RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G366540
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 91345899-91353066 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2265 bp · TkA01G366540|TK1151|cDNA

CGGAAACGTGCCCGCGTGAGATCACTCGCTCCGATGTTTCCATTTATTCGGAGTTGATTTTTGTCTGAGATCAGCCGCAACACAGAAACAAGAACCAAAAAGAGAGTTTAGGGCCCCAAAAAAGCCAAATCGACGAGGCCCTCTCCTCTCTCCTCCGTGGAATCTTGAAAAACCCTCCTCAATTTCATACCTCCATCAAAACCCTCCTCACCGTATTAATCGGAGGTGAAGAATCAGAGCTAGAAAATGAGTGGGCACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1659 bp · TkA01G366540|TK1151|CDS

ATGAGTGGGCACGGGCCGCCAGTTCCACGGAGGAGCAGTTCAATGTATAGACGAAACAATCCGTCTACCACCATCAAAAAATCGTTATCAACTCAATCGGAAAATGGAACAACCTCCACCGCAGCCACCAATGGCCATCAACTGAAATCCCCTGCGCCTACTCCCTCTGGTGAGAGGACAGTGAAGAAGCTTAGGCTGTCAAAGGCCCTGACAATACCAGAAGGGACGACTGTTTCAGAGGCTTGTAGGAGAATGGCAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

552 aa · TkA01G366540|TK1151|PROTEIN

MSGHGPPVPRRSSSMYRRNNPSTTIKKSLSTQSENGTTSTAATNGHQLKSPAPTPSGERTVKKLRLSKALTIPEGTTVSEACRRMAARRVDAVLLTDSDALLSGIVTDKDIATRVLAKELRPDQTLISKVMTRNPTFVSSDSLAIDALQKMVQGKFRHLPVVENGEVIALLDITKCLYDAISRMEKAAEQGSAIAAAVEGVERQWGNNFSAPSAFIETLRDRMFKPSLSTIISETSKVATVLLSDPVSVAAKRMQELQVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G366540
TK1151 IDTkA01G366540
OH-1004 IDLXL04_003377
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G366540
位置Chr01:91345899-91353066 (+)
描述Similar to CBSCBSPB3: CBS domain-containing protein CBSCBSPB3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g52950 含CBS结构域的蛋白 CBSCBSPB3。 暂无已核实直接文献
At2g36500 含CBS结构域蛋白CBSCBSPB2。 暂无已核实直接文献
At5g63490 含CBS结构域蛋白CBSCBSPB1。 暂无已核实直接文献
At5g50530 含 CBS 结构域的蛋白 CBSCBSPB4。 暂无已核实直接文献
At5g50640 含 CBS 结构域的蛋白 CBSCBSPB5。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G36500
ath:AT3G52950
ath:AT5G50530
ath:AT5G50640
ath:AT5G63490
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539
排名 1 · TkA01G366540 · TK1151
高尔基体0.229
排名 2 · TkA01G366540 · TK1151
细胞核0.194
排名 3 · TkA01G366540 · TK1151
溶酶体／液泡0.184
排名 4 · TkA01G366540 · TK1151
细胞膜0.155
排名 5 · TkA01G366540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00571CBS67-115 aa
PF21989RA_267-87 aa
PF13662Toprim_491-116 aa
PF18561Regnase_1_C126-147 aa
PF00571CBS127-173 aa
PF21989RA_2171-192 aa
PF00571CBS235-283 aa
PF13662Toprim_4252-280 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G366540PF00571CBS671153.8e-35120.7
TkA01G366540PF21989RA_267870.2512.2
TkA01G366540PF13662Toprim_4911160.03115.2
TkA01G366540PF18561Regnase_1_C1261470.2312.0
TkA01G366540PF00571CBS1271733.8e-35120.7
TkA01G366540PF21989RA_21711920.2512.2
TkA01G366540PF00571CBS2352833.8e-35120.7
TkA01G366540PF13662Toprim_42522800.03115.2
TkA01G366540PF18561Regnase_1_C2903040.2312.0
TkA01G366540PF00571CBS2953383.8e-35120.7
TkA01G366540PF00564PB13463691.9e-1454.1
TkA01G366540PF18561Regnase_1_C3603690.2312.0
TkA01G366540PF00564PB14154971.9e-1454.1
TkA01G366540PF17618SL4P4224830.05514.2
TkA01G366540PF21989RA_24264500.2512.2
TkA01G366540PF18561Regnase_1_C4374460.2312.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LF97拟南芥sp|Q9LF97|Y3295_ARATH CBS domain-containing protein CBSCBSPB366.000%Swiss-Prot高置信
Q9SJQ5拟南芥sp|Q9SJQ5|Y2650_ARATH CBS domain-containing protein CBSCBSPB266.200%Swiss-Prot高置信
Q9FMV3拟南芥sp|Q9FMV3|Y5349_ARATH CBS domain-containing protein CBSCBSPB156.300%Swiss-Prot高置信
Q0WLC7拟南芥sp|Q0WLC7|Y5053_ARATH CBS domain-containing protein CBSCBSPB456.100%Swiss-Prot高置信
P0DH79拟南芥sp|P0DH79|Y5064_ARATH CBS domain-containing protein CBSCBSPB556.100%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看