RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G415360
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 103658027-103658982 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

882 bp · TkA01G415360|TK1151|cDNA

CTGGGAGACAAGACTTCGTTCCTCTGCTCAAATCCGTCGTGCTACGGGATATCCGTACTTGTCACCGGAGCAGCCGGTTTCATCGGCACACACGTATCCATAGCTTTGAAAACCCGTGGAGATGGCGTCGTCGGGGTTGACAACTTCGATGATTACTACGCCCTGTCATTGAAAGAAACCCGGCGGGAGTTGCTAGAATTTCACGGCGTTTTCATAGTTGACGGTGATATCAACGACCGTGGCCTTTTAGACATCCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

882 bp · TkA01G415360|TK1151|CDS

CTGGGAGACAAGACTTCGTTCCTCTGCTCAAATCCGTCGTGCTACGGGATATCCGTACTTGTCACCGGAGCAGCCGGTTTCATCGGCACACACGTATCCATAGCTTTGAAAACCCGTGGAGATGGCGTCGTCGGGGTTGACAACTTCGATGATTACTACGCCCTGTCATTGAAAGAAACCCGGCGGGAGTTGCTAGAATTTCACGGCGTTTTCATAGTTGACGGTGATATCAACGACCGTGGCCTTTTAGACATCCTCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

293 aa · TkA01G415360|TK1151|PROTEIN

LGDKTSFLCSNPSCYGISVLVTGAAGFIGTHVSIALKTRGDGVVGVDNFDDYYALSLKETRRELLEFHGVFIVDGDINDRGLLDILFDTIAFTHVMHLAAQVGVQYAVENPYAYVHSNIASMVTLLERCKSADPQPAIVWASSGSVYGVKSKQQNTFFRIRPGRSTVSIYASTKRNGEEITQTYNRFYGLSITGLGKPITMYRANHTNSARDFIYIDDVVKGCVASLDTSGKSVGLGNGSGPYRIYNLGSASPVTVPTLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G415360
TK1151 IDTkA01G415360
OH-1004 IDLXL04_002870
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)85.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.150 / OH-1004 73.566
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G415360
位置Chr01:103658027-103658982 (-)
描述Similar to GAE1: UDP-glucuronate 4-epimerase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30440 UDP-D-葡萄糖醛酸 4-差向异构酶参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。
The biosynthesis of D-Galacturonate in plants. functional cloning and characterization of a membrane-anchored UDP-D-Glucuronate 4-epimerase from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.043745
At1g02000 参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。 暂无已核实直接文献
At2g45310 参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。 暂无已核实直接文献
At4g00110 参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。 暂无已核实直接文献
At3g23820 参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。
Identification and characterization of a UDP-D-glucuronate 4-epimerase in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.febslet.2004.06.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002870 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0033481 galacturonate biosynthetic process 生物过程
GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分
GO:0016854 racemase and epimerase activity 分子功能
GO:0050378 UDP-glucuronate 4-epimerase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02000
ath:AT2G45310
ath:AT3G23820
ath:AT4G00110
ath:AT4G30440
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.480
排名 1 · TkA01G415360 · TK1151
细胞核0.237
排名 2 · TkA01G415360 · TK1151
过氧化物酶体0.146
排名 3 · TkA01G415360 · TK1151
质体0.104
排名 4 · TkA01G415360 · TK1151
线粒体0.087
排名 5 · TkA01G415360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370Epimerase19-195 aa
PF04321RmlD_sub_bind19-185 aa
PF02719Polysacc_synt_219-135 aa
PF00106adh_short19-128 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd20-192 aa
PF010733Beta_HSD20-182 aa
PF07993NAD_binding_421-32 aa
PF07993NAD_binding_470-186 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G415360PF01370Epimerase191951.1e-35123.9
TkA01G415360PF04321RmlD_sub_bind191853.7e-0730.2
TkA01G415360PF02719Polysacc_synt_2191356.9e-0729.5
TkA01G415360PF00106adh_short191280.005217.0
TkA01G415360PF16363GDP_Man_Dehyd201922e-29103.8
TkA01G415360PF010733Beta_HSD201825e-0729.8
TkA01G415360PF07993NAD_binding_421320.0001321.9
TkA01G415360PF07993NAD_binding_4701860.0001321.9
TkA01G415360PF02719Polysacc_synt_21671866.9e-0729.5
TkA01G415360PF01370Epimerase1962321.1e-35123.9
TkA01G415360PF010733Beta_HSD2002215e-0729.8
TkA01G415360PF16363GDP_Man_Dehyd2052282e-29103.8
TkA01G415360PF16363GDP_Man_Dehyd2422602e-29103.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M0B6拟南芥sp|Q9M0B6|GAE1_ARATH UDP-glucuronate 4-epimerase 156.200%Swiss-Prot高置信
Q9LPC1拟南芥sp|Q9LPC1|GAE2_ARATH UDP-glucuronate 4-epimerase 254.000%Swiss-Prot高置信
O22141拟南芥sp|O22141|GAE4_ARATH UDP-glucuronate 4-epimerase 455.700%Swiss-Prot高置信
O81312拟南芥sp|O81312|GAE3_ARATH UDP-glucuronate 4-epimerase 354.700%Swiss-Prot高置信
Q9LIS3拟南芥sp|Q9LIS3|GAE6_ARATH UDP-glucuronate 4-epimerase 652.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看