TkA01G419030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G419030

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 104616297-104620020 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2374 bp · TkA01G419030|TK1151|cDNA

CGATATCCATATAAGGTAGAATGATCAGACGGCTGATATGTGTTTGATCATCTCCACTCTCTACTCATCTTCTTGATCCCCAATTGGGTGCAGGTTTTTGCCATTAAAACCAAACTCTCACAATACACACTGTTAGAAGAGAATTTGAGGGATTCGGTTACGGATCTGAAAACCCAGATCTGAAAAATCTTTCATTTCTCCTTTCTGATCATATGGGTAATCGATCGCATCTAGGGTTTCACGTATGGATCTGTGCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · TkA01G419030|TK1151|CDS

ATGGGTAATCGATCGCATCTAGGGTTTCACGTATGGATCTGTGCTCTTCTTCTTTTATCCTACCATGGATATTCCTTCTACCTCCCTGGTGTCGCACCCCAGGATTTCTTTAAGGGAGATGTTCTGAGAGTAAAAGTGAACAAATTGGCTTCTACAAAGACTCAACTCCCATATTCTTACTACTCAGTCCCTTACTGTCGCCCTAATAAAATAGTTGACAGTGCTGAAAATCTTGGGGAAGTTCTTCGTGGTGACCGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

639 aa · TkA01G419030|TK1151|PROTEIN

MGNRSHLGFHVWICALLLLSYHGYSFYLPGVAPQDFFKGDVLRVKVNKLASTKTQLPYSYYSVPYCRPNKIVDSAENLGEVLRGDRIENSPYEFQMRVPQMCNIVCRIVLNEKTAKEFKEKIDDEYRVNMILDNLPLVVPMTRLEKDSPVIYQHGYFVGRKVQYAGTKEEKYFINNHLTFTVKFHKDVQTDSARIVGFEVNAFSVKHLYDGEFTPKTRLSTCDAHAKRMVTSSDPPQEVEDKKEIIFTYDIDFQESDIKW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G419030`
TK1151 ID	TkA01G419030
OH-1004 ID	LXL04_018122
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	78.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G419030

位置 Chr01:104616297-104620020 (+)

描述 Similar to TMN8: Transmembrane 9 superfamily member 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10840`	跨膜 9 超家族成员 8。	暂无已核实直接文献
`At5g25100`	跨膜9超家族成员9。	暂无已核实直接文献
`At2g24170`	跨膜9超家族成员10。	暂无已核实直接文献
`At3g13772`	可能发挥细胞铜稳态效应器的作用。	Transmembrane nine proteins in yeast and Arabidopsis affect cellular metal contents without changing vacuolar morphology.2010 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2010.01404.x
`At1g55130`	跨膜 9 超家族成员 6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006878 intracellular copper ion homeostasis 生物过程

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0072657 protein localization to membrane 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55130

ath:AT2G24170

ath:AT3G13772

ath:AT5G10840

ath:AT5G25100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.375

排名 1 · TkA01G419030 · TK1151

溶酶体／液泡0.271

排名 2 · TkA01G419030 · TK1151

内质网0.236

排名 3 · TkA01G419030 · TK1151

细胞质0.160

排名 4 · TkA01G419030 · TK1151

细胞膜0.085

排名 5 · TkA01G419030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02990EMP7057-595 aa

PF09183DUF1947107-130 aa

PF09183DUF1947167-181 aa

PF02990EMP70607-628 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G419030	`PF02990`	EMP70	57	595	1.2e-215	717.7
TkA01G419030	`PF09183`	DUF1947	107	130	0.12	13.2
TkA01G419030	`PF09183`	DUF1947	167	181	0.12	13.2
TkA01G419030	`PF02990`	EMP70	607	628	1.2e-215	717.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KIB2`	拟南芥	sp\|F4KIB2\|TMN8_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 8	80.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C5N2`	拟南芥	sp\|Q9C5N2\|TMN9_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 9	79.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RWW1`	拟南芥	sp\|Q8RWW1\|TMN10_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 10	78.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LIC2`	拟南芥	sp\|Q9LIC2\|TMN7_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 7	74.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C720`	拟南芥	sp\|Q9C720\|TMN6_ARATH Transmembrane 9 superfamily member 6	71.700%	Swiss-Prot	高置信

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