TkA01G355750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G355750

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 88332277-88335982 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2202 bp · TkA01G355750|TK1151|cDNA

AAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCCCGGTTGTGACCACTTCTCAGGCGGAGGTCGGAGACTGTGAATCCAGTGATCTCAGGGAATATCGAACTCTTTACCTCAAAGTTCAAATCCCTCGAGTGATCCCCAAGATTTGGGACGAGCCTCAACACGACTTCTGTTAGTTCTTGTATGGTTGTACCTGTACCCAAGCCTCGTGTCTCTGTATAAATTAGCATACACACAGGTGCAATTTGCTTGTGTAAAGCTTTTTTCTGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA01G355750|TK1151|CDS

ATGTTATTTAGGTTTTCCAAGCTTCTAAACTTTAAGGGTTTTGCGAGACAATCTTTGTGCAACGATACAAGTTTGAAGGGGATCTCAAGGTTCCTGTGGGATATCAGCAAACGAAATATGTGTGAGGATAGCAAGGCGAAAACCCGGATTCTTTTCTGTGGGCCTCACTTTGCAGCTTCAAATAACTACACCAAAGAATACTTGCAGAACTATCCTTCTATCCAGGTTGATGATCTTCCATTTGATACTGTACCTGACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

379 aa · TkA01G355750|TK1151|PROTEIN

MLFRFSKLLNFKGFARQSLCNDTSLKGISRFLWDISKRNMCEDSKAKTRILFCGPHFAASNNYTKEYLQNYPSIQVDDLPFDTVPDLISNYDICVVKSMRLNSDLISRATKMKLIMQYGVGLEGVDIPAATTHKIKVARIPSGNTGNAASCAEMAIYFMLGLLRKQNEMQIAVRQKKLGEPVGDTLKGKTVFIMGFGNIGIELAKRLRPFGVKILATKRNWPSYVPNKSNLTEPTSKNGAHEDLVDEKGCHGDIYEFAKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G355750`
TK1151 ID	TkA01G355750
OH-1004 ID	LXL04_003468
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.625 / OH-1004 94.629 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G355750`
位置	Chr01:88332277-88335982 (+)
描述	Similar to serA: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_003468` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006564 L-serine biosynthetic process 生物过程 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0004617 phosphoglycerate dehydrogenase activity 分子功能 GO:0008465 hydroxypyruvate reductase (NADH) activity 分子功能 GO:0016618 hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity 分子功能 GO:0030267 glyoxylate reductase (NADPH) activity 分子功能 GO:0047964 glyoxylate reductase (NADH) activity 分子功能 GO:0051287 NAD binding 分子功能 GO:0120509 hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity 分子功能 GO:0120568 (R)-2-hydroxyglutarate (NAD+) dehydrogenase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	afu:AF_0813 bsu:BSU23070 mja:MJ_1018 tma:TM1401 tmi:THEMA_07310 tmm:Tmari_1408 tmw:THMA_1430 tpe:Tpen_0823 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.873

排名 1 · TkA01G355750 · TK1151

细胞质0.134

排名 2 · TkA01G355750 · TK1151

细胞核0.077

排名 3 · TkA01G355750 · TK1151

质体0.042

排名 4 · TkA01G355750 · TK1151

细胞膜0.029

排名 5 · TkA01G355750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF003892-Hacid_dh61-361 aa

PF028262-Hacid_dh_C157-347 aa

PF00208ELFV_dehydrog183-217 aa

PF00670AdoHcyase_NAD186-217 aa

PF07991KARI_N186-222 aa

PF01262AlaDh_PNT_C190-300 aa

PF03446NAD_binding_2191-295 aa

PF00670AdoHcyase_NAD256-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G355750	`PF00389`	2-Hacid_dh	61	361	1.2e-15	58.1
TkA01G355750	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	157	347	4.1e-41	141.0
TkA01G355750	`PF00208`	ELFV_dehydrog	183	217	0.01	16.3
TkA01G355750	`PF00670`	AdoHcyase_NAD	186	217	0.002	19.0
TkA01G355750	`PF07991`	KARI_N	186	222	0.017	15.4
TkA01G355750	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	190	300	0.015	15.4
TkA01G355750	`PF03446`	NAD_binding_2	191	295	0.21	12.4
TkA01G355750	`PF00670`	AdoHcyase_NAD	256	296	0.002	19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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