TkA01G384940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G384940

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 96076276-96078193 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1444 bp · TkA01G384940|TK1151|cDNA

GAAACCCTAACCCTTCACTCAACGACGCGGGTCGCCTCTGAGTCATGTGACTACGCTGGCGACGAGCATCTCCATTTCAAGCATGGAGAAATCCGAACGATCAAAGGCATCAAAAGGGGAAGATGGGGTCGATTTGATCAGTAAAATACCGGATGCTATTCTTATTTTGATTCTGTCACGTCTTTCATCCACTGAAGAACAAATCCGAAGCAGCATTTTGTCCCGACGCTGGAGGTATTTGTGGACTGCAATTCCCTCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA01G384940|TK1151|CDS

ATGGAGAAATCCGAACGATCAAAGGCATCAAAAGGGGAAGATGGGGTCGATTTGATCAGTAAAATACCGGATGCTATTCTTATTTTGATTCTGTCACGTCTTTCATCCACTGAAGAACAAATCCGAAGCAGCATTTTGTCCCGACGCTGGAGGTATTTGTGGACTGCAATTCCCTCAGTGGACATGGAATTTGTATCTGAAGGAAAGTTCAATAAATGTGAATTTAAAGAGTTTGTGTATTGGGTTTTAGCAAGTAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · TkA01G384940|TK1151|PROTEIN

MEKSERSKASKGEDGVDLISKIPDAILILILSRLSSTEEQIRSSILSRRWRYLWTAIPSVDMEFVSEGKFNKCEFKEFVYWVLASKTVDLDRFRLFLNDSDIMSTVWRWVHLAVTRNVKQIDISFSTLKDTKPIELPHYLVSCSSLEVLKLDLKSRYLSLPRFLGFPALRVLDLTYVDLPEDGDLVKDFLKNCPLLEDLSLLCCFIGELVCISCQNLKRLSIVNCDDVGPHGIKICCPELVDLELGGRILFGNTDPDLFH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G384940`
TK1151 ID	TkA01G384940
OH-1004 ID	LXL04_003223
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.681 / OH-1004 67.754 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G384940

位置 Chr01:96076276-96078193 (-)

描述 Similar to At4g10400: FBD-associated F-box protein At4g10400

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g38590`	FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g38590。	暂无已核实直接文献
`At2g26860`	FBD相关F-box蛋白At2g26860。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At5g56420`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56420。	暂无已核实直接文献
`At5g02920`	F-box/LRR重复蛋白 25。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55030

ath:AT1G69630

ath:AT3G28410

ath:AT4G10400

ath:AT5G02700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808

排名 1 · TkA01G384940 · TK1151

细胞质0.242

排名 2 · TkA01G384940 · TK1151

内质网0.043

排名 3 · TkA01G384940 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkA01G384940 · TK1151

质体0.018

排名 5 · TkA01G384940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box19-55 aa

PF12937F-box-like19-53 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF186-319 aa

PF24758LRR_At5g56370108-225 aa

PF12799LRR_4117-151 aa

PF12799LRR_4160-176 aa

PF12799LRR_4169-205 aa

PF00646F-box179-199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G384940	`PF00646`	F-box	19	55	7.6e-05	23.2
TkA01G384940	`PF12937`	F-box-like	19	53	0.0022	18.4
TkA01G384940	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	86	319	6.5e-10	39.7
TkA01G384940	`PF24758`	LRR_At5g56370	108	225	1.7e-13	51.5
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	117	151	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	160	176	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	169	205	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF00646`	F-box	179	199	7.6e-05	23.2
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	196	225	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	215	247	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF12937`	F-box-like	267	274	0.0022	18.4
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	277	294	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF24758`	LRR_At5g56370	279	322	1.7e-13	51.5
TkA01G384940	`PF12799`	LRR_4	289	322	0.019	15.9
TkA01G384940	`PF00646`	F-box	307	321	7.6e-05	23.2
TkA01G384940	`PF12937`	F-box-like	307	319	0.0022	18.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFW2`	拟南芥	sp\|Q9FFW2\|FBD17_ARATH FBD-associated F-box protein At5g38590	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84X02`	拟南芥	sp\|Q84X02\|FBD7_ARATH FBD-associated F-box protein At2g26860	31.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	31.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM89`	拟南芥	sp\|Q9FM89\|FDL38_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420	31.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q1PE04`	拟南芥	sp\|Q1PE04\|FBL25_ARATH F-box/LRR-repeat protein 25	33.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情