TkA01G390700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G390700

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 97559014-97560883 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1042 bp · TkA01G390700|TK1151|cDNA

TTGCTCTTAGCTTTTTCTTATCTGTTACATGAGTTAACGGCGGTTAACTATTTGTAATGGTGAACCTAAAAACAACCCGACACGAAAGGAAACACTCACATTTGCAAGCTTCAAAACCAGTCAGCCGTGCTAGAAGAGTCAACCATGGTGCATAAGAAGGCGATGGAACCGGCGGCGAAGGAGCAGAAGAGCCGGAAGCTGAGTAACGTGGAGCGTTCTTCATACTTCGCCCGCCGAGAGGCGGCTAAGGTCTTGAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

597 bp · TkA01G390700|TK1151|CDS

ATGATGTACATAATCACATATGACATTCTTTTTGGACAGGATGCATCTCTAACAGGAGATCCAGAAAAGTACCTTATTTTAAGGAAAAGTCAACTACAGTCAGCTCTAGCAAAGATTCTAGCAAAGAAGGGAGCAAAACGTATAGAAGATTTGATGGCTCAGTACAAGATTCCTTTCTCCGATGTTAAAAAACCTCGATACGTCCGAGTCAACACTCTGAAATTGGACGTTGAAACTGCTATTCTTGAACTTAGCAAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

198 aa · TkA01G390700|TK1151|PROTEIN

MMYIITYDILFGQDASLTGDPEKYLILRKSQLQSALAKILAKKGAKRIEDLMAQYKIPFSDVKKPRYVRVNTLKLDVETAILELSKRIRVEKDDMIPDLLVLPPGTDLHNHPLVTEGKVFMQGKASSMVAVALAPKPGWEVIDACASPGNKTVHVAAVMKGEGKIIACELNKDRVKRLEHTHKVGGSHQYPYITLFSH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G390700`
TK1151 ID	TkA01G390700
OH-1004 ID	LXL04_037286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 36.364 / OH-1004 13.662 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G390700

位置 Chr01:97559014-97560883 (+)

描述 Similar to rsmB: Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase B (Bacillus subtilis (strain 168)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26180`	可能催化 25S rRNA 第 2268 位胞嘧啶 C5 位的甲基化。	Conservation of tRNA and rRNA 5-methylcytosine in the kingdom Plantae.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0580-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008649 rRNA methyltransferase activity 分子功能

GO:0009383 rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

bsu:BSU15740

syn:slr0679

ypg:YpAngola_A0613

ypo:BZ17_2920

yps:YPTB3667

ypy:YPK_0314

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.535

排名 1 · TkA01G390700 · TK1151

细胞核0.300

排名 2 · TkA01G390700 · TK1151

线粒体0.129

排名 3 · TkA01G390700 · TK1151

质体0.061

排名 4 · TkA01G390700 · TK1151

过氧化物酶体0.053

排名 5 · TkA01G390700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21153NSUN5_N4-52 aa

PF01728FtsJ29-46 aa

PF02515CoA_transf_329-68 aa

PF22458RsmF-B_ferredox63-103 aa

PF21148NSUN5_fdxn-like65-85 aa

PF21148NSUN5_fdxn-like90-122 aa

PF21801ASPP2-like_RA119-169 aa

PF01189Methyltr_RsmB-F131-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G390700	`PF21153`	NSUN5_N	4	52	3e-05	25.3
TkA01G390700	`PF01728`	FtsJ	29	46	0.027	15.1
TkA01G390700	`PF02515`	CoA_transf_3	29	68	0.07	13.0
TkA01G390700	`PF22458`	RsmF-B_ferredox	63	103	0.018	15.9
TkA01G390700	`PF21148`	NSUN5_fdxn-like	65	85	2.6e-13	50.9
TkA01G390700	`PF21148`	NSUN5_fdxn-like	90	122	2.6e-13	50.9
TkA01G390700	`PF21801`	ASPP2-like_RA	119	169	0.016	15.8
TkA01G390700	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	131	182	6.7e-12	46.2
TkA01G390700	`PF01209`	Ubie_methyltran	132	189	0.049	13.7
TkA01G390700	`PF01728`	FtsJ	136	176	0.027	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYE8`	拟南芥	sp\|Q8GYE8\|NSUN5_ARATH 25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NSUN5	56.700%	Swiss-Prot	高置信

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