TkA01G319590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G319590

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 79337019-79337728 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

555 bp · TkA01G319590|TK1151|cDNA

ATGCTTGAATCGCCCCTAGCTCAAAACGAGGTCAAGAAGCCACAAGACGGGAGTTGTAAAATATTCGGGGTACCCCTTGCTGGTAACACAGCTGTAGTTGCCTCACCTAAAGATCGAGAAAAACAATATCAAAATCAAAATCCTCAGCTACAAGCTAAAGTCGGAAGTTCAACAAGGAGTTGTACGAAGGTCCATAAACAAGGGATAGCGCGTGGGAGGTCTCTGGATCTTACGAAATTCAACAACTACGACGAATTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · TkA01G319590|TK1151|CDS

ATGCTTGAATCGCCCCTAGCTCAAAACGAGGTCAAGAAGCCACAAGACGGGAGTTGTAAAATATTCGGGGTACCCCTTGCTGGTAACACAGCTGTAGTTGCCTCACCTAAAGATCGAGAAAAACAATATCAAAATCAAAATCCTCAGCTACAAGCTAAAGTCGGAAGTTCAACAAGGAGTTGTACGAAGGTCCATAAACAAGGGATAGCGCGTGGGAGGTCTCTGGATCTTACGAAATTCAACAACTACGACGAATTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · TkA01G319590|TK1151|PROTEIN

MLESPLAQNEVKKPQDGSCKIFGVPLAGNTAVVASPKDREKQYQNQNPQLQAKVGSSTRSCTKVHKQGIARGRSLDLTKFNNYDELIAELDELFEFNGELKTPNKNWLVVYTYDEGDMMLVGDDPWQELCGMVRKIFIYTGVEVQRMNLGALNSRGDNTSSVAEGMDTRETQTNPPSSSSPEHA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G319590`
TK1151 ID	TkA01G319590
OH-1004 ID	LXL04_033560
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G319590

位置 Chr01:79337019-79337728 (+)

描述 Similar to ARF2A: Auxin response factor 2A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62000`	生长素反应因子是与生长素反应启动子元件中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	AUXIN RESPONSE FACTOR 2 (ARF2): a pleiotropic developmental regulator.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02426.x AUXIN RESPONSE FACTOR1 and AUXIN RESPONSE FACTOR2 regulate senescence and floral organ abscission in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1242/dev.02012 The AUXIN RESPONSE FACTOR 2 gene of Arabidopsis links auxin signalling, cell division, and the size of seeds and other organs.2006 · DOI: 10.1242/dev.02194

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2ZET6`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os11g0523800`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033560 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0009836 fruit ripening, climacteric 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G62000

dosa:Os11g0523800

sly:778240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.555

排名 1 · TkA01G319590 · TK1151

细胞质0.413

排名 2 · TkA01G319590 · TK1151

细胞膜0.182

排名 3 · TkA01G319590 · TK1151

内质网0.065

排名 4 · TkA01G319590 · TK1151

质体0.026

排名 5 · TkA01G319590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00884Sulfatase35-119 aa

PF02309AUX_IAA41-95 aa

PF02309AUX_IAA105-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G319590	`PF00884`	Sulfatase	35	119	0.033	14.2
TkA01G319590	`PF02309`	AUX_IAA	41	95	5.3e-11	43.5
TkA01G319590	`PF02309`	AUX_IAA	105	143	5.3e-11	43.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JM3`	拟南芥	sp\|Q94JM3\|ARFB_ARATH Auxin response factor 2	60.600%	Swiss-Prot	高置信
`A2ZET6`	水稻	sp\|A2ZET6\|ARFW_ORYSI Auxin response factor 23	75.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q2R3F5`	水稻	sp\|Q2R3F5\|ARFW_ORYSJ Auxin response factor 23	75.700%	Swiss-Prot	中等置信

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