TkA01G393450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G393450

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 98148345-98152019 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3359 bp · TkA01G393450|TK1151|cDNA

CTTTCAAACCAAAACTCAAAATCGATTGGGCCTTTTTCGTAACATTAACCCTACACTCCGATACCTCTAGCGGAATCCTGAACCAAACCAATTGGATTGGCAAACAAAACCCTAAACCGCCGACTCTCATCTGTTCCCGTGACCCTCGTCCCCTGGTTTTTCAGTTGCCGATTGCAGGTACAGGCACCTCCATCAATCTCTTCTCCTCCTTCTGTATTAATTTGTTACAGATCGAAACCCATGAAACTTCTGGTTTATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2712 bp · TkA01G393450|TK1151|CDS

ATGGCGTCAAAATTTTGGAGTAATCAGGCTGACAGCGAGACTGAATCTGAAGTGAGTGATTATGAACAAGATGATGTTAATGAAGGACAAGATGACACCACCAATGCACCTGATAGGAACAAGTACCTTGACACTGGGGACAGCGACAGTGACGATTCAGACATGCACAAGCGTGTCATCAAGTCTGCAAAAGACAAGCGTTTTGAGGAGCTTTCCACCACCATTGACCAGATGAAGAACGCAATGAAGATCAACGATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

903 aa · TkA01G393450|TK1151|PROTEIN

MASKFWSNQADSETESEVSDYEQDDVNEGQDDTTNAPDRNKYLDTGDSDSDDSDMHKRVIKSAKDKRFEELSTTIDQMKNAMKINDWVNLQENFDKINRQLEKVMRVTESDRVPNNYVKALVMLEDFLNQAMANKEAKKKMSSSNAKALNAMRQKLKKNNKQYEEVINKCRENPESFEDQEEPEDPSEDPSEDETGSEIDDPAGTESDSDSDGNNHDEDMDENQPGWEKMMNKKDKLMEKQFKDPSQVTWDTVNKKFKEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G393450`
TK1151 ID	TkA01G393450
OH-1004 ID	LXL04_003102
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.779 / OH-1004 94.942 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G393450

位置 Chr01:98148345-98152019 (+)

描述 Similar to TIF3C1: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56150`	真核翻译起始因子3（eIF-3）复合体的组成部分，参与特定mRNA的蛋白质合成，并与其他起始因子一起促进mRNA和起始甲硫氨酸-tRNA与40S核糖体的结合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003102 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001732 formation of cytoplasmic translation initiation complex 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005852 eukaryotic translation initiation factor 3 complex 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0016282 eukaryotic 43S preinitiation complex 细胞组分

GO:0033290 eukaryotic 48S preinitiation complex 细胞组分

GO:0043614 multi-eIF complex 细胞组分

GO:0071540 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e 细胞组分

GO:0071541 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G56150

bfu:BCIN_03g06940

mtr:11419223

ncr:NCU07831

ssl:SS1G_00093

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.565

排名 1 · TkA01G393450 · TK1151

细胞质0.448

排名 2 · TkA01G393450 · TK1151

内质网0.054

排名 3 · TkA01G393450 · TK1151

高尔基体0.049

排名 4 · TkA01G393450 · TK1151

细胞膜0.045

排名 5 · TkA01G393450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05470eIF-3c_N47-647 aa

PF27248MJ1674_2nd60-129 aa

PF04791LMBR160-175 aa

PF13779DUF417560-247 aa

PF06330TRI564-113 aa

PF11373DUF317572-148 aa

PF07749ERp29124-181 aa

PF19808DUF6291134-173 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G393450	`PF05470`	eIF-3c_N	47	647	4.7e-236	785.5
TkA01G393450	`PF27248`	MJ1674_2nd	60	129	0.011	16.9
TkA01G393450	`PF04791`	LMBR1	60	175	2.2	7.7
TkA01G393450	`PF13779`	DUF4175	60	247	6.5	5.2
TkA01G393450	`PF06330`	TRI5	64	113	0.098	12.2
TkA01G393450	`PF11373`	DUF3175	72	148	0.22	12.5
TkA01G393450	`PF07749`	ERp29	124	181	0.28	12.7
TkA01G393450	`PF19808`	DUF6291	134	173	0.84	10.6
TkA01G393450	`PF27248`	MJ1674_2nd	144	168	0.011	16.9
TkA01G393450	`PF19808`	DUF6291	290	306	0.84	10.6
TkA01G393450	`PF06330`	TRI5	304	351	0.098	12.2
TkA01G393450	`PF01399`	PCI	383	398	8e-16	58.7
TkA01G393450	`PF01399`	PCI	634	662	8e-16	58.7
TkA01G393450	`PF01399`	PCI	711	784	8e-16	58.7
TkA01G393450	`PF26569`	EIF3CL_C	791	815	3.8e-09	36.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49160`	拟南芥	sp\|O49160\|EIF3C_ARATH Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C	72.600%	Swiss-Prot	高置信

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