TkA01G324550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G324550

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 80759423-80761454 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1857 bp · TkA01G324550|TK1151|cDNA

AAACATCATAAGGATGGCTATTTTAACTAATAAGTAATAACCATAAGTGTAAGGGTAGAATGTTACAAGGGGGAGAAAATTATCATCCTTATCCATGGATGTTTGCTCGCTCGCAGGACACAGGTCATCACTTCTAAGAAAACAACACGATGTCGTCGTTGGCACCGCCGTCATCGTCTCTCTCGTTCTCATCCTCCCTATCATTGTCCTCCAACAGTTACCGAAATCTCCACCACCGTCACCGCATTCACTATCCCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1485 bp · TkA01G324550|TK1151|CDS

ATGTCGTCGTTGGCACCGCCGTCATCGTCTCTCTCGTTCTCATCCTCCCTATCATTGTCCTCCAACAGTTACCGAAATCTCCACCACCGTCACCGCATTCACTATCCCATAACATCTCCTCGGTTCCTATTTCGATGTGCAATGAGGTCAGCTTCATCAGTTGCTGCACCAAAGAAGAAGAAGCTATGGAAGCAAGGGGAGTACCCCGGCGATGTGGCGGGGACTTCGAGTTTCGACAGGAACAAGAGAAGAACACCGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

494 aa · TkA01G324550|TK1151|PROTEIN

MSSLAPPSSSLSFSSSLSLSSNSYRNLHHRHRIHYPITSPRFLFRCAMRSASSVAAPKKKKLWKQGEYPGDVAGTSSFDRNKRRTPNKNIKKKADRKDNLNSWVNTVTEAFTESINNKQWLRALEVFEMLKEQPFYQPKHGTYMKLIVLLGKSGQPQHAQNQFNTMIQEGLDPTPELYTALLAAYTRNNLLDPAFNILNQMNNHPSIQPDIHTYSILIKACVDASRFDLVQSLYEQMTKIPLTPNTLTQNTVLAGYGKAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G324550`
TK1151 ID	TkA01G324550
OH-1004 ID	LXL04_003612
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G324550

位置 Chr01:80759423-80761454 (+)

描述 Similar to EMB2750: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06430`	含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At5g48730`	含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。	暂无已核实直接文献
`At3g53170`	含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。	暂无已核实直接文献
`At5g25630`	含五重复肽的蛋白 At5g25630。	暂无已核实直接文献
`At1g03540`	含五肽重复的蛋白 At1g03540。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003612 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0019843 rRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06430

ath:AT3G53170

ath:AT5G02860

ath:AT5G48730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.779

排名 1 · TkA01G324550 · TK1151

线粒体0.164

排名 2 · TkA01G324550 · TK1151

细胞核0.040

排名 3 · TkA01G324550 · TK1151

细胞质0.017

排名 4 · TkA01G324550 · TK1151

细胞膜0.009

排名 5 · TkA01G324550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29834SOV1_C17-46 aa

PF13812PPR_392-147 aa

PF29070MSC6_N93-117 aa

PF23276TPR_24107-133 aa

PF13041PPR_2116-132 aa

PF01535PPR117-132 aa

PF17177PPR_long119-240 aa

PF13041PPR_2141-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G324550	`PF29834`	SOV1_C	17	46	0.037	13.7
TkA01G324550	`PF13812`	PPR_3	92	147	4.6e-29	101.0
TkA01G324550	`PF29070`	MSC6_N	93	117	4.4e-23	82.7
TkA01G324550	`PF23276`	TPR_24	107	133	7.6e-16	58.9
TkA01G324550	`PF13041`	PPR_2	116	132	4.7e-50	168.2
TkA01G324550	`PF01535`	PPR	117	132	4e-42	140.2
TkA01G324550	`PF17177`	PPR_long	119	240	4.6e-17	62.8
TkA01G324550	`PF13041`	PPR_2	141	174	4.7e-50	168.2
TkA01G324550	`PF29070`	MSC6_N	141	236	4.4e-23	82.7
TkA01G324550	`PF01535`	PPR	142	171	4e-42	140.2
TkA01G324550	`PF13812`	PPR_3	142	186	4.6e-29	101.0
TkA01G324550	`PF23276`	TPR_24	142	240	7.6e-16	58.9
TkA01G324550	`PF13428`	TPR_14	144	168	0.026	15.9
TkA01G324550	`PF02284`	COX5A	159	214	0.011	16.5
TkA01G324550	`PF29834`	SOV1_C	159	201	0.037	13.7
TkA01G324550	`PF12921`	ATP13	160	227	0.00012	22.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SQU6`	拟南芥	sp\|Q9SQU6\|PP216_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic	57.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKC3`	拟南芥	sp\|Q9FKC3\|PP424_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic	45.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SCP4`	拟南芥	sp\|Q9SCP4\|PP279_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53170	38.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GZ63`	拟南芥	sp\|Q8GZ63\|PP397_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630	27.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LR69`	拟南芥	sp\|Q9LR69\|PPR8_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g03540	26.400%	Swiss-Prot	低置信

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