TkA01G401350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G401350

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 100268838-100276130 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4594 bp · TkA01G401350|TK1151|cDNA

TGGGACCCTTCCAAAAGACACATCAGTAGCTGTCTGCACAATTGAAAAAGCAAATTCACTTCTCAACAGATTACTTGAAGAAGGGCGGTTATCAGAAGTTGGAATCATAGTAATTGATGAACTTCACATGGTTGGAGATCAACATAGAGGGTATCTACTAGAACTCATGTTGACAAAGCTTAGATATGGAGTGGTGAAGGGAGGGTAGAAGTGTCAAGTGGGGAAAGTTCAGGGTCAAGTAGTGGAAAAATGGACCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3426 bp · TkA01G401350|TK1151|CDS

ATGTCTGGGCGGGCGGGCCGTACAGGGATTGACACAAAAGGAGAGAGTGTGCTAGTATGCAAACCCGAAGAAGTAAAAAGAATCACGTCCCTCATCACCGATTCCATTCCACCACTTCATTCCTGTCTATCAGAAGACAAGAACGGAATGACACACGCCATTTTGGAAGTCGTCGCAGGCGGAATCGTCCAAACCGCAAACGACATCCACAGATACGTAAGATGCACGCTTCTCAATTCCACACAACCGTTTCAAGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1141 aa · TkA01G401350|TK1151|PROTEIN

MSGRAGRTGIDTKGESVLVCKPEEVKRITSLITDSIPPLHSCLSEDKNGMTHAILEVVAGGIVQTANDIHRYVRCTLLNSTQPFQDVVKSATDSLKWLCHRKFLEWSEDTKLYNVTPLGHACFGSSLCPQESLVVLDDLSRAREGFVLASDLHLVYLVTPINVDLEPDWELYYERFMQLPALDQSVGNRVGVQEPFLMRMAHGGPTRTFDKSKRDIKGLGVSTNKNLTHDQMLRVCKRFYVALILSRLVQETPVIEVCEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G401350`
TK1151 ID	TkA01G401350
OH-1004 ID	LXL04_005681
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 59.582 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G401350

位置 Chr01:100268838-100276130 (+)

描述 Similar to TEB: Helicase and polymerase-containing protein TEBICHI

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32700`	对分生组织和胚胎中的受控细胞分裂和分化必需，从而调节叶片上下极性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005681 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0042276 error-prone translesion synthesis 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32700

hsa:10721

mmu:77782

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.487

排名 1 · TkA01G401350 · TK1151

细胞质0.311

排名 2 · TkA01G401350 · TK1151

线粒体0.163

排名 3 · TkA01G401350 · TK1151

质体0.086

排名 4 · TkA01G401350 · TK1151

细胞膜0.039

排名 5 · TkA01G401350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20470HTH_6114-105 aa

PF21099POLQ_helical129-305 aa

PF21280Helicase_dom4_arc234-308 aa

PF25453DUF7898312-385 aa

PF14520HHH_5315-351 aa

PF21099POLQ_helical604-695 aa

PF00476DNA_pol_A730-1133 aa

PF15454LAMTOR1022-1056 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G401350	`PF20470`	HTH_61	14	105	1.8e-27	96.2
TkA01G401350	`PF21099`	POLQ_helical	129	305	4.6e-54	183.6
TkA01G401350	`PF21280`	Helicase_dom4_arc	234	308	0.14	12.8
TkA01G401350	`PF25453`	DUF7898	312	385	4.2e-07	31.0
TkA01G401350	`PF14520`	HHH_5	315	351	0.05	14.8
TkA01G401350	`PF21099`	POLQ_helical	604	695	4.6e-54	183.6
TkA01G401350	`PF00476`	DNA_pol_A	730	1133	2.2e-108	363.3
TkA01G401350	`PF15454`	LAMTOR	1022	1056	0.061	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q588V7`	拟南芥	sp\|Q588V7\|TEB_ARATH Helicase and polymerase-containing protein TEBICHI	61.600%	Swiss-Prot	高置信

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