TkA01G390860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G390860

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 97605105-97606382 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

864 bp · TkA01G390860|TK1151|cDNA

ACTTCACTGTCGAATGATGCTTTTTCTCTGGCGTCAGGCGACACAAAGGTGATTGCAGCTGTTTACGGACCGAAAGCTGGAACTAGGAAAAATGAAAACCCCGGAAAGGCTTGCATTGAAGTCATTTGGAAGCCAAAAACCGGTCAGAGTGGGAAATCAGAGAGGGAGATGGTACTTAAGAAGACGTTACAAAGCATCTGCCTTTTGAATGGTCATCCCAATACAACAACTTCAATTGTCATCCAGGTTGTCAATGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA01G390860|TK1151|CDS

ACTTCACTGTCGAATGATGCTTTTTCTCTGGCGTCAGGCGACACAAAGGTGATTGCAGCTGTTTACGGACCGAAAGCTGGAACTAGGAAAAATGAAAACCCCGGAAAGGCTTGCATTGAAGTCATTTGGAAGCCAAAAACCGGTCAGAGTGGGAAATCAGAGAGGGAGATGGTACTTAAGAAGACGTTACAAAGCATCTGCCTTTTGAATGGTCATCCCAATACAACAACTTCAATTGTCATCCAGGTTGTCAATGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · TkA01G390860|TK1151|PROTEIN

TSLSNDAFSLASGDTKVIAAVYGPKAGTRKNENPGKACIEVIWKPKTGQSGKSEREMVLKKTLQSICLLNGHPNTTTSIVIQVVNDDGALLPCAINAACAALEDAGTPLKHLAVAICSCMAENGKILLDPSKIEEQKLRRLYIWYFQIP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G390860`
TK1151 ID	TkA01G390860
OH-1004 ID	LXL04_032480
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.946 / OH-1004 52.060 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G390860

位置 Chr01:97605105-97606382 (+)

描述 Similar to RRP46: Exosome complex exonuclease RRP46 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46210`	可能是RNA外切体3′→5′核糖核酸外切酶复合物的组分；该复合物降解3′非翻译区含AU富集元件（ARE）的内在不稳定mRNA。	暂无已核实直接文献
`At3g61620`	RNA外切体复合物的非催化组分；该复合物具有3′→5′核糖核酸外切酶活性，参与多种细胞RNA的加工、成熟和降解。	Poly(A) tail-dependent exonuclease AtRrp41p from Arabidopsis thaliana rescues 5.8 S rRNA processing and mRNA decay defects of the yeast ski6 mutant and is found in an exosome-sized complex in plant and yeast cells.2000 · DOI: 10.1074/jbc.m005493200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0854200`	可能参与 RNA 的加工与降解。	Structural and biochemical characterization of CRN-5 and Rrp46: an exosome component participating in apoptotic DNA degradation.2010 · DOI: 10.1261/rna.2180810

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032480 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0016075 rRNA catabolic process 生物过程

GO:0034475 U4 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0045006 DNA deamination 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0071028 nuclear mRNA surveillance 生物过程

GO:0071051 poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46210

dosa:Os03g0854200

hbu:Hbut_0571

hsa:56915

mmu:27998

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.748

排名 1 · TkA01G390860 · TK1151

细胞质0.352

排名 2 · TkA01G390860 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA01G390860 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA01G390860 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA01G390860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01138RNase_PH11-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G390860	`PF01138`	RNase_PH	11	108	2.1e-18	67.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX74`	拟南芥	sp\|Q9LX74\|EXOS5_ARATH Exosome complex exonuclease RRP46 homolog	72.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SP08`	拟南芥	sp\|Q9SP08\|RRP41_ARATH Exosome complex component RRP41 homolog	34.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84T68`	水稻	sp\|Q84T68\|EXOS5_ORYSJ Exosome complex exonuclease RRP46 homolog	67.900%	Swiss-Prot	高置信

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