TkA01G365920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G365920

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 91167224-91169405 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1308 bp · TkA01G365920|TK1151|cDNA

ATGCCTCCGAAACGCCGTGGACGACCCTCCGGAAATGGCGGCGCCCCACCAGTCTTTGACCCTGAGGCCATGGAGGCCGCAATAGCTCAACGGGTGGCAGAAGCCCTAGCGGCTTACGAACTTGCAAACCCTAGAAATAACAATGGTGGAGGTGGTGGTGCCGAAGGTGTCCTCGAGCTGACCCGCTGGTTTGAAAAGACGGAATCCGTCTTTCAGATCTGTGACTGCCCCGCCAACTGTCAGGTCAAGTTCGCGGCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkA01G365920|TK1151|CDS

ATGCCTCCGAAACGCCGTGGACGACCCTCCGGAAATGGCGGCGCCCCACCAGTCTTTGACCCTGAGGCCATGGAGGCCGCAATAGCTCAACGGGTGGCAGAAGCCCTAGCGGCTTACGAACTTGCAAACCCTAGAAATAACAATGGTGGAGGTGGTGGTGCCGAAGGTGTCCTCGAGCTGACCCGCTGGTTTGAAAAGACGGAATCCGTCTTTCAGATCTGTGACTGCCCCGCCAACTGTCAGGTCAAGTTCGCGGCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

435 aa · TkA01G365920|TK1151|PROTEIN

MPPKRRGRPSGNGGAPPVFDPEAMEAAIAQRVAEALAAYELANPRNNNGGGGGAEGVLELTRWFEKTESVFQICDCPANCQVKFAACTFHHAALSWWNTHVQTIGLVQANAMTWEALKIMMTEEYCPRTELQKLEQELWNLKMQGSDITHYTNRFNELATLCPEMVTPMARKIERYIGGLSPQIQNSVTAFNPLTYESVKSVAIRMTDQAVRNGTMAPKAEPSREQHKRKFWNSNSNNNNNNNNNNRQITTQAPPKRPHT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G365920`
TK1151 ID	TkA01G365920
OH-1004 ID	LXL04_015014
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.057 / OH-1004 20.382 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G365920`
位置	Chr01:91167224-91169405 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015014` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009631 cold acclimation 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能 GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G36020 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · TkA01G365920 · TK1151

细胞核0.479

排名 2 · TkA01G365920 · TK1151

细胞膜0.059

排名 3 · TkA01G365920 · TK1151

线粒体0.056

排名 4 · TkA01G365920 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA01G365920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732PEG10_N-capsid56-124 aa

PF19259Ty3_capsid81-207 aa

PF29740DDB_G0287209_N196-247 aa

PF27939DUF8363283-298 aa

PF00098zf-CCHC285-289 aa

PF27939DUF8363298-352 aa

PF00098zf-CCHC300-314 aa

PF14392zf-CCHC_4300-315 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G365920	`PF03732`	PEG10_N-capsid	56	124	7.7e-07	30.1
TkA01G365920	`PF19259`	Ty3_capsid	81	207	3.1e-10	40.5
TkA01G365920	`PF29740`	DDB_G0287209_N	196	247	3.5	6.0
TkA01G365920	`PF27939`	DUF8363	283	298	0.26	11.8
TkA01G365920	`PF00098`	zf-CCHC	285	289	5.8e-06	26.9
TkA01G365920	`PF27939`	DUF8363	298	352	0.26	11.8
TkA01G365920	`PF00098`	zf-CCHC	300	314	5.8e-06	26.9
TkA01G365920	`PF14392`	zf-CCHC_4	300	315	0.025	14.9
TkA01G365920	`PF00098`	zf-CCHC	331	348	5.8e-06	26.9
TkA01G365920	`PF14392`	zf-CCHC_4	331	348	0.025	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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