TkA01G369350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G369350

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 92029592-92033222 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2494 bp · TkA01G369350|TK1151|cDNA

TGGAAATTGGTTTGGAGACTTGGAGATCGGATGTAAATATGTAATTGACAGTTCTCACTTCTCAGTTCTCACTCACTGGTAAGCGGTAACCATGTCAGGACTTCGCGAAGTGGAGGCCAACAAGCGGGAATCCACATCAATTCCCGACTGTTTTTAAAACCCTAATTCCACCCATTGTCTGTCTTGGATAAAGTGCATATTTTTTCTCGATTGTCAAGAATCGTGTTTATTGATGGCGGCAACGATAAAGACTAACGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2262 bp · TkA01G369350|TK1151|CDS

ATGGCGGCAACGATAAAGACTAACGGGAACCTTGTCGAGGTCAATGATGATGACGATAGAGGTCAAGAACAAAATGGGCATTCTGTTTTTGAAACAGAGGCAAAGGACGGTATTCAGAAGAACAGAGGCAGGAAAAGAGGTCGGGAAGAGAACAGCGGGAGCACCGGCACTGCTACCAAATCTCAAGAAAAGAAGAATAAACCAGTCGATCGTCAAAAGCAGGCTGTTTCTAGAGAAGAAGAAAAGACAATGCCGACGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

754 aa · TkA01G369350|TK1151|PROTEIN

MAATIKTNGNLVEVNDDDDRGQEQNGHSVFETEAKDGIQKNRGRKRGREENSGSTGTATKSQEKKNKPVDRQKQAVSREEEKTMPTIVALSSDDENNVVINRKEDKRESWNPKRRTRIDGFSYAIFNLEDDVEEDVGKKTQQRSTSKKERMGEKEQDNSIRKKRQQSAPKKEKTGEGKQDKKSQTASSSSKNDDKRPRCAARHMVPDENGNLVYVQSEMCHQCQRNDKGRVVRCQKCTTKRYCRPCMETWYPNMTEEMFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G369350`
TK1151 ID	TkA01G369350
OH-1004 ID	LXL04_003356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 59.304 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G369350

位置 Chr01:92029592-92033222 (+)

描述 Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07610`	组蛋白去甲基酶，去甲基化组蛋白 H3 的 'Lys-9' (H3K9me)，特别针对 H3K9me2 和 H3K9me1。	Control of genic DNA methylation by a jmjC domain-containing protein in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1126/science.1150987 An Arabidopsis jmjC domain protein protects transcribed genes from DNA methylation at CHG sites.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.59 Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.227 DNA methylation in an intron of the IBM1 histone demethylase gene stabilizes chromatin modification patterns.2012 · DOI: 10.1038/emboj.2012.141 IBM1, a JmjC domain-containing histone demethylase, is involved in the regulation of RNA-directed DNA methylation through the epigenetic control of RDR2 and DCL3 expression in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks647 SHOOT GROWTH1 maintains Arabidopsis epigenomes by regulating IBM1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0084687 Demethylation of ERECTA receptor genes by IBM1 histone demethylase affects stomatal development.2016 · DOI: 10.1242/dev.129932 Contrasting epigenetic control of transgenes and endogenous genes promotes post-transcriptional transgene silencing in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-22995-3 The arabidopsis GyraseB3 contributes to transposon silencing by promoting histone deacetylation.2025 · DOI: 10.1093/nar/gkaf985
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At4g00990`	组蛋白去甲基酶，可去甲基化组蛋白H3的'Lys-9'(H3K9me)，对H3K9me1和H3K9me2具有特异性活性。	JMJ27, an Arabidopsis H3K9 histone demethylase, modulates defense against Pseudomonas syringae and flowering time.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13623 JMJ27-mediated histone H3K9 demethylation positively regulates drought-stress responses in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/nph.17593
`At1g09060`	可能结合组蛋白 H3，但因无法结合 Fe²⁺ 而丧失去甲基化酶活性。	JMJ24 binds to RDR2 and is required for the basal level transcription of silenced loci in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12924 JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115 A JUMONJI Protein with E3 Ligase and Histone H3 Binding Activities Affects Transposon Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01688

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11950

ath:AT1G62310

ath:AT3G07610

ath:AT4G00990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941

排名 1 · TkA01G369350 · TK1151

细胞质0.086

排名 2 · TkA01G369350 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA01G369350 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA01G369350 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA01G369350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSE9`	拟南芥	sp\|Q9SSE9\|JMJ25_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ25	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`C0SUU8`	拟南芥	sp\|C0SUU8\|JMJ26_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ26	44.700%	Swiss-Prot	中等置信
`C0SV12`	拟南芥	sp\|C0SV12\|JMJ29_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ29	43.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VYB9`	拟南芥	sp\|Q8VYB9\|JMJ27_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ27	45.200%	Swiss-Prot	中等置信
`F4HZD1`	拟南芥	sp\|F4HZD1\|JMJ24_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase JMJ24	35.200%	Swiss-Prot	中等置信

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