TkA01G419200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G419200

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 104677530-104682349 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3107 bp · TkA01G419200|TK1151|cDNA

CCTAGAAACCGTGTTTTAGGCACACGTGTGTGCTCACACGCTTGGTCCGAAGTAGGGTTTAATAGACTGGGTTCCGCTTCGCAGCTCTTCCTCTTTCTCCCACACCACAACCCCTCGTCCCCTTTTCTTTTGTTCGATCCCCAAGCAAATACCCAAATCAATCGATCCATTTATGTTCCTAGAAACACAGCAATCTCCAGTGTTTCAACTACACCTTTGAATTGATTTAAATCTATCATGGCCGACACTTTGAGTTGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2601 bp · TkA01G419200|TK1151|CDS

ATGGCCGACACTTTGAGTTGGGCTGATAATAATATTATCGTCACTCAAAAACCCATTAATCGTGAAAACCCAGGTGGTGAATTGACTGAATCTTTAGCTCCGGCGGATAAATCTCCGTTTAGAAGGATTGAGTTTCACGTAGCCAGAAAGCCGTTCACTGGGTTTACTAAAGGAGGCGGCGATGGGAGTTTTCGGCTTGAAACGCTCAATCCTACCTCGACGAGCTCGAATAATACGAATGGAAATCAGCAGAACGTCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

866 aa · TkA01G419200|TK1151|PROTEIN

MADTLSWADNNIIVTQKPINRENPGGELTESLAPADKSPFRRIEFHVARKPFTGFTKGGGDGSFRLETLNPTSTSSNNTNGNQQNVGLDSVGGGSSGKKRDASELGNGLDPELSFGITFKRIGAGLENLGNTCFLNSVLQCLTYTEPLAAYLQSGKHQVSCRKAGFCALCAIQKHVSRALQATGRSVAPKDLVSNLRCISRTFRNSRQEDAHEYMVNLLESMHKCCLPTGVPSESQNAYEKSLVHKIFGGRLRSQVKCMQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G419200`
TK1151 ID	TkA01G419200
OH-1004 ID	LXL04_002811
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G419200

位置 Chr01:104677530-104682349 (-)

描述 Similar to UBP23: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57990`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002811 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007000 nucleolus organization 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0016242 negative regulation of macroautophagy 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:1901524 regulation of mitophagy 生物过程

GO:1903955 positive regulation of protein targeting to mitochondrion 生物过程

GO:2000232 regulation of rRNA processing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G57990

hsa:57602

hsa:84132

mmu:72344

rno:288482

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · TkA01G419200 · TK1151

细胞质0.101

排名 2 · TkA01G419200 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA01G419200 · TK1151

线粒体0.017

排名 4 · TkA01G419200 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA01G419200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00443UCH124-425 aa

PF13423UCH_1124-406 aa

PF24042DUF7351142-198 aa

PF24042DUF7351231-334 aa

PF16278zf-C2HE252-268 aa

PF16278zf-C2HE302-322 aa

PF02259FAT591-693 aa

PF13423UCH_1597-668 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G419200	`PF00443`	UCH	124	425	3e-64	217.8
TkA01G419200	`PF13423`	UCH_1	124	406	4.2e-22	79.9
TkA01G419200	`PF24042`	DUF7351	142	198	0.47	10.9
TkA01G419200	`PF24042`	DUF7351	231	334	0.47	10.9
TkA01G419200	`PF16278`	zf-C2HE	252	268	0.31	12.2
TkA01G419200	`PF16278`	zf-C2HE	302	322	0.31	12.2
TkA01G419200	`PF02259`	FAT	591	693	0.15	12.0
TkA01G419200	`PF13423`	UCH_1	597	668	4.2e-22	79.9
TkA01G419200	`PF00443`	UCH	670	670	3e-64	217.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPS4`	拟南芥	sp\|Q9FPS4\|UBP23_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23	43.200%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情