TkA01G387270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G387270

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 96632912-96637594 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

594 bp · TkA01G387270|TK1151|cDNA

ATGCTCTGGGATCCAGGTCGATTTCTTCCAGTGGCGACTCTTCCATTTCTTCTGCCGATTGGGTATTTTCAGGTTCGTCGGTTAGAACTCGATAAATATTTCACAAGTTGTCGGCCTACAAGTTGTGTTAAGCAGCTGAATATCGTAGATATGTCCTGCATCAGTAGCATGACCATTGATGAAGAGAAGATCAGCAAGACAGTGAAATTAGTCCACAAAATCTTAGGAGGTGGCAGCTACAGTCGGCCATGGATTTGCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · TkA01G387270|TK1151|CDS

ATGCTCTGGGATCCAGGTCGATTTCTTCCAGTGGCGACTCTTCCATTTCTTCTGCCGATTGGGTATTTTCAGGTTCGTCGGTTAGAACTCGATAAATATTTCACAAGTTGTCGGCCTACAAGTTGTGTTAAGCAGCTGAATATCGTAGATATGTCCTGCATCAGTAGCATGACCATTGATGAAGAGAAGATCAGCAAGACAGTGAAATTAGTCCACAAAATCTTAGGAGGTGGCAGCTACAGTCGGCCATGGATTTGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

197 aa · TkA01G387270|TK1151|PROTEIN

MLWDPGRFLPVATLPFLLPIGYFQVRRLELDKYFTSCRPTSCVKQLNIVDMSCISSMTIDEEKISKTVKLVHKILGGGSYSRPWICYWILHSLAVLGESVDENLENNAIDFISRCQDQHGGYGGGPGQMPHLATTYAAVNSLITLGGHKSLSSINRCCQIMGRSEQDDFTAAQICWKFGPQCSHLYGNRIFSIRKEK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G387270`
TK1151 ID	TkA01G387270
OH-1004 ID	LXL04_003181
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	83.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.431 / OH-1004 70.588 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G387270

位置 Chr01:96632912-96637594 (+)

描述 Similar to FTB: Protein farnesyltransferase subunit beta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40280`	将法尼基从法尼基二磷酸转移至多种蛋白质C端倒数第4位的半胱氨酸；这些蛋白的C端具有Cys-脂肪族氨基酸-脂肪族氨基酸-X（CaaX）序列。	The CaaX specificities of Arabidopsis protein prenyltransferases explain era1 and ggb phenotypes.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-118 ASG2 is a farnesylated DWD protein that acts as ABA negative regulator in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/pce.12605

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003181 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0018342 protein prenylation 生物过程

GO:0018343 protein farnesylation 生物过程

GO:0045787 positive regulation of cell cycle 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G40280

bta:327686

mgr:MGG_01287

mmu:110606

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.390

排名 1 · TkA01G387270 · TK1151

线粒体0.293

排名 2 · TkA01G387270 · TK1151

细胞核0.248

排名 3 · TkA01G387270 · TK1151

过氧化物酶体0.110

排名 4 · TkA01G387270 · TK1151

细胞膜0.063

排名 5 · TkA01G387270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00432Prenyltrans79-163 aa

PF13243SQHop_cyclase_C89-168 aa

PF13249SQHop_cyclase_N95-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G387270	`PF00432`	Prenyltrans	79	163	5.2e-21	76.1
TkA01G387270	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	89	168	0.075	12.8
TkA01G387270	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	95	150	0.16	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38920`	拟南芥	sp\|Q38920\|FNTB_ARATH Protein farnesyltransferase subunit beta	76.300%	Swiss-Prot	低置信

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