TkA01G393460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G393460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 98152265-98162920 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2246 bp · TkA01G393460|TK1151|cDNA

AAAAGATCATCGTTTTCTCAAAATACAAAACAAAAAGAAAGAAGAAGCGGTTGTATAATACTTGTCGTGCTATTTGGTTTCCGTGATTTTATCCCTCAGTAGGGTTTGAAAAAGTACATAAACAGAAGGTCGAAGATTTATGATTATTTTTTCTTTCGTTGTGTAATCCTGGTTTCCAAGCGCAGGTGACCTATAGCATTGCCATTTCTCATCCGATCATTGATCGAATATCAGATGATGAGTTCTAAGAGAGGCGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1845 bp · TkA01G393460|TK1151|CDS

ATGATGAGTTCTAAGAGAGGCGGAGGTCAGTCTAACAGAGGCGGAGGTCAATCTAACAGAGGCGATGGCAATAAGCCTGCATCCAAGGGTAAATACATAGCCGGTGTTACTCGCTATGATGATGATCGCTTGAATCAGGCAGTCCAATATGTGAACGTGGATTGTAATTGGGAGGTTATCTCCAAAAAGAACAAAAACAGACCTGGAAATGGTGCTCCATCCAAACAGTGGGCTGCTCAAACTCCCAAACCCAACGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

614 aa · TkA01G393460|TK1151|PROTEIN

MMSSKRGGGQSNRGGGQSNRGDGNKPASKGKYIAGVTRYDDDRLNQAVQYVNVDCNWEVISKKNKNRPGNGAPSKQWAAQTPKPNGGRGNGQARAPNNTWAAQSGGRCSGGNINYTYNPAPNAIPPPLHSGWNWNDRPANAWQLGNNIPEDVEDQNEEDVEDESETGDVNESDDDDDEFLTDESDSDKTPKTHEERKKNKWYADLFKTLEGLTLEEINEPRSYRCPACQNSPDAIHCYRTLPSLLTHAKTKESKRVKIHR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G393460`
TK1151 ID	TkA01G393460
OH-1004 ID	LXL04_003101
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.068 / OH-1004 80.432 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G393460

位置 Chr01:98152265-98162920 (-)

描述 Similar to SGS3: Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23570`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	Geminivirus VIGS of endogenous genes requires SGS2/SDE1 and SGS3 and defines a new branch in the genetic pathway for silencing in plants.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02103.x SGS3 and SGS2/SDE1/RDR6 are required for juvenile development and the production of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1231804 An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0197500`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZIW7`	转录后基因沉默和天然病毒抗性所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030422 siRNA processing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0035278 miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23570

dosa:Os12g0197500

sly:100134882

zma:100037819

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · TkA01G393460 · TK1151

细胞核0.399

排名 2 · TkA01G393460 · TK1151

细胞膜0.120

排名 3 · TkA01G393460 · TK1151

内质网0.065

排名 4 · TkA01G393460 · TK1151

线粒体0.045

排名 5 · TkA01G393460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16869CNDH2_M63-178 aa

PF03470zf-XS225-263 aa

PF03468XS296-410 aa

PF16869CNDH2_M449-467 aa

PF03468XS555-573 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G393460	`PF16869`	CNDH2_M	63	178	1.1	10.7
TkA01G393460	`PF03470`	zf-XS	225	263	7.2e-06	26.9
TkA01G393460	`PF03468`	XS	296	410	2.6e-32	112.2
TkA01G393460	`PF16869`	CNDH2_M	449	467	1.1	10.7
TkA01G393460	`PF03468`	XS	555	573	2.6e-32	112.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDX1`	拟南芥	sp\|Q9LDX1\|SGS3_ARATH Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2QWE9`	水稻	sp\|Q2QWE9\|SGS3_ORYSJ Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	55.500%	Swiss-Prot	中等置信
`A2ZIW7`	水稻	sp\|A2ZIW7\|SGS3_ORYSI Protein SUPPRESSOR OF GENE SILENCING 3 homolog	55.500%	Swiss-Prot	中等置信

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