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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G361900
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 89935278-89936889 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

471 bp · TkA01G361900|TK1151|cDNA

ATGAGCCCCCACTCTAATTTGACACCTAGAGAGTATCAATTAGATGTGTTTCAAGTGGCTATGCGGCGAAATACCATAGCTCATCTGGACACTGATGCCGGGAAAACAATGATAGCCATCCTAATCATCAAACAAGTATACTATGATCAAATCGCTGATTTTGCTATCACTACTGGCGTTAAGTTTGTTACGAAATCCAAATCAATTTTGCAAATAACTCTTATGGATTTTCAATTGCAGCAATTCAAGGTTCTAAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

471 bp · TkA01G361900|TK1151|CDS

ATGAGCCCCCACTCTAATTTGACACCTAGAGAGTATCAATTAGATGTGTTTCAAGTGGCTATGCGGCGAAATACCATAGCTCATCTGGACACTGATGCCGGGAAAACAATGATAGCCATCCTAATCATCAAACAAGTATACTATGATCAAATCGCTGATTTTGCTATCACTACTGGCGTTAAGTTTGTTACGAAATCCAAATCAATTTTGCAAATAACTCTTATGGATTTTCAATTGCAGCAATTCAAGGTTCTAAAGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

156 aa · TkA01G361900|TK1151|PROTEIN

MSPHSNLTPREYQLDVFQVAMRRNTIAHLDTDAGKTMIAILIIKQVYYDQIADFAITTGVKFVTKSKSILQITLMDFQLQQFKVLKENTDLTVDFYHGTKVGTMNGKKCLSCGKEFQDDGDMALKIKCKCQAEVGVGWHTDGERLHEICIKSLPHW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G361900
TK1151 IDTkA01G361900
OH-1004 IDLXL04_003426
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 94.545
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G361900
位置Chr01:89935278-89936889 (-)
描述Similar to DCL3A: Endoribonuclease Dicer homolog 3a
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g01040 核糖核酸酶 III 参与 RNA 介导的转录后基因沉默。
Specific interactions between Dicer-like proteins and HYL1/DRB-family dsRNA-binding proteins in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1007/s11103-004-6853-5
Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.07.024
The interaction between DCL1 and HYL1 is important for efficient and precise processing of pri-miRNA in plant microRNA biogenesis.2006 · DOI: 10.1261/rna.2146906
A novel class of bacteria-induced small RNAs in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1101/gad.1595107
The RNA-binding proteins HYL1 and SE promote accurate in vitro processing of pri-miRNA by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0803356105
Arabidopsis DRB4, AGO1, AGO7, and RDR6 participate in a DCL4-initiated antiviral RNA silencing pathway negatively regulated by DCL1.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0805760105

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0909200 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os10g0485600 可能参与RNA沉默途径。 暂无已核实直接文献
Os03g0121800 参与 RNA 沉默途径。
Loss of function of OsDCL1 affects microRNA accumulation and causes developmental defects in rice.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.063420
Genome-wide analysis for discovery of rice microRNAs reveals natural antisense microRNAs (nat-miRNAs).2008 · DOI: 10.1073/pnas.0708743105
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003426 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0004386 helicase activity 分子功能
GO:0004525 ribonuclease III activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
act:ACLA_014840
afm:AFUA_5G11790
dosa:Os01g0909200
osa:4324864
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.620
排名 1 · TkA01G361900 · TK1151
细胞质0.342
排名 2 · TkA01G361900 · TK1151
细胞外0.062
排名 3 · TkA01G361900 · TK1151
线粒体0.045
排名 4 · TkA01G361900 · TK1151
内质网0.034
排名 5 · TkA01G361900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII8-79 aa
PF00270DEAD11-61 aa
PF30985OEP2125-130 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G361900PF04851ResIII8790.008816.7
TkA01G361900PF00270DEAD11610.06913.6
TkA01G361900PF30985OEP21251300.02515.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SP32拟南芥sp|Q9SP32|DCL1_ARATH Endoribonuclease Dicer homolog 138.200%Swiss-Prot中等置信
Q5N870水稻sp|Q5N870|DCL3A_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3a45.300%Swiss-Prot中等置信
Q7XD96水稻sp|Q7XD96|DCL3B_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 3b37.300%Swiss-Prot中等置信
Q8LMR2水稻sp|Q8LMR2|DCL1_ORYSJ Endoribonuclease Dicer homolog 141.400%Swiss-Prot低置信

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