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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G382760
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 95544923-95547684 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2139 bp · TkA01G382760|TK1151|cDNA

AGCAGCAATAAAAGAGGGTTTACTTTACTCCACAAGTAACCTGGACTCCTATCTATCTTCATCTCTCTAGAAAATCTCCTCTTTGAATTCAAGCAATCATCCAATCTGTATCTTTATATATATATATCGCCTCTCTCTATATATAATTAATTTATCCTTGTTGAAAAGATTCTATGATTGGATCCTGCGTTTTTTTCTTTGCTGATTACGGTTAGGCCTTCCCAATTTCATCTCCTCACCACTTTCATTCTTCGATTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA01G382760|TK1151|CDS

ATGAGCAACATGACAAGTTCAAGCGAAGACAGAATGACATCCAAAGATTCTCCAAGTTTTGAAGAAGCAAGCACTGAAAGAACCATGGTAGGCCGTGGGTCACTGAAGAAAGGTCCATGGACAGCTGCTGAAGATGCAATCCTCATGGAATACGTGAACCAGAATGGAGAAGGCAACTGGAATGCTGTTCAGAAACACTCAGGGCTCTCTCGTTGTGGTAAAAGCTGTCGCCTACGTTGGACAAATCATCTGAGACCTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

438 aa · TkA01G382760|TK1151|PROTEIN

MSNMTSSSEDRMTSKDSPSFEEASTERTMVGRGSLKKGPWTAAEDAILMEYVNQNGEGNWNAVQKHSGLSRCGKSCRLRWTNHLRPDLKKGAFTPEEERLIIELHAKMGNKWARMAVELPGRTDNEIKNFWNTRTKRKQRAGLPIYPHDISFHQVQDTPSQNQNIPIFPNEIFPPTTTNNNLQIPAINFKDFKLNHENLYQIPPESFLDIMTTYPPKIIRPSGGGGGGGGGLGDVLTGMKNQYEDVKMGEPMSLNPSSLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G382760
TK1151 IDTkA01G382760
OH-1004 IDLXL04_003244
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.542
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G382760
位置Chr01:95544923-95547684 (-)
描述Similar to GAMYB: Transcription factor GAMYB
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g32460 转录激活因子。
ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x
The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630
MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933
The over-expression of two transcription factors, ABS5/bHLH30 and ABS7/MYB101, leads to upwardly curly leaves.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0107637
At5g06100 α-淀粉酶表达的转录激活剂，与靶基因启动子中的 5'-CAACTGTC-3' 基序结合。
The Arabidopsis GAMYB-like genes, MYB33 and MYB65, are microRNA-regulated genes that redundantly facilitate anther development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027920
ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x
The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630
At3g11440 α-淀粉酶表达的转录激活剂，与靶基因启动子中的 5'-CAACTGTC-3' 基序结合。
The Arabidopsis GAMYB-like genes, MYB33 and MYB65, are microRNA-regulated genes that redundantly facilitate anther development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027920
The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0812000 糊粉细胞中赤霉素依赖性 α-淀粉酶表达的转录激活剂。
Loss-of-function mutations of the rice GAMYB gene impair alpha-amylase expression in aleurone and flower development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017327
Gibberellin modulates anther development in rice via the transcriptional regulation of GAMYB.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062935
Identification of gamyb-4 and analysis of the regulatory role of GAMYB in rice anther development.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00959.x
Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741
UniProt: A2WW87 激活糊粉层细胞中赤霉素依赖的α-淀粉酶表达的转录激活因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003244 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G32460
ath:AT3G11440
ath:AT5G06100
dosa:Os01g0812000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943
排名 1 · TkA01G382760 · TK1151
细胞质0.173
排名 2 · TkA01G382760 · TK1151
细胞膜0.020
排名 3 · TkA01G382760 · TK1151
线粒体0.015
排名 4 · TkA01G382760 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkA01G382760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding37-84 aa
PF13921Myb_DNA-bind_640-99 aa
PF08914Myb_Rap140-90 aa
PF23588HTH_CHD1_Hrp340-69 aa
PF00249Myb_DNA-binding90-133 aa
PF13921Myb_DNA-bind_693-138 aa
PF08914Myb_Rap193-110 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G382760PF00249Myb_DNA-binding37841e-34119.1
TkA01G382760PF13921Myb_DNA-bind_640991.6e-2073.7
TkA01G382760PF08914Myb_Rap140900.08414.0
TkA01G382760PF23588HTH_CHD1_Hrp340690.2512.1
TkA01G382760PF00249Myb_DNA-binding901331e-34119.1
TkA01G382760PF13921Myb_DNA-bind_6931381.6e-2073.7
TkA01G382760PF08914Myb_Rap1931100.08414.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80883拟南芥sp|O80883|MB101_ARATH Transcription factor MYB10176.600%Swiss-Prot低置信
Q8W1W6拟南芥sp|Q8W1W6|MYB33_ARATH Transcription factor MYB3373.200%Swiss-Prot低置信
Q9FR97拟南芥sp|Q9FR97|MYB65_ARATH Transcription factor MYB6573.400%Swiss-Prot低置信
Q0JIC2水稻sp|Q0JIC2|GAMYB_ORYSJ Transcription factor GAMYB42.900%Swiss-Prot中等置信
A2WW87水稻sp|A2WW87|GAM1_ORYSI Transcription factor GAMYB42.900%Swiss-Prot中等置信

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