TkA01G398720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G398720

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 99482165-99484615 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1297 bp · TkA01G398720|TK1151|cDNA

AAACAATTCAGTCTAACCTAATCCCGCTCCTCCGTTCTTACAAAATCCCTCCTCCATCATCCTCGGTCCCAAAAAGAAATTGCTCGTGCTTCCTCTCGCCGGCATCATCGTTCACCGAGCTAGTCCACTCTCTGGCACAAAACCACACGCAGGCCGCAGCCTTCTTCTCCGACGATTCCCGCCTGTGCCGGCAGGCCTCGCGACTCCGGCTCCCGTATCTGCGTCAGTCAAGGACGCCGCAACAGCAGTCCTCGTCTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA01G398720|TK1151|CDS

ATGGTTTCGCGAGAGAGGTCAGGGTTCACATTGAACATCATTGATACACCAGGGATTGTTGAAGGCGGATATGTTAATGACCAAGCTCTTGAGATCATTAAAAGGTTTCTTTTGAACAAGACAATAGATGTTTTGCTTTATGTTGACCGTCTGGATGCATACAGAGTTGATACACTGGATGGCCAGATTGTGAAAGCCATAACCAATACTTTTGGTCAAGAAATATGGAGAAGGGCAATTGTGGTACTCACACATTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA01G398720|TK1151|PROTEIN

MVSRERSGFTLNIIDTPGIVEGGYVNDQALEIIKRFLLNKTIDVLLYVDRLDAYRVDTLDGQIVKAITNTFGQEIWRRAIVVLTHSQLSPPDCLTYDDFLAKRSEALLKVVYNGARFTKQDIQSYSIPVGLVENSSRCNKNEKDEKVYSFISDYSWI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G398720`
TK1151 ID	TkA01G398720
OH-1004 ID	LXL04_033223
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.631 / OH-1004 45.511 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G398720

位置 Chr01:99482165-99484615 (+)

描述 Similar to TOC34: Translocase of chloroplast 34, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05000`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955 An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x Deletion of core components of the plastid protein import machinery causes differential arrest of embryo development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1055/s-2005-873044
`At1g02280`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Chloroplast protein translocon components atToc159 and atToc33 are not essential for chloroplast biogenesis in guard cells and root cells.2001 · DOI: 10.1104/pp.127.1.90 Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q Unusual nucleotide-binding properties of the chloroplast protein import receptor, atToc33.2003 · DOI: 10.1016/s0014-5793(03)00478-2 Dimerization of Toc-GTPases at the chloroplast protein import machinery.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m305946200 The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955 The roles of toc34 and toc75 in targeting the toc159 preprotein receptor to chloroplasts.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m307873200 An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x In vivo assessment of the significance of phosphorylation of the Arabidopsis chloroplast protein import receptor, atToc33.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.12.055 Phospho-mimicry mutant of atToc33 affects early development of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.11.071

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0019750 chloroplast localization 生物过程

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02280

ath:AT5G05000

cre:CHLRE_06g252200v5

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.292

排名 1 · TkA01G398720 · TK1151

细胞膜0.284

排名 2 · TkA01G398720 · TK1151

细胞核0.163

排名 3 · TkA01G398720 · TK1151

线粒体0.144

排名 4 · TkA01G398720 · TK1151

内质网0.096

排名 5 · TkA01G398720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04548AIG12-112 aa

PF01926MMR_HSR18-68 aa

PF00350Dynamin_N11-49 aa

PF01926MMR_HSR1100-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G398720	`PF04548`	AIG1	2	112	5.4e-22	78.9
TkA01G398720	`PF01926`	MMR_HSR1	8	68	0.003	18.4
TkA01G398720	`PF00350`	Dynamin_N	11	49	0.079	13.7
TkA01G398720	`PF01926`	MMR_HSR1	100	125	0.003	18.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38906`	拟南芥	sp\|Q38906\|TOC34_ARATH Translocase of chloroplast 34, chloroplastic	68.200%	Swiss-Prot	高置信
`O23680`	拟南芥	sp\|O23680\|TOC33_ARATH Translocase of chloroplast 33, chloroplastic	63.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情