TkA01G422060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G422060

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 105387414-105389819 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1303 bp · TkA01G422060|TK1151|cDNA

ATACAATTGACTAACCTATCTCACCCTCACAGATTCTTGTGAACCTTGGTTGCTAAAAACATTGAGCATTTTTGAATCTGGTCCCGGATATACTCATCCGATCGGAAACTATGCCGCCATGGTCACGTGGCTCACCTTGGAACTCTAAATCCCCATTTTTGTCTTGCTCTCATTCGACCTTTTCTATGCTCCTCATCCTCCTCGTCCAATCAGTCTGATAGCAACTTCCATCTTCCCGTCAAACTTCCATCTTTCGGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · TkA01G422060|TK1151|CDS

ATGGCTGGTAAGATACCTGGAGTCGAAATCGCTCGGCGGAGGAGGTTCGGTGGGTGGTCTGATAATCCGTCGTTTCTCATCAATTCTGCTTTTGGATCTGCACGGAGCAGAGTTTTTTACCATAGTCATCTCACCTCCACTTCTTTCTCGCAAAGAAGATCAGATGAAGATGAGAAGCTTGGAGGTGTAGCCAGAAAAGCCAAACATAGACTTGATGGGAAGCTCAGAGGCCACTGGAAATCAGAAATCGACAGCCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · TkA01G422060|TK1151|PROTEIN

MAGKIPGVEIARRRRFGGWSDNPSFLINSAFGSARSRVFYHSHLTSTSFSQRRSDEDEKLGGVARKAKHRLDGKLRGHWKSEIDSQERSEIGTKSSACMVVGDTQMEVFGLKKNGSKRFSWGRLWLNWKSSNQEECAVCLEKFKFSEKVTRMPCAHKFHSICLLPWLKSHAHCPCCRTSVLGST

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G422060`
TK1151 ID	TkA01G422060
OH-1004 ID	LXL04_002771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G422060

位置 Chr01:105387414-105389819 (+)

描述 Similar to RHY1A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHY1A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034122 negative regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034123 positive regulation of toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034142 toll-like receptor 4 signaling pathway 生物过程

GO:0042059 negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49850

ath:AT3G19950

dme:Dmel_CG11982

dosa:Os05g0488800

mmu:67845

osa:4339152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.563

排名 1 · TkA01G422060 · TK1151

细胞质0.320

排名 2 · TkA01G422060 · TK1151

细胞膜0.133

排名 3 · TkA01G422060 · TK1151

内质网0.064

排名 4 · TkA01G422060 · TK1151

线粒体0.048

排名 5 · TkA01G422060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26148VPS18_RING_C95-104 aa

PF12861zf-ANAPC11124-146 aa

PF27618Zn_ribbon_GTF2H2127-143 aa

PF29452FAR1_N132-176 aa

PF12678zf-rbx1133-177 aa

PF13920zf-C3HC4_3133-180 aa

PF26148VPS18_RING_C134-163 aa

PF13639zf-RING_2135-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G422060	`PF26148`	VPS18_RING_C	95	104	1.4	9.7
TkA01G422060	`PF12861`	zf-ANAPC11	124	146	0.00053	20.7
TkA01G422060	`PF27618`	Zn_ribbon_GTF2H2	127	143	0.077	13.3
TkA01G422060	`PF29452`	FAR1_N	132	176	0.049	14.4
TkA01G422060	`PF12678`	zf-rbx1	133	177	3.8e-05	24.6
TkA01G422060	`PF13920`	zf-C3HC4_3	133	180	0.0011	19.5
TkA01G422060	`PF26148`	VPS18_RING_C	134	163	1.4	9.7
TkA01G422060	`PF13639`	zf-RING_2	135	177	3.1e-12	47.3
TkA01G422060	`PF17123`	zf-RING_11	135	163	2.6e-09	37.3
TkA01G422060	`PF13923`	zf-C3HC4_2	135	176	8.9e-08	32.5
TkA01G422060	`PF14634`	zf-RING_5	135	178	0.036	14.8
TkA01G422060	`PF11793`	FANCL_C	135	171	0.26	12.3
TkA01G422060	`PF25998`	U-box_ZFPL1	135	171	0.34	12.0
TkA01G422060	`PF00097`	zf-C3HC4	136	176	1.4e-05	25.6
TkA01G422060	`PF13445`	zf-RING_UBOX	136	174	0.0021	18.7
TkA01G422060	`PF14570`	zf-RING_4	136	178	1.9	9.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AVN2`	水稻	sp\|Q6AVN2\|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	52.400%	Swiss-Prot	低置信

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