818721 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to PL10B: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 52B | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005777 peroxisome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分 GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G58510 ath:AT3G58570 dosa:Os03g0805200 dosa:Os07g0202100 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.647
细胞核0.519
内质网0.065
细胞膜0.058
线粒体0.047
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF09938DUF217082-131 aaPF13035DUF389694-123 aaPF00270DEAD162-342 aaPF04851ResIII177-336 aaPF00271Helicase_C220-274 aaPF00271Helicase_C378-493 aaPF22590Cas3-like_C_2423-492 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA01G431420 | PF09938 | DUF2170 | 82 | 131 | 0.24 | 11.9 |
| TkA01G431420 | PF13035 | DUF3896 | 94 | 123 | 0.28 | 12.1 |
| TkA01G431420 | PF00270 | DEAD | 162 | 342 | 3.6e-51 | 173.9 |
| TkA01G431420 | PF04851 | ResIII | 177 | 336 | 0.041 | 14.5 |
| TkA01G431420 | PF00271 | Helicase_C | 220 | 274 | 9.2e-34 | 116.7 |
| TkA01G431420 | PF00271 | Helicase_C | 378 | 493 | 9.2e-34 | 116.7 |
| TkA01G431420 | PF22590 | Cas3-like_C_2 | 423 | 492 | 0.18 | 12.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9M2F9 | 拟南芥 | sp|Q9M2F9|RH52_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 52 | 70.100% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q84W89 | 拟南芥 | sp|Q84W89|RH37_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 37 | 69.200% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q8LA13 | 拟南芥 | sp|Q8LA13|RH11_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 11 | 69.400% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q6Z4K6 | 水稻 | sp|Q6Z4K6|RH52B_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 52B | 70.100% | Swiss-Prot | 中等置信 |
Q75HJ0 | 水稻 | sp|Q75HJ0|RH37_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 37 | 70.800% | Swiss-Prot | 中等置信 |